当原体走到皇宫门口时，迎接他的是帝皇的严厉斥责。帝皇以从未有过的严厉语气斥责原体忘记了银河中斗争的残酷性，并让他跪倒在永恒之门前的纪念广场上为每一个因为自己“指挥失当”丧失生命的战士忏悔。
通常而言，帝皇对自己的这些超人子嗣并不会使用太严厉的态度，除非像罗嘉.奥瑞利安那样极大忤逆了大远征计划的原体。而对于第二军团原体这个一直与帝皇亦父亦友的原体这种态度更是从未出现过。帝皇在称呼中不再使用原体的名字，甚至连“儿子”的称呼也不曾出现，却使用了表达陌生态度的“第二号基因原体”，这让在场禁军不由生出些许诧异。看着帝皇的态度，泪流满面跪在牺牲将士纪念碑前的原体甚至一度以为下一秒帝皇就会命令禁军当场逮捕自己。
但这一切始终没有发生。当原体抬起头时，怒火中烧的帝皇已经不见了踪影，帝国宰相马卡多则向他宣布了帝国和帝皇的裁决：第二军团将被流放到帝国边疆之外甚至银河之外，进行一次“赎罪远征”。
原体失魂落魄的回到了自己的战舰上，帝国政务院将进一步的命令送到了原体手上。第二军团被命令在自己的母星上休整一年之后要立刻启程。而原体能带走的部队也不是军团的全部——当时军团剩余的部队中，有大概三分之一正在银河各处执行着各种作战或者建设任务，来不及在一年之内赶回母星。根据帝国政务厅的命令，这些部队从此将脱离第二军团编制，由各军团就近接手（其中大多被第七军团和第十三军团接纳，这对原体和军团来说是个相对较好的结局）。
第二条命令则让人有些摸不清头脑。帝国授予了第二军团开发未知星球、可以在帝国边疆星域中征兵、征集资源和收缴什一税（不得超过帝国官方税额）的权力。并允许军团募集平民参与远征。
第三条命令是：目前在第二军团远征队中的其它军团人员将作为代表和证人参加第二军团的远征。
对于这个命令，军团上下非常抵触。在他们看来：这是帝国对自己摆在明面上的不信任。他也有一些人自我安慰：其它军团的人员是作为证人和代表而非监军参加本次远征，这说明帝国和帝皇并对军团还没有彻底的丧失信心，他们依旧是一支被信任的部队。
然而这个幻想在远征即将开始前一个泰拉月被彻底打破：一支禁军百人队和两个寂静修女中队被作为监视者派到了军团远征舰队，这样赤裸裸的不信任几乎让军团士气跌入谷底。但好在不论是禁军还是寂静修女都很清楚自己的责任，对军团表示了一定程度的善意，并表示：除非与自己的任务相悖，他们在远征中将服从原体的命令。至于他们的命令是什么，这些战士三缄其口，坚决拒绝回答。
远征的准备工作是在一片沉闷和低落的环境中完成的。唯一的好消息是，军团人员虽然低落，但到底没有绝望，所有的命令都被一丝不苟的执行着，直到最后的远征日到来。
随着远征日的到来，军团舰队告别了母星，告别了帝国，告别了自己熟知的银河。母星人民拖家带口前来送别舰队，一如他们之前每一次送别。还不知道内情的母星人民欢呼着向舰队和穿梭机抛洒鲜花，仿佛期待着这些自己的勇士在不久的将来就能凯旋归来，这让军团所有人的心都沉重无比：所有人都知道，这些人注定看不到自己归来了，而自己也
注定再也看不到母星——这是一场不知道时间、不知道前路的远征，即使是阿斯塔特，也不能保证自己一定能活着等到归期。
看着舷窗中逐渐远去的星球，舰队中上至原体，下至底层船舱的船工，所有人都望向了自己对母星唯一的牵挂——在自己的怀中一小袋来自母星的尘土。远征舰队中所有人都达成了一致：在远征途中不幸去世的人将被烧成骨灰统一保管，不论远征持续多少年，都要让活着的人带回家乡。
远征的前十年，远征军笼罩在一片愁云惨淡中。
被帝国放逐的屈辱、再也回不去母星的哀愁以及未知前路的惶恐让远征军的士气长时间在谷底徘徊。舰队在这十年中处理了上万起自杀事件，其中甚至包括了一名阿斯塔特老兵。
最终这种惶恐情绪发展到高潮是一次异形劫掠事件。在这次恶劣的事件中，一整个连队的阿斯塔特几乎是坐视一艘运输平民的船只被异形的掠夺舰船俘虏。要不是帝国之拳随同远征的部队及时发现并碶而不舍的发起了几乎是自杀式的攻击夺回了舰船，船上的平民恐怕将凶多吉少。
消息传到军团指挥部，所有人都被这一恶劣事件所震惊——这是第二军团建军史上的绝对污点。任谁都没有想到一向以保护帝国人民为己任的军团竟然能出现坐视帝国人民被异形劫掠的事件。
军团指挥部所有人特别是政治导师群体要求原体立刻对这个连队处以极刑，用他们的鲜血为自己的行为赎罪。特别是考虑到此时远征舰队已经处于帝国边疆之外，不对纪律进行严肃处理后果将不堪设想，甚至有可能导致军团的分崩离析。原体思考后否决了这一建议，并命令将这个连队所有人都禁闭起来，等待处理。一时间，原体想要对这些子嗣网开一面的传闻喧嚣尘上，整个舰队的氛围也开始变得奇怪了起来。
好在这种猜测并没有持续很长时间。在指挥舰队清理了异形的母星后，原体召集了整个远征舰队的所有人——包括军团人员、其它帝国部队人员和平民。这次会议的规模式如此之大，以至于不得不用上了以战舰为中继点的星球同传技术。
“我要感谢你们，一起度过了这不容易的十年。”原体的开场白既没有对军团部队放弃职责的愤怒，也没有为这些人开脱的仁慈。原体回顾了这十年来舰队远征的过程，向那些在远征中牺牲和死去的人们表示了哀悼。
“但是，我们现在迷失了自己！”在所有人沉浸在悲伤中时，原体的声音突然高亢了起来：“我们忘记了自己是谁，自己要做什么！”
在整场长达十个小时的演说中，原体将当前远征军中的一切错误思想进行了彻底批判。原体向所有人说明：虽然第二军团是在进行赎罪远征，但这并不意味他们保护帝国、保护帝国人民的任务有所改变。虽然远离帝国中心和帝国其它军事部队，但第二军团依旧是人类帝国的军队，在为了人类的未来进行征战。
“选择加入军团时我们就已经知晓，荣誉、胜利都不是我们的目的，我们的目的始终只有一个：为了全人类的生存和福祉而战。不论我们遭遇了什么不论帝国对我们的态度是什么，我们始终应当牢记自己的使命！”原体最后总结说。
整个会议持续了一个月的时间。会议最后形成了第二军团历史上最重要的“远征宣言”。在这份决议中，军团和阿斯塔特被定义为“帝国的领袖、伟大的导师帝皇为了实现帝国和人类理想而创建的武装团体”。军团信仰着帝国和帝皇的理想，并以为这一理想奋斗终身为使命。只要帝国还在遵从于全人类的利益，那军团所有人，包括原体的利益、荣誉都是可以牺牲的对象。当前军团正进行的“赎罪远征”也是实现帝国理想的一种方式，是人类利益的实现手段。这次远征是宣传队，是播种机，它会将帝国的理想和人类的煌煌天命传播到宇宙的其它角落。
会议同时宣布了对那个擅离职守的阿斯塔特连队的处理：连长和政治军官全部因放弃职责被处以极刑。其它士兵则被纳入“惩戒部队”执行最危险的任务。而连队番号则被下令取消，除非这些被惩戒的士兵做出了足以恢复自己荣耀的贡献，否则该部番号将会永远空缺。
禁军、寂静修女和其它军团的代表旁听了这次会议。在会议结束时，寂静修女们在没有和任何人打招呼的情况下走上了讲台，打开了自己一直守护的密匣，向所有人宣读并由禁军背书了来自帝皇的指令：远征军肩负着为帝国寻找更广阔未来的使命，此次远征被认定是帝国大远征的一部分。所有在远征军中的人员，包括其它军团代表甚至禁军和寂静修女都被归纳入第二军团序列，接受军团统一指挥参加本次远征。
本次会议后，军团上下重新恢复了士气。其它军团的代表也都宣布承认第二军团的指挥权。经过统计，参加军团此次远征的其它兄弟军团部队有：第四军团和第十五军团各一个十人小队——他们是来进行技术和学术交流的、第五军团和第九军团各一个不满员的连队、第十军团一个完整的氏族、第七和第十三军团各两个满编连队（这是最多的）、第十六军团一个小队（在远征开始前他们作为信使来到第二军团）、第十八军团两个小队（他们携带伏尔甘关于合作开发爆炎武器的设计图来进行设计交流）以及第十九军团一个原本就在第二军团建制内进行交流作战的连队。这些部队被军团统一纳入作战序列，原体根据他们各自的特点为他们量身订做了战斗和作训计划并尽量不安排他们执行太危险的任务以免他们遭受损失，但在远征过程中，他们毫无疑问是远征军的一部分，服从远征军的指挥并为远征的大目标流血牺牲。