在第十一军团作为首先投入冉丹战争的部队遭遇重创后，第二军团被紧急投入了战争。在战斗中，第二军团的士兵们第一次遇见了那些遭遇冉丹人精神控制的成建制人类部队。
当第一波面无表情的普通人类士兵被消耗殆尽后，第十一军团的被俘阿斯塔特们作为冉丹仆从军被投入了战斗。
与普通人不同，阿斯塔特们大多还保持有一丝自己的意识，但他们的身体依旧不能自控的向第二军团的同袍们扑杀过去。第二军团的士兵们见到了这些自己袍泽的痛苦，认为他们还有被拯救的可能，于是很多士兵在试图解救这些战友时被这些受冉丹异形控制的战友迅速的屠杀殆尽。一支看似被“拯救”的终结者小队则在受原体召见时引爆了被异形植入体内的热熔炸弹，几乎将军团的整个指挥部化为废墟，而原体本人也因此受到重创。
指挥部遇袭让第二军团一度丧失统一指挥。雪上加霜的是，最高指挥部并非唯一一个遭到这种“斩首”行动的指挥单位。几乎是一夜之间，第二军团的中高层指挥体系瘫痪了整整60%，多个重武器阵地、后勤仓库和太空港遭遇袭击后被摧毁，大量经验丰富指挥人员和重武器、后勤物资的损失造成的后果几乎是立竿见影——冉丹异形，包括被他们控制的人类部队在极短的时间内将第二军团分割包围，大量部队被打散，随后消失在敌军的浪潮中。
局势几乎是瞬间变得岌岌可危。
关键时刻，第二军团长期以来的素养成为了自己唯一的救命稻草。
重伤昏迷的原体苏醒后第一件事就是立刻下达指令要求各部队化整为零，灵活打击敌人、拖住敌人，为帝国后续援军的到来争取时间。原体已经明白：第二军团的失败已经无法挽回，但这场关乎人类存亡的战争不能失败，第二军团必须做些什么防止冉丹异形扩大自己的优势：“哪怕第二军团全军覆没，也必须牢牢把敌人拖在这里！”
第二军团的士兵们很快立刻调整了自己的战术。团、营、连迅速化整为零，在以小队、小组甚至单兵的规模凭借地形、建筑、地道等与异形周旋直至战斗到最后一滴血。军团战士们痛苦的放弃了他们的火力洗地打法，用单兵武器甚至自己的拳头和牙齿与冉丹异形打起了近距离遭遇战。
在之后的四年里，军团各部通过血腥而灵活的小规模近战、伏击战一点点维持着局面。这种痛苦而漫长的鏖战让即使精通游击作战的第二军团也难以忍受。
军团战士们痛苦的放弃了自己的慈悲心，用爆弹、激光和等离子清洗他们见到的每一个可疑活物，不论是人类还是异形或者低等生物。由于此项作战与他们一直以来的理念背道而驰，一些被隔绝敌后、没有政治导师带领的部队里出现了零散的自杀情况。而每一名有被俘风险的战士——不论是凡人辅助军还是阿斯塔特都会在自己的脖子下加挂一枚热熔炸弹，哪怕他本人因受伤或者其它原因无法用手引爆，也可以较为方便的用牙完成这一过程，这枚热熔炸弹也被军团战士们戏称为“光荣弹”。据战后统计，至少有1000名以上的阿斯塔特和数万名凡人辅助军使用“光荣弹”作为自己最后的抵抗，而实际人数肯定更多：因为大量部队都是全员战死，无法确认最后一刻发生了什么，甚至连他们在何处发生战斗都已经无法知晓。
最终当第一军团的援军赶到时，第二军团的伤亡已高达70%，已经接近失去战斗力，但也是这宝贵的四年时间让冉丹异形被牢牢拖住，无法向人类帝国开展进一步攻击。
对于第二军团而言，这四年战争中与人员和物资等有形的损失相比，他们所受的精神打击几乎是毁灭性的。在与冉丹人的血腥战争中，第二军团引以为傲的社会调查、发动人民变得毫无用处，很多时候还因此中了敌方陷阱。痛苦的军团不得不频繁发动无差别攻击，将自己发誓要保护的帝国人民与异形敌人一起汽化，这让军团自原体以下都开始对自己长久以来的理想信念发生了动摇。当第一军团接手战事时，原体甚至向第一军团原体莱恩表示自己长久以来的信念可能“确实错了”。
与第一军团一同到来的还有由帝皇和宰相马卡多共同签发的调令。
第二军团被勒令立即撤出战斗，返回母星所在星域听候下一步命令。原体本人则被命令返回泰拉向帝皇述职。
军团怀着沉重的心情接受了这一命令。谁都知道，原体返回泰拉述职只是一个好听的幌子，实际上这是一次耻辱的战败检讨。原体本人依旧尽职尽责与第一军团做好了交接，尽可能向莱恩转述了自己的作战经验，并拜托莱恩在未来尽力照顾自己的军团。
原体已经做好了承受一切处罚的准备。
原体回到泰拉之后所发生的一切我们并不得而知，只知道泰拉皇宫中的基因原体雕像群当时并没有完成，而当雕像群最终完工时，所有人都看见只有18座雕像屹立于皇宫之中。
原体回到泰拉后是否离开、第二军团最终的结局从此都成了一个永久的秘密。
关于这一切，其它原体曾经有过各式各样的猜测，而荷鲁斯更是曾经直闯皇宫内廷试图质问自己的父亲——然而他根本没能进入皇宫内廷，直接在终焉之门前被宰相马卡多挡了驾，双方言辞激烈，甚至一度曾差点发生冲突，最终以荷鲁斯被马卡多强大的灵能力量压跪在终焉之门前不能动弹而告终。
而帝皇本人自始至终没有露过面，也没有任何指示从皇宫中传出。
很难说荷鲁斯后来的背叛是否与这一次的事件有关，但可以肯定的是:原体和第二军团就此从帝国的官方记录中消失，甚至这个番号在帝国都成为了某种意义上的禁忌——一直到阿巴顿的第十三次黑色远征结束，帝国在亚空间的风暴中危在旦夕时，重新回归的第二军团才补上了这个记录，我们也才得以知道这一万多年中这个军团的传奇。