在弘治三年（庚戌，1490）的严冬时节，王守仁携带着自己的妻子回到了故乡浙江余姚。他真正独立成家了。

祖父已经病得很严重。见到了自己的孙儿和孙媳，感到慰藉。王守仁在祖父生命的最后时期，守护在病榻边服侍。

正月下旬，王伦阖眼，谢世而去。王守仁是孙子，父亲又不在，就跟着伯父和叔父打理后事，同时报告在北京的父亲。

在北京的王华，在此之前已经知道自己父亲病重了。当时，他在京为官已经九年，经过考核，按照规定，在吏部的王敞、张悦等当路者，本来想要提拔他。但是，他自从得知父亲病重的消息，就病倒了，闭门不出。

朝廷派人来催，朋友也劝说：“你先到新职就任，等到真的有不幸的消息了，你再不出门也不晚。”

王华这时心绪难定，回答：“父亲有重病，自己不能在旁匍匐侍候汤药，又岂能为了升迁，匆匆碌碌地奔波官场？等到家中有信，父亲有幸无恙，我再外出也不晚吧。”于是一边安排，一边在家中苦苦等候。

虽说有心理准备，真的接到讣闻，还是控制不住感情，王华嚎啕大哭，数次昏死过去。当天他就独自南奔。

回到余姚，和家中兄弟等亲属操办丧事，把父亲葬在穴湖山祖坟中。他在坟旁搭了个草庐，为父亲守丧。据说墓地原来是个虎穴，晚上时常有老虎出没。他也不顾，昼夜在坟边哭泣，无视老虎。那些老虎也就卧在草庐边上，据说也不侵犯人畜。[30]

祖父的去世，使王守仁失去了一个和他早年最为密切的亲人。看着父亲痛苦的样子，想到祖父以往对自己的关照，面对着故乡的山水亲人，王守仁认真地思考着自己的人生。

王华在服丧期间，除了痛苦之外，也想到要为自己的亲属做点事。于是，他就把从兄弟王冕、王阶、王宫以及妹婿牧相等找来，让他们和王守仁一起读书，给他们讲解儒家经典的经义。

三年的居丧期间，王守仁和父亲一起在余姚度过。

王守仁在这一时期，与父亲有了进一步的接触，加深了对父亲的理解，当然也会从父亲那里了解到官场的各种情况；对于自己的人生，有了进一步的认识。

人们发现，这一时期的王守仁变了。过去他待人比较随意和顺，喜欢随意开玩笑，这时突然变得像另一个人，时常端坐着，话也少了。弟兄们都不理解，问他为何如此，他说：“过去我放逸，现在知道自己的过错了。”他白天和大家一起听父亲的讲课，晚上则搜取各种经学、史学、诸子的典籍，认真研读。他的学业、文字表述都有了很大的进步。众兄弟都自叹不如。[31]

这时，已经身居政权高层的父亲，对他的影响相当大。