第一节　口腔微生物群

一、口腔细菌组

细菌之间的代谢合作在建立稳定的口腔生物膜群落中是重要的，通过这种合作可以建立食物网。到目前为止，已经从人类口腔中鉴定了超过1000种不同的细菌种类，并且它们中的大多数与牙菌斑相关。

二、口腔病毒组

病毒是一种体积微小，结构简单，必须在活细胞内寄生的非细胞型生物。

病毒在自然界分布非常广泛，可在人、动植物、真菌和细菌中寄居，有时可引起感染。

口腔病毒学是研究口腔内病毒和口腔疾病关系的一门学科，着重研究口腔内病毒的分布特点、性质及其在口腔内存在病理和生理意义。

在人类口腔中可检测到多种病毒，它们常存在于病毒的显性或隐性感染者。它们分别能引起各种口腔黏膜疾病。

相对于病毒而言，人体病毒组种类数量较低，大概有1500种基因型，其中8%以噬菌体形式存在，2%是真核细胞病毒，而剩下的90%病毒为未知种类。绝大部分潜伏于口腔中的病毒具有溶源性作用，这些病毒可能与口腔微生物多样性密切相关。

在口、鼻、咽部位，每毫升体液约含有2.1×10⁸个病毒样颗粒，总共为1.2×10¹⁰，包括250种基因型；牙体相关的部位总共有3.0×10⁹病毒，其基因型数量尚不清楚。唾液中的病毒主要以噬菌体的方式存在，环境因素是病毒群落组成的决定因素。除了噬菌体外，仍有相对数量的真核病毒，例如疱疹病毒和乳头瘤病毒等。利用全基因组鸟枪测序法，将获得的病毒序列用基本局域线性搜索工具与美国国家生物技术信息中心病毒数据库进行匹配检索可发现，数量最多的是人疱疹病毒7型，有17个和15个正向和反向测序读长。用聚合酶链反应（polymerase chain reaction，PCR）检测牙周炎组织提取的细菌DNA，可至少测得有6种DNA双链疱疹病毒，例如疱疹病毒1型、爱泼斯坦-巴尔病毒（EB病毒）1～2型、巨细胞病毒、人疱疹病毒6～8型。

三、口腔真菌组

口腔微生物组的真菌组分是多样化的，使用多标记焦磷酸测序的方法对20个健康个体口腔中的真菌进行检测，得到了口腔真菌基因组（oral fungal microbiome）：包含74个可培养的和11不可培养的真菌属，总共101种，每个个体中存在9～23种可培养物种。20%的测试样品中存在15属（包括四种已知的致病真菌和不可培养的生物体），其中念珠菌属（Candida）检出率最高，约占75%，其次是枝孢菌属（Cladosporium）（65%）、短梗霉属（Aureobasidium）和酵母属（Saccharomycetales）（两者均为50%）、曲霉属（Aspergillus）（35%）、镰孢属（Fusarium）（30%）和隐球菌属（Cryptococcus）（20%）。其中4种优势菌属对人具有致病性。在口腔样品中检测到的非培养菌属包括球囊霉属（Glomus）、小球腔菌科（Leptosphaeriaceae）、子囊菌属（Ascomycete）、担子菌属（Basidiomycete）、外生菌属（Ectomycorrhiza）、内生真菌属（Endophytic fungi）和球囊菌属（Glomeromycete）。低丰度菌属可能来自于空气和摄入的食物中。在可培养菌属中，有61属仅有一个物种代表，13属包括2～6个不同物种。