博弈论是研究互动决策的理论，即各个行动方的决策是相互影响的，每个人在决策的时候必须将他人的决策纳入自己的决策考虑之中，也将别人对自己的决策纳入考虑之中，在通盘考虑的情况下进行决策，选择最有利于自己的战略。博弈论被广泛运用于经济学和社会心理学，同样，在医院管理制度的制订中也体现着博弈论的思想。

自组织理论是20世纪60年代末期开始建立并发展起来的一种系统演化理论，它阐明一个由多主体组成的系统，通过主体间的相互作用推动系统自组织进化的过程和规律。自组织理论认为，制订一些简单的规则，让系统主体自组织地相互作用，系统就能从无序达到有序，不断形成新的结构，实现系统的有序演化。

制度分析是以制度为分析对象，分析制度的产生、演变以及解决制度与行为、制度与组织、制度变迁与路径依赖之间的关系问题。

“路径依赖”概念向人们传递了这样一种思想，即组织的结构和制度的结构是从这样一个过程中产生的：在这个过程中，过去的事情影响着未来的发展，使之沿着特定的路径发展，这条路径是在对过去事件的适应下产生的。制度路径依赖理论认为，制度变迁存在自增强或正反馈机制，当它一旦走上某条路径，其既定方向就会在以后的发展中得到自我强化，从而形成对制度变迁轨迹的依赖。

在医院制度建设中，路径依赖的作用是一把双刃剑。医院可以利用制度路径依赖现象，不断加强医院制度在职工管理中的依从性；然而一旦需要制度创新与变革时，制度路径依赖就变成了强劲的阻力。

管理制度在执行过程中往往会产生各种各样的交易成本，从某种意义上说，管理执行中的交易成本的高低决定着管理制度能否顺利实施乃至执行效果的好坏。降低管理执行中的交易成本应成为设计管理制度时的重中之重。实践表明，制度“物化”、管理信息系统、利益“木马”、效率工资与文化能有效降低管理执行中的交易成本。