医院管理范围广泛，医疗服务流程各样，医院运行相当复杂。根据规章制度的层次和内容可以分为核心制度和具体制度。以下根据2005年医疗质量管理年出版的《医院管理制度》罗列出医院的核心管理制度。

1.医院编制与人力资源管理程序

2.人力资源调配与人才流动管理程序

3.各类岗位人员岗位职责及任职资质条件

4.接收各类应届毕业生实施程序

5.聘用非在编合同制人员管理规定

6.职工教育培训经费使用管理程序

7.住院医师规范化培训管理程序

8.人才重点培养管理程序

9.职工岗前培训暂行办法

10.卫生技术人员培训暂行办法

11.在职职工学历教育的暂行办法

12.职工年度考核暂行办法

13.工作时间及考勤管理规定

14.值班及补休的管理规定

15.工龄教学假的使用与管理规定

16.职工假期及休假管理规定

17.职工病休时间、劳保待遇的计算及管理规定

18.待岗、下岗人员管理暂行办法

19.工作人员辞退的暂行办法

1.临床医师值班、交接班制度

2.住院患者转科、转院制度

3.首诊负责制度

4.会诊制度

5.诊断证明书管理规定

6.三级医师查房制度

7.围术期管理制度

8.初、中级人员轮转的规定

9.ICU的设置与管理制度

10.知情同意管理制度

11.临床输血管理制度

12.外出进修管理制度

13.关于点名手术的管理规定

14.新技术、新业务审批、备案制度

15.卫生技术人员继续教育制度

16.处方权审批制度

17.进修医师管理制度

1.病历回收制度

2.病历借阅制度

3.病历复印制度

4.病例讨论制度

5.住院病历终末质量评分标准

1.医疗安全预警制度

2.急危重症患者抢救制度

3.危机管理制度

4.群伤、多发伤处理原则

5.院前灾害事故、突发事件医疗救护卫生防疫应急预案

6.科室间抢救设备临时调配制度

7.安全委员会工作制度

8.保障患者安全工作要求

9.医疗纠纷处理暂行规定

10.医疗事故争议赔偿暂行规定

11.医疗行为报告制度

12.医疗事故防范和处理预案

1.传染病疫情报告的管理制度

2.死亡报告卡管理制度

3.医院传染病卡片填写及录入制度

4.SARS消毒隔离制度

5.病房防止院内感染管理制度

6.门诊防止院内感染管理制度

7.急诊室感染管理制度

8.传染病及特殊感染性疾病终末消毒制度

9.防止院内感染制度

10.医院感染管理委员会章程

除了以上列举的这些核心制度之外，医院还有与临床相关的护理管理和护理操作规章制度、医技部门及药剂部门的规章制度；同时还涉及科研教育培训、临床医学院、行政管理、党务、工会、团委、妇委会、退管会、后勤、产业等方方面面的规章制度。这些制度的建立、完善和执行，是医院规范运行的根本保障。