1579年8月，信长接到了女儿德姬从冈崎城发来的密信，里面例举了松平信康、筑山殿勾结武田胜赖等12条罪状。信长看完后勃然大怒，急召作为使者前来送信的酒井忠次询问详细情况。德姬是信长的长女，由生驹吉乃所生，是织田信忠的姐姐，于1567年嫁给了德川家康嫡子松平信康。但婚后生活十分不幸，因为松平信康的生母筑山殿乃是被信长杀死的今川义元的侄女，所以婆媳之间相处经常爆发争吵。“忠次，此信内容你可知晓？”“在下不知”“拿给他看！”信长对这位德川家的老臣还是十分有礼的。酒井忠次看着看着浑身就颤抖了起来。“这……这……这……”“忠次，我跟德川大人是儿时的好友，你也是我敬重的老臣，我只问你一句，信中内容可否属实？”“唉，此事说来话长……我家主公国事繁忙，加上筑山殿又与今川家有关，所以经常冷落她，以致筑山殿与医师灭敬私通，此人乃武田家高坂昌信所派来的奸细，以复兴今川旧领为诱饵哄骗夫人……”“其他的我不管，我只问松平信康是否也参与了进去？”“这……少主殿下一向很孝顺，对筑山殿的话言听计从……”“够了，待我写一封回信，交于德川殿下吧。”酒井忠次的话还没说完，信长就已经下定了决心。
信的内容是要求松平信康、筑山殿两人切腹。德川家中顿时大乱，有的人指责酒井忠臣不善言辞以致如此，有的人主张破放弃与织田的同盟出兵一战，而作为松平信康老师的平岩亲吉更是认为这是自己之过，要求代替少主切腹。德川家康在抓获灭敬的时候，就已经知道此乃是高坂昌信所用的离间之计了，更深知信长这么下令是在试探自己的忠心。如果前去解释，或是再耍什么花样，一定会更加激怒信长，影响两家的同盟关系，所以只能忍痛杀死自己的妻儿，让这件事情尽快过去。8月29日，筑山殿不愿自尽，在去往而二俣城路上的佐鸣湖畔被杀。9月15日，松平信康在二俣城中切腹自尽，由服部半藏担任介错人，年仅20岁。由于家康的隐忍，虽然事件很快就解决了，但还是在织田和德川的关系上抹上了一层阴影。
9月16日，信长次子织田信雄为立战功，擅自率领8000士兵，从三个方向入侵伊贺国。遭到了以植田光次、百地丹波为首的“伊贺忍军“的猛烈反击。忍者军团借助地形使用夜袭、放火等扰乱战术，仅仅3天就打跑了织田军6000余人，信雄本人也好几次险些丧命。最后幸有重臣柘植保重舍身殿后，织田信雄才得以逃脱，史称”第一次天正伊贺之乱“。信长得知后，虽然狠狠地斥责了织田信雄。但是对忍者势力的强大也起了警戒之心。
再说有冈城，从1579年正月开始到9月间，织田信忠与荒木村重多次发生冲突。由于荒木村重期待的毛利、本愿寺援军都没到来，而城内兵粮已绝，荒木村重多次奇袭织田信忠的大营，想要突围。起初还能见效，可烧毁些织田军的马匹、粮草。后来织田信忠加强了守备，荒木军也无计可施。在得知波多野家已经覆没的消息后，村重携带5、6名随从于9月2日半夜逃出有冈城，坐船逃向荒木村次镇守的尼崎城。
信长得知荒木村重逃跑后，下令织田信忠引半数人马去攻打尼崎城，留大将泷川一益继续进攻有冈城。泷川一益并没有马上率军攻城，而是做起了调略的工作，以荒木村重逃走不顾将士性命为由，接连劝降中西新八郎、宫脇平四郎等将。1579年10月15日上午10点，织田军开始向有冈城发起总攻，二之丸守将渡边勘太郎带领增援的杂贺党抵抗到底，宁死不降。但见身边的士兵越来越少，只有切腹自尽。10月19日，在本丸的池田知正见大势已去，开城投降。信长对泷川一益大加赞誉，“一益不仅武勇卓绝，更具调略之才。真是进也泷川，退也泷川。”同时，黑田家臣栗山利安在土牢中发现了被囚禁了将近1年之久的黑田官兵卫。由于多次受到审问和拷打，所以官兵卫遍体鳞伤，再加上关押的山洞非常潮湿，难见阳光，以致于一条腿已经腐烂，失去了感觉。泷川一益见到黑田官兵卫心中暗树大指，敬佩其之忠心，急忙让羽柴秀吉前来探望。
此时，羽柴秀吉正按照竹中半兵卫的遗言与备前国的宇喜多直家进行交涉。“直家大人，见您气色不是很好，可要注意身体啊。”直家搂着身边的两个美女说道：“人生得意须尽欢，秀吉大人觉得我这两名爱妾如何啊？”“真乃天姿国色。”“哈哈哈，秀吉大人也是同道中人啊。我知你此次来意是想让我反毛利投织田，但不知信长大人能否容下我这等恶人呢？”“哈哈，想当年美浓的蝮蛇斋藤道三正是看中了信长大人的器量，才将美浓一国托付给他。再看看松永久秀，信长大人不管世人如何评论其恶毒，还依然委以大用。”“恩，之前我也有所耳闻，不问出处，人尽其才。但是信长好杀成性，日久必天怒人怨。不知，羽柴大人，可有取天下之心？”直家一边说着一边上下打量着秀吉。羽柴心中一惊，“直家大人说笑了，我乃百姓出身，蒙信长大人重用，现为一国之主，能追随信长大人平定天下我愿足矣。”“哈哈，真正的太平天下，也许只能有你这等百姓出身的人才能创造。我愿归顺信长，但有两件事相求。”“大人请说。”“我有一子，恳请羽柴大人收为养子。另外，毛利知我归顺信长，必来攻打，到时还望您出兵相助。”“一定，一定。”之后，此子借秀吉的“秀”字取名宇喜多秀家。1579年10月末，宇喜多直家正式归顺织田，打破了织田与毛利原本势均力敌的状态，胜利的天平倒向了织田一方。地处播磨国、摄津国的毛利军完全丧失了与本国的联系。羽柴秀吉得知黑田官兵卫未死，急忙赶来相见。见到躺着营中的官兵卫，眼泪夺眶而出。“官兵卫，官兵卫，你还活着，真是太好了。”“羽柴殿下，我没背叛信长大人。”“我知道，我知道。这1年来，你受苦了。”“被关押的日子里，我曾想一死了之。可看到身边枯萎的藤条又发出了新芽，还开出了紫色的花。就一直坚信您还是会来救我的。”“恩，我是不会放弃你的，你先安心养病。回头我们再去跟信长大人说明一切。”
1579年11月19日，信长派遣投降的池田知正去尼崎城劝降荒木村重，“交出尼崎城和花隈城，不然就杀光有冈城中荒木村重一族。”荒木村重大笑道：“我已不能回头了，告诉信长让他想杀就杀吧！。”池田知正知道自己没有完成使命也难逃一死，随即向四国的淡河国跑去。得知池田知正逃亡，信长大怒，将有冈城俘获的与村重有关的670人押到了尼崎城织田信忠的大营。12月13日上午，织田军在尼崎城下立起了97根处刑柱，开始处决。起初，先是用铁炮和长刀，最后直接就放火焚烧。死去的人中不仅包括荒木村重的侧室、重要家臣，还有池田知正年仅14岁的儿子，以及还在身怀六甲的荒木隼人介之妻。犯人悲鸣之声、狱卒斥责之声伴随着风火响彻天空，让人肝胆俱裂、不寒而栗。行刑执行了两天，尼崎城前死尸遍野，血流成河。荒木村重恐城内士兵因惧怕织田军而反叛，随即于12月16日，跑向摄津国最后的城池——花隈城。
黑田官兵卫经过2个月的修养后，身体已无大碍，但是一只脚残废了，只能靠拄拐行走。在得知竹中半兵卫死去的消息后，黑田也感到十分悲伤，并在心底深深地感谢其救下了自己的孩子，之后便跟随秀吉来到了安土城拜见信长。“官兵卫，你还活着真是太好了！详细情况，我已经听猴子说过了。我错怪你了，还将松寿丸……唉”。“大人，其实松寿丸未死。是竹中大人他用计将犬子救下，一直居住在美浓的菩提山城。”“半兵卫果然神机妙算，要不是这样，我真不知道该如何面对你们父子啊。”“大人，如今宇喜多直家已投靠我军，正是用兵之际。我愿再随羽柴大人一起，平定中国。”“好，你原来的主公小寺政职再度谋反，命你讨之。另外，不许你在使用小寺这个姓了，就让黑田的名字响彻播磨国吧！”
1580年1月，被包围了1年10个月之久的三木城终于撑不住了。城中无粮，起初靠军马、狗、老鼠还能充饥，最后就只能靠吃草根、树皮度日。1月14日，秀吉派遣别所重栋为使者，以城主一族切腹为条件，来劝降。别所吉亲反对投降，当场被士兵乱刀砍死，别所长治只好答应投降。1月17日，别所长治一族切腹。同时，黑田官兵卫奉命攻打小寺家的御着城胜利，当主小寺政职逃往毛利家避难。至此，播磨国完全归属信长，摄津国只剩下固守石山本愿寺的和尚们以及花隈城的荒木村重了。