当然，杀害苏联政委只是这个时期奥斯维辛的一小部分工作，它最重要的用途仍是镇压和威慑波兰人。为全力保证集中营满足国家在这方面的要求，霍斯一直在努力减少越狱事件的发生。1940年，只有两人试图逃跑，但到了1941年，这个数字上升到17人（之后数字继续增加，1942年迅速增至173人，1943年增至295人，1944年增至312人）。[55]由于早期绝大部分犯人都是波兰人，且当地居民对他们充满同情，因此只要这些囚犯能够突破集中营的防护设施，就有可能混进因种族重组而大批迁徙的人潮中，从此销声匿迹。白天很多囚犯在远离营地的地方劳作，他们甚至都不需要翻越环绕集中营的带电铁丝网，只要翻越外围的警戒篱墙（Grosse Postenkette）即可。
霍斯防止越狱的方法很简单，那就是采用残酷的惩罚措施：如果纳粹抓不到越狱者，就把他的亲戚关起来，还会从他所属的分队里挑出10名犯人，故意用特别残忍的方式将他们处死。1941年，罗曼·特罗扬诺维斯基曾三次因自己身边有人逃跑而被叫去参加筛选。“集中营长官和其他人会盯着犯人的眼睛看，”他说，“当然，那些看起来不太好的、特别虚弱的人往往最可能被选中。我也不知道在筛选的时候我都在想些什么，我就是不想看他的眼睛，但其实这样很危险。你要努力站得很直，这样就没人注意到你。当弗里奇在某个人面前停下来，伸出他的手指的时候，你并不知道他在指哪里，但你的心跳都要停止了。”特罗扬诺维斯基记得，有一次筛选特别能反映出集中营长官卡尔·弗里奇的个性：“在这次筛选中，弗里奇注意到离我不远的一个人站在那里瑟瑟发抖。他问：‘你为什么发抖？’翻译转述了他的回答：‘我发抖是因为我害怕。我家里还有好几个小孩，我想把他们养大。我不想死。’然后弗里奇说：‘当心点，别再有第二次。如果再让我看见，我就把你送去那里。’他指了指焚化炉的烟囱。那个人没听懂，看到弗里奇的手势，他往前迈了一步。翻译说：‘长官没选你，回去。’但弗里奇说：‘别管他，既然他站出来了，这就是他的命。’”
被选中的犯人会被带到11号楼，锁在房间里活活饿死。这是一个漫长而痛苦的过程。罗曼·特罗扬诺维斯基得知，他认识的一个人在饿了一个多星期后，竟然吃自己的鞋子。不过，在1941年的那个夏天，11号楼的禁食牢房中也发生过在这段黑暗的历史中实属罕见的事，让那些愿意相信犯人有获救可能的人感到慰藉。马克西米利安·科尔贝是华沙的一位罗马天主教神父。由于他所在的营房有一位犯人逃跑，他被迫参加筛选。站在他身边的弗朗齐歇克·加文泽科被弗里奇选中，但是他哭喊着说自己妻儿还在等他回去。科尔贝主动要求替他。弗里奇同意了。两星期后，还活着的四个人（包括科尔贝在内）被注射毒剂处死。1982年，科尔贝被波兰籍教宗约翰·保罗二世封圣。他的事迹引起不小的争议，原因之一是他在被捕前出版的一份杂志中，有反犹主义内容。然而，对他牺牲自己生命去拯救别人的勇气，没人对此有过质疑。
同样是在1941年7月，纳粹头子在数千英里外做出的一系列决定，让奥斯维辛日后的罪孽无以复加。这是第一次，奥斯维辛的犯人将面临毒气处决，不过不是以最终让奥斯维辛声名狼藉的那种方式。这些即将被杀害的犯人是纳粹“成年人安乐死”项目的牺牲品。其源头可追溯到1939年10月，当时元首下达了一项指示，允许医生挑出患有慢性精神疾病或身体有残疾的病人将他们杀死。一开始医生们给残疾人注射化学药剂，但后来他们更爱使用瓶装的一氧化碳。一些精神病院被改造成特殊的屠杀中心，在里面修建外观如淋浴室的毒气室。此前的几个月，希特勒已经批准了对残疾儿童的杀害。这是在贯彻他那套极端达尔文主义的冷酷世界观。这些孩子被剥夺了生命，因为他们身体的劣势将对德国社会造成负担。同时，作为种族理论的坚定拥护者，希特勒担心这些孩子一旦长大成人，极有可能会繁衍自己的后代。
9月1日，随着战争的打响，安乐死项目的受害者扩大到成年人，战争又一次成为激化纳粹思想的催化剂。在狂热的民族社会主义者看来，残疾人也是“Ballastexistenzen”，对处在交战状态中的国家更是一个累赘。普凡缪勒博士（Dr. Pfannmüller）是成年人安乐死项目中最恶名昭彰的人物之一，他如此表达自己的感受：“我们最优秀、最精英的年轻人跑去前线送死，好让那些低能的白痴和不负责任的反社会分子安全地躲在精神病院里，想到这些真让我难以忍受。”[56]行凶者如此思维，我们也就不难理解，为何筛选的标准不仅包括病人生理或心理疾病的严重程度，也涉及他们的宗教信仰和种族背景。结果，精神病院里的犹太人不经筛选便全数送去毒死；而东部波兰精神病院里的病人也以同样的方式被残忍杀害。1939年10月至1940年5月间，约1万名精神病患者在西普鲁士和瓦尔特大区遇害，其中很多是通过一种新的装置——四轮毒气室。受害者被塞进一辆经过改装的货车后部的密封车厢内，装在瓶子里的一氧化碳使他们窒息而死。由此，“生存空间”得以释出给即将到来的德意志人。
1941年初，成年人安乐死项目推广到各个集中营，这一行动被称为“14f13”。奥斯维辛从7月28日开始执行。“晚点名时他们宣布，所有病人都可以离开这里接受治疗。”卡齐米日·什莫伦[57]说，他当时是营中的一名政治犯，“有些犯人信以为真。大家都燃起了希望。但我不太相信党卫队会这么好心。”威廉·布拉塞也不信，他的卡波是一个德国共产党人，从后者那里他揣测这些病人后来的下场：“他跟我们说，在萨克森豪森集中营有传言，那些从医院被带走的人后来都消失了。”
大约有500名或自愿或被挑中的犯人离开了集中营，等待列车的到来。“他们都病恹恹的，”卡齐米日·什莫伦说，“没有一个健康的人，他们就像一群幽灵一样。护士们走在队尾，用担架抬着病人。那个场景让人毛骨悚然。没人冲他们嚷嚷，也没有人笑。那些病号倒是兴高采烈：‘告诉我的老婆孩子关于我的消息。’”让犯人高兴的是，两个最恶劣的卡波也在队伍之中，其中一个是很多人憎恨的克兰克曼。营里有传言说他跟他的保护人，即营地长官弗里奇闹翻了。正如希姆莱所说——当卡波回到普通犯人中会发生什么——几乎可以肯定在火车到达目的地之前这两个卡波就已经被打死了。那天离开集中营的所有犯人都被送到但泽附近的宗嫩斯坦（Sonnenstein），死于一所经过改造的精神病院里的毒气室。也就是说，第一批被毒气杀害的奥斯维辛囚犯并没有死在集中营，而是被转运到德国；他们也不是出于犹太人身份而遭到杀害，而是因为他们无法劳动。
1941年的夏天不仅是奥斯维辛发展史上的一个重要时间节点，也是对苏战争中的决定性时刻，纳粹对苏联犹太人的政策即将发生转变。从表面上看，整个7月的战争形势对德国非常有利，德国国防军对苏联红军的战斗取得了巨大胜利。7月3日，陆军总司令部的弗朗茨·哈尔德在他的日记中写道：“现在看来大概可以毫不夸张地说，对苏战争在两个星期的时间里就取得了胜利。”戈培尔7月8日的日记也表达了类似的观点：“我们将击溃苏联——没人对此再有疑问。”7月中旬，德军装甲部队已经深入苏联达350英里，到了月底，一名苏联情报官员奉贝利亚之命，找到驻莫斯科的保加利亚大使，询问他是否愿意作为德苏之间的调解人向德国请求讲和。[58]
然而，实际情况要更为复杂。饥饿政策一直是入侵策略的重要组成部分。举例来说，立陶宛的首都维尔纽斯在7月初的粮食储备只够维持两周。戈林在申明纳粹的政策时曾说过，作为占领者的德军只会给那些“为德国执行重要任务的人”提供食物。[59]另外，死在特别行动队枪下的犹太男人所留下的家眷也有待解决。这些女人和孩子大多数失去了家里的顶梁柱，很快就陷入饥馑；毕竟他们绝不会是“为德国执行重要任务的人”。
与此同时，食物短缺的危机已经有所预见——不仅是东部战场，还包括波兰罗兹的犹太人隔离区。当时掌管罗兹的是帝国保安总部负责处理犹太人事务的阿道夫·艾希曼，7月，党卫队的罗尔夫——海因茨·赫普纳给艾希曼的信中提到：“我们无法再养活所有的犹太人，这会是今年冬天的麻烦事之一。应该认真权衡一下，用一些简便快捷的办法解决那些不再适合工作的犹太人，或许还算人道。不管怎么说，总比让他们活活饿死要好。”（值得注意的是，赫普纳信中写到的可能需要杀死的是那些“不再适合工作”的犹太人，而不是所有犹太人。从1941年春天开始，纳粹越来越多地将“有用的”和“无用的”犹太人区别开来，这种区分后来在奥斯维辛著名的“筛选”中体现得更为明显。）
7月底，希姆莱下令解决被纳粹判定为“没有利用价值、纯粹浪费口粮”的犹太人，尤其是针对东部战线。他将党卫队骑兵营和警察营的部分兵力调到特别行动队，最终大约有4万人参与屠杀行动，是特别行动队成立之初人数的十倍。大幅增加人手的原因在于，在东部，屠杀的对象扩展至犹太妇女和儿童。在接下来的几周，这一命令先后传到各个特别行动队指挥官那里，大多是由希姆莱本人在巡视行刑的过程中亲自下达的。到了8月中旬，这些特别行动队的指挥官已全部获悉他们的新任务。
这是整个屠杀进程的一个转折。枪杀妇女和儿童，意味着纳粹对犹太人的迫害进入到一个概念完全不同的阶段。尽管到目前为止，纳粹在战争中的所有反犹政策几乎都有潜在的种族灭绝性质，且已有不少犹太妇女和儿童死在犹太人隔离区或失败的尼斯科计划中，但这次不一样。现在，纳粹决定把犹太妇女儿童集中在一起，让他们脱光衣服，在一个大坑前站成一排，然后开枪把他们打死。一个犹太婴儿绝无可能对德国的战争形势构成威胁，然而一个德国士兵却以此为借口朝幼小的孩童扣动扳机。
许多因素在这个关键时期共同促成了这一政策变化，其中很重要的一个前提条件是，苏联的犹太妇女儿童现在成了纳粹德国的“烫手山芋”，当然这也是后者一手造成的，他们射杀犹太男人并在东部实行饥饿政策。但这不是导致杀戮目标扩大的唯一原因。7月，希特勒宣布将在东部建立一个德意志人的“伊甸园”，言外之意是，在纳粹的这片新乐园上不会再有犹太人的生存空间。（这一年7月希姆莱曾多次与希特勒进行一对一的密谈，此后他便下令将屠杀的对象扩大到妇女和儿童，这绝非出于偶然；若不是元首本人有意如此，这一举措很可能不会发生。）由于相关负责队伍已经忙于枪决犹太男人，按照纳粹的逻辑，扩大特别行动队队伍自是顺理成章，以便彻底“净化”这个新的“伊甸园”。
1941年夏，党卫队派出数支步兵团前往东部增援特别行动队，汉斯·弗里德里希[60]是其中一员，他所在的分队主要负责乌克兰地区。据他所言，遭到迫害的犹太人没有丝毫反抗。“他们（犹太人）极度震惊，完全吓傻了，你可以为所欲为。反正他们已经听天由命。”党卫队和他们的乌克兰合作者强行把犹太人赶出村子，让他们站在一个“又大又深的坑旁边，以特定的姿势，好保证被击毙后会掉进坑里。这样的场景一次又一次地出现。有人负责跳进坑里仔细查看是否还有活口，因为不可能第一轮开枪就解决所有人。那些躺在那里只是受了伤的，会被用手枪补上一枪”。
弗里德里希承认，他自己也参与了深坑旁的屠杀。[61]他说，当受害者站在离他仅几米远的地方时，他“什么也没想”。“我只想着‘仔细瞄准，一定打中’。我想的就是这个。当你已经站在那儿，拿着枪准备射击……要做的就是，拿稳手里的枪，打得准一些。没别的了。”他从没有因自己杀死这么多人而遭到良心谴责，从没有做过与此相关的噩梦，也不曾在半夜醒来质问自己到底做了什么。