向南京进发
日本攻占南京的战略很简单，日军利用了南京城西、北两面均被长江封锁的地理特点。古都南京位于长江拐弯处的南侧，长江水道先是向北，然后折向东流。日军只要从东南方向进行合围，就可以利用长江的天然屏障，完全包围南京，并切断中国军队撤退的后路。
1937年11月下旬，日军兵分三路向南京进发。第一支部队在长江南岸沿江西行。他们在上海西北的白峁口登陆后，蜂拥进入长江三角洲，然后沿着沪宁铁路前进，此前日本空军已经炸毁了铁路沿线的大部分桥梁。这支部队由中岛今朝吾率领，他曾经是日本陆军在法国情报处的成员，后来成为昭和天皇的秘密警察首领。提及中岛的著作不多，但只要写到他，都是一边倒的负面评价。《天皇的阴谋》（Japan's Imperial Conspiracy）一书作者戴维·伯格米尼称他为一个“小希姆莱，进行思想控制、实施恐吓和酷刑的专家”。戴维还引用其他人对中岛的描述，称他是一个虐待狂，在去南京的路上带着用于焚烧尸体的特殊汽油。中岛的传记作者木村久迩典也曾在著作中提到中岛曾被描述为“一头野兽”和“一个暴力的人”。
第二支部队准备穿越位于上海和南京之间的太湖，进行大胆的水陆两栖攻击。该部队由上海向西行进，其行军路线位于中岛部队的南侧。指挥这支部队作战的是松井石根将军，他体质虚弱，身材矮小，留着小胡子，还患有肺结核。与中岛不同，松井是出身于书香门第的虔诚佛教徒，他还是日军在整个沪宁地区的总司令。
第三支部队从松井部队的南面向南京进发，然后转向，从西北方向进攻南京。领导这支部队的是柳川平助中将，他是个秃顶的矮个子，爱好文学。或许由于他涉入南京大屠杀的程度比其他大多数日本人都要深，他在侵略战争中的经历被蒙上了一层神秘的面纱。根据他的传记作者菅原丰的说法，控制日本军队的法西斯小集团将柳川视为异己，因为他曾试图阻止他们在1932年发动政变。柳川遭到军队主流势力排挤并被贬到预备役，后来成为中国战场的一名指挥官，并取得了“巨大的军事成就……其中包括包围南京”，但当时日军却不允许他的名字和照片出现在公开出版物上。因此，在当时的日本，对许多人而言，柳川是“戴着面具的将军”。
在日军前往南京的道路上，极少有中国人能幸免于难。日本老兵忆起当年袭击一个个小村庄的情景，他们使用木棍或刺刀，绝不放过遇到的任何人。但惨遭横祸的绝不仅仅是小村庄，一座座城市也同样被夷为平地。以位于太湖东岸的苏州为例，作为中国具有悠久历史的城市之一，苏州以精美的丝绸刺绣和雅致的园林庙宇闻名于世，城内的运河古桥为它赢得了“中国威尼斯”的美誉。11月19日清晨，暴雨如注，一支日本先头部队开进苏州城，他们缠着头巾，以防被中国守军认出来。一旦进城之后，日本士兵便连日烧杀抢掠，无恶不作，他们将文物古迹付之一炬，并抓走数千名中国妇女去充当性奴隶。据《密勒氏评论报》报道，日军的这次入侵使苏州人口从35万人骤减到不足500人。
日军铁蹄踏过松江9周后，一位英国记者有机会记录下这个上海郊区小镇的劫后惨状。他写道：“几乎所有残存的建筑都曾遭到焚毁，持续闷烧的断壁残垣冒着青烟，街道上渺无人迹，一派阴森恐怖的景象。唯一可见的活物便是野狗，它们以啃食大量的尸体为生，长得异常肥胖。这里原本人口稠密，曾经生活了大约10万人，但目前在整个松江镇，我只见到5位老人，他们躲在一座法国传教会的院子里，老泪纵横。”
朝香宫鸠彦接掌兵权
更残酷的暴行还在后面。
1937年12月7日，正当日军向南京逼近时，在苏州战地指挥部的松井将军病情加重，他的慢性肺结核再次复发。松井这次病得正是时候，因为他的指挥权正要移交给一位皇室成员。就在5天前，昭和天皇提拔了松井，将他调离现职，并派自己的叔父朝香宫鸠彦到前线接替他。根据新的任命，松井石根升任整个华中战场的最高统帅，而在军队中服役长达30年的朝香宫鸠彦中将则成为上海派遣军新司令，负责指挥南京周围的军队。由于是皇室成员，朝香宫手中的权力超过南京前线的所有将领。另外，由于他曾在巴黎的日本陆军情报处与中岛今朝吾和柳川平助做过3年同事，因此他与他们二人的关系比与松井石根的关系要密切得多。
昭和天皇为什么在这一关键时刻选择朝香宫接任这一要职，外人所知甚少。但伯格米尼相信，这样做是为了考验朝香宫。在1936年2月的兵变中，朝香宫曾经在某个政治议题上站在天皇的弟弟秩父宫雍仁一边，反对昭和天皇。在皇族成员名单中，昭和天皇单独挑出态度“不太好”的朝香宫，并委任他为南京地区的日军统帅，显然是要给自己的叔叔一个将功赎罪的机会。
当时，这似乎是一个微不足道的人事异动，但后来的事实证明，这对成千上万中国人的性命产生了决定性影响。
当时日本军队内部究竟发生了什么，外人很难知悉，因为许多细节是多年后松井石根和他的同僚在战犯审判时交代的，或是由不可靠的消息来源提供的，因此在引用时须格外谨慎。但如果他们的证词可信的话，当时的情况大致如下。松井石根对这个新来的皇室成员存有戒心，也担心部队滥用权力，于是对进攻南京的部队发布了一系列道德命令。他命令自己的部队在距离南京城外几公里处停下重新整队，只有少数纪律严明的队伍可进入南京，完成占领。这样，日本军队“在中国人面前表现出色，从而赢得他们对日本的信任”。他还召集参谋人员到他病榻前开会，并宣布：
皇军进入外国首都是我国历史上的一件大事……必将吸引全世界的关注。因此，进城部队必须严守纪律……要让他们事先知道需牢记的事项，以及南京城内外国人的权益所在地，绝对不能抢劫他们。必要时，安排岗哨。抢劫和纵火，即使是无心之失，也将严惩不贷。要派宪兵队和辅助宪兵队同部队一起进城，以防发生不法行为。
然而，正在其他地方酝酿的不法事端却超出了松井的控制。12月5日，朝香宫乘飞机离开东京，3天后到达前线。在南京东南方向约10英里的一座废弃的乡间别墅里，即距离战地指挥部不远的地方，朝香宫会见了他在巴黎时的同事中岛将军，中岛左臀部受了皮肉伤，正在康复中。中岛告诉朝香宫，日军将包围南京附近约30万中国军人，而且初步谈判表明他们打算投降。
据说在朝香宫听取报告之后，他的指挥部就发出了一系列盖有他私人印章的命令，并标有“机密，阅毕销毁”的字样。现在我们知道，这些命令明白无误地指示“杀掉所有俘虏”，但我们并不清楚这些命令是不是由朝香宫本人发出的。
日军进入南京后，消灭所有中国战俘的命令已不仅仅停留在文件上，而是已经传达到下层军官。1937年12月13日，日军第66师团接到如下命令：
师团战斗通讯员2点接到师团司令官命令：奉本旅指挥部命令，所有战俘必须全部处死。处决方法：将战俘分为12人一组，分别枪决。
下午3点半，各连队指挥官召开会议，就如何处理战俘问题交换意见。经讨论决定，把战俘平均分配给各个连队（第一、二、四连），以50人为一组，从关押地带出去处决。第一连在驻地以南的庄稼地执行，第二连在驻地西南的低洼地执行，第四连在驻地东南的庄稼地执行。
要在战俘关押地周围严加守卫。绝对不能让战俘发现我们的意图。
各连队必须在5点之前准备完毕。5点开始执行任务，7点半之前执行完毕。
该命令包含着一种残忍的逻辑。日军无法向战俘提供食物，所以必须将他们消灭。杀掉战俘不仅可以解决粮食问题，而且消除了报复的可能性。毕竟，死去的敌人无法组织游击队。
然而，执行命令却是另一回事。12月13日拂晓，当日军突破南京城墙之后，他们进入的是一座人数远远超过自身军队人数的城市。历史学家们后来估计，当时大约有50多万平民和9万中国军人受困于南京，相比之下，进攻南京的日本士兵只有5万人。中岛将军明白，屠杀成千上万名中国战俘绝非易事：“处置1千、5千或是1万名俘虏，即便只是解除他们的武装都极为困难……如果他们想闹事的话，后果将不堪设想。”
屠杀战俘
由于人力有限，日军很大程度上依靠欺骗策略处置战俘。这种大规模屠杀战略包括以下几步：先是向中国人假意许诺，只要停止抵抗就可以获得公正待遇，哄骗他们向日本占领军投降，然后将他们分成100~200人的小组，最后将他们诱拐到南京近郊的不同地方杀害。中岛希望，大部分战俘会由于进一步抵抗无望而失去信心，从而服从日本人的任何指令。
所有这一切比日本人的预想更容易实现。中国人只进行了零星的抵抗，事实上，这些抵抗几乎可以忽略不计。当日军围攻南京时，许多中国士兵丢下武器，试图弃城而逃，后来乖乖投降以求得较好的待遇。一旦中国士兵缴械投降并束手就擒，剩下的事情就如日本人所愿了。
日本老兵东史郎在日记中记载了南京陷落不久，数千名中国士兵向日军投降的情景，他详细描述了中国战俘任人宰割的消极状态。东史郎所在的部队原本在市区广场分派营地，部署岗哨，后来突然接到命令，要他们去围捕大约2万名战俘。
东史郎和他的同伴走了大约9英里或10英里搜寻这些战俘。夜幕降临时，他们终于听到了蛙鸣般的吵嚷声，他们还看到数不清的烟头在黑暗中闪烁。东史郎写道：“场面太壮观了，7000名战俘聚集在同一个地方，围拢在两面白旗周围，白旗挂在一根枯树枝上，在夜空中随风招展。”战俘们衣衫褴褛，穿着蓝色棉布军服和外套，戴着帽子。他们有的用毯子盖住头，有的带着草席，还有的背着棉褥子。日军让战俘排成四队，队前竖着白旗。几千名中国士兵耐心地等待着日军将他们带走，并指引他们投降后下一步该怎么做。
中国军队不愿还击，这让东史郎深感惊讶。在日本的军队文化中，飞行员佩带匕首而非降落伞，他们宁可自杀也不愿被俘。对来自这种文化背景的人来说，中国人不与敌人死战到底的行为实在令人费解。当发现战俘人数远远超过征服者的人数时，他对中国人就更加鄙视了。
“当我想到他们是如何将所有能找到的白布收集在一起，挂在枯枝上，然后前来投降时，感觉真是既可笑又可悲。”东史郎写道。
我想，他们是怎么变成战俘的呢？他们有这么多人——超过两个师团的兵力，竟然没有尝试任何抵抗。这么多军队中一定有为数不少的军官，但没有一个留下来，我想他们都逃跑了。尽管我们有两个连的兵力，而且那7000名战俘也已被解除了武装，但如果他们奋起反抗，我们的部队一定会被彻底消灭。
东史郎心中五味杂陈，他为中国士兵感到难过，这些人又饥又渴，饱受惊吓，不断地要水喝，并再三要求日本人保证不会杀掉他们。与此同时，他又对这些人的懦弱感到厌恶。当想到自己在先前的战斗中曾偷偷害怕过中国人时，东史郎突然感到很羞愧。他有一种自然的冲动，不由自主地贬抑这些囚犯作为人的属性，将他们比作昆虫和动物。
他们成群结队地往前走，如同在地上爬行的蚂蚁。他们看上去就像一伙无家可归的游民，脸上带着愚昧无知的神情。
他们就像一群愚昧的绵羊，在黑暗中交头接耳，毫无秩序地向前走。
他们一点儿都不像昨天还朝我们射击、给我们制造麻烦的敌人。实在难以置信，他们曾经是敌军的士兵。
想到我们一直在拼死与这群愚昧的奴隶战斗，感觉太傻了。他们中有些人还只是十二三岁的小男孩。
日军把囚犯带到一个邻近的村庄。东史郎回忆说，当日军要将一些中国人赶进一座大房子时，他们似乎觉得这地方像“一个大屠宰场”，因而犹豫着不肯进去。但最后他们还是屈服了，并排队进入大门。只有当日军试图拿走他们的毯子和被褥时，有些囚犯才开始与日军争夺。第二天早上，东史郎及其同伴接到去另一地区巡逻的命令。后来他们才知道，就在他们巡逻时，这些中国战俘被两三百人一组分给几个连队，然后遭到集体屠杀。
南京大屠杀期间，最大规模的一次集体屠杀战俘事件或许就发生在幕府山附近。幕府山位于南京正北方向，处在南京城和长江南岸之间；据估计，大约57000名平民和缴械的士兵在此惨遭杀害。
屠杀是在暗中分阶段进行的。1937年12月16日，《朝日新闻》的记者横田报道说，日军在乌龙山和幕府山附近的炮兵要塞俘虏了14777名中国士兵，仅仅是囚犯人数就让日军感到棘手。横田写道：“日军第一次抓获这么多俘虏，这给日军带来重大挑战，因为没有足够人手处理这些战俘。”