要理解日军的所作所为，必须首先弄清楚一系列显而易见的问题。在南京大屠杀期间，究竟为什么日本士兵的行为竟然完全脱离人类基本的行为规范？为什么日本军官允许甚至鼓励这种失控行为的发生？日本政府是怎样参与其中的？日本政府对于从本国渠道获得的报告，以及来自南京大屠杀现场的外籍人士的消息，究竟有什么反应？
要回答这些问题，我们必须先从相关的日本历史谈起。
20世纪日本人的民族特质是由一种业已存在千年的社会制度锻造出来的，在这种制度下，社会等级的确立和维持是通过军事斗争实现的。千百年来，日本列岛上强大的封建诸侯雇用私人军队，彼此征战不息；到了中世纪，这些军队逐渐演变为日本社会独特的武士阶层，他们的行为规范被称为武士道（即“武士的行为规范”）。为主人效忠而死是武士一生中至高无上的荣誉。
当然，这种荣誉规范绝非日本文化首创。古罗马诗人贺拉斯最先指出，每个时代的年轻人对其统治者应尽的义务是：为国捐躯，无上光荣。但是，日本的武士哲学更进一步，对军事义务的界定远远超过了正当和适宜的程度。日本武士的行为规范极为严苛，其最显著的特征是道义上的强制性，即如果没能光荣完成军事任务，就要自杀谢罪：通常情况下武士要在多个证人面前实施高度程式化而又极端痛苦的剖腹仪式，大无畏地自杀身亡。
到了12世纪，在征战中获胜的家族（因此也是最有权势的家族）首领成为幕府将军，他雇用武士向天照女神的直系后裔（广受尊崇的天皇）提供军事保护，作为交换，武士阶层获得了整个统治阶级的神圣认可。随着时间的推移，最初只有少数人遵循的武士行为规范逐渐渗透到日本文化中，成为所有年轻男子尊崇的行为典范。
时间的流逝并没有削弱武士道的精神力量，这种精神在18世纪开始崭露头角，并在现代战争实践中趋于极致。第二次世界大战期间，臭名昭著的神风突击队执行自杀式攻击任务，受过正规训练的日军飞行员驾驶飞机直接撞向美国战舰，日本青年这种誓死效忠天皇、随时准备献身的行为给西方留下了极其深刻的印象。而且并非只有少数精英团体拥有这种宁死不降的信念，人们惊讶地发现，盟军投降与战死的比例是1∶3，而日军的这一比例则是1∶120。
另一种塑造日本人特殊品行的力量来自于它的孤立，既包括地理上的孤立，也包括它自身的选择。15世纪末16世纪初，日本在德川家族统治下实行闭关锁国政策，以免受外国影响。这一政策的本意是保护日本免受外部侵扰，结果却事与愿违，造成日本社会与正在发生工业革命的欧洲完全隔绝，新技术无从传入，进而威胁了国家安全。在长达250年的时间里，日本的军事技术一直停留在弓箭、刀剑和火枪的水平。
到了19世纪，事态的发展超出了日本的控制，作茧自缚的日本再也难于自保，陷入了极度不安与仇外的绝望。1852年，时任美国总统的米勒德·菲尔莫尔对日本拒绝开放通商口岸的做法极为不满，加上他以“白人责任论”（当时将欧洲扩张主义合理化的一种观点）的心态看待其他社会，于是决定派海军准将马修·佩里前往日本，以终结其孤立状态。佩里仔细研究日本历史之后，决定以大规模展示美国武力的方式震慑日本，逼其就范。1853年7月，佩里派遣一支冒着滚滚黑烟的小型舰队开进东京湾——让日本人第一次见识了蒸汽动力。在六七十位手持刀枪、面目凶悍的侍卫簇拥下，佩里昂首阔步前往幕府将军的驻地，要求会见日本的最高官员。
说佩里的到访使日本人目瞪口呆实在太过轻描淡写了。关于此事，历史学家塞缪尔·莫里森这样写道：“这件事对日本人来说，就如同宇航员宣布形状怪异的外太空飞行器正在飞向地球一样。”惊慌失措的德川贵族阶级匆忙藏好细软，召开会议，准备应战。但最终他们别无选择，不得不承认美国的军事技术优势，接受美国代表团的要求。仅此一次造访，佩里不仅迫使德川幕府与美国签订各种条约，而且为英国、俄国、法国和德国等国家打开了与日本通商的大门。
此次蒙羞在日本这个傲慢的民族心中留下了强烈的怨恨。日本当权精英中，有人私下主张应该立即向西方列强宣战；其他人则主张谨慎行事，认为战争只会削弱日本而非敌国。持后一种观点的人敦促领导阶层安抚入侵者，师夷长技，徐图复仇大计：
在机械制造方面，我们还无法与外国人抗衡，因此我们应该与外国保持交流，并学习他们的军事训练方法与战术，等我们（日本）各藩属国团结如一时，就可以走出去，将外国的土地分封给战功卓著的将士；这样，士兵们将争先恐后地表现其勇猛果敢，那时我们再宣战也为时不晚。
尽管这一观点并未公开流行，却颇有预见性。因为它不仅预示了日本将要奉行的战略，还描述了日本人长期以来认为生命属于国家而非个人的理念。
面对西方入侵，德川幕府没有明确的行动方案，于是决定观望等待——这一决定实际上宣告了其统治的终结。幕府将军安抚外敌的政策与其忠诚支持者的要求相距甚远，招致许多人的唾弃；鹰派反对者也对其大加批判，认为幕府将军对入侵的谨慎回应无异于向外国蛮夷卑躬屈膝。由于确信幕府已经失去统治资格，反叛各藩结成倒幕联盟，推翻了幕府统治，还大政于天皇。
1868年，倒幕联盟以天皇的名义获得胜利，并开启了一场轰轰烈烈的革命，旨在将日本从战乱频仍的封建割据国家转变为强大的现代国家。他们将崇拜太阳的神道教尊崇为国教，将天皇视为国家的象征，扫除地方割据势力，进而统一日本列岛。新的帝国政府决心最终战胜西方，因而将武士道精神作为全体公民的道德准则。来自国外的威胁进一步促进了日本列岛的精神净化，这一时代后来被称为“明治维新”。此时日本全国上下回响着各种民族主义的口号：“天皇万岁！驱除蛮夷！富国强兵！”
日本以惊人的速度在科学、经济和军事等方面迅速步入现代社会。政府选派最优秀的学生到西方国家的大学学习科学技术，政府还控制本国工业，创设兵工厂，建立以征兵制为基础的国家军队，取代地方割据的封建军队。日本还仔细研究美国和欧洲各国的国防战略，其中最推崇德国的军事制度。但是，日本留学生带回的关于西方技术和国防战略的知识击碎了日本长久以来自以为是的军事优越感，使它陷入深切的不安，对将来向西方宣战时必胜的信念产生了怀疑。
到19世纪末，日本已准备好大展拳脚，在其亚洲邻邦身上测试自己的新力量。1876年，明治政府派遣一支由两艘炮艇和三艘运输舰组成的海军舰队前往朝鲜，强迫朝鲜政府签订通商条约——此举不禁使人想起当年佩里强迫日本开埠通商的情景。
随后，日本在朝鲜问题上与中国发生了冲突。1885年签订的条约虽然确立朝鲜为中国和日本的共同保护国，但10年不到，当中国试图平定一次由日本极端民族主义者支持的朝鲜叛乱时，中日两国爆发了大规模冲突。1894年9月，双方宣战后仅仅6周，日本不仅占领了平壤，而且在海战中使中国北洋舰队全军覆没。清政府被迫与日本签订了丧权辱国的《马关条约》，该条约规定，中国向日本支付2亿两白银作为战争赔款，割让台湾、澎湖列岛和辽东半岛给日本，并增开4个通商口岸。这次战争后来被称为“第一次中日战争”。
若不是后来西方列强的干预，日本原本会取得全盘胜利。战后日本获得的最大战利品——辽东半岛，由于俄国、法国和德国的干涉，最后被迫归还给中国。这进一步表明遥远的欧洲列强具有迫使日本就范的实力，但这只会激励日本痛下决心，努力在军事上超越西方宿敌。到1904年，日本的军队规模增加了1倍，并在军备制造方面实现了自给自足。
这种努力发展军事力量的战略很快得到了回报。日本扬言不仅能在战争中打败中国，而且能打败俄国。在1905年的日俄战争中，日本重新夺取了辽东半岛的旅顺港，并在对马海战中取得胜利，获得库页岛的一半和在东三省的商业优势。对一个过去50年来在西方羞辱中卧薪尝胆，同时又自尊自傲的国家而言，此次胜利实在令人振奋。当时一位陶醉于胜利喜悦的日本教授曾经这样总结整个国家的雄心壮志，宣称日本“命中注定要对外扩张并统治其他国家”。
多半得益于这些胜利果实，20世纪初期成为日本的黄金岁月。现代化不仅为日本赢得了军事声望，也为其带来史无前例的经济繁荣。第一次世界大战为日本的钢铁和纺织品提供了广阔的市场，促进了日本对外贸易的发展。日本股价猛涨，暴发户应运而生，他们挥霍无度，纸醉金迷，举国上下一片奢靡之风。在这个男性占主导地位的社会中，即便是传统上深居简出的日本妇女，也开始在赌场和赛马场上一掷千金。
如果这种繁荣持续下去的话，日本社会或许会出现一个强有力的中产阶级，成为遏制军国主义影响的中坚力量。但事与愿违，日本很快就面临其现代历史上最具灾难性的经济危机——前期成果瞬间化为乌有，整个社会陷入饥荒的边缘，日本由此走向战争之路。
20世纪20年代，日本繁荣的黄金时代落下帷幕。第一次世界大战的结束终止了先前强大的军事用品需求，日本的军工厂纷纷倒闭，导致成千上万的工人失业。1929年，美国股市崩溃，“大萧条”随之而来，美国奢侈品消费锐减，使日本的生丝出口贸易陷入瘫痪。
同样重要的是，虽然日本在第一次世界大战中站在协约国一方，但战后10年间，许多国际商人和消费者却刻意避免购买日本商品。尽管欧洲国家和日本一样，都凭借第一次世界大战的胜利扩张了其海外帝国，但人们却以不同的眼光看待日本的扩张。由于西方人反感日本在20世纪初的几十年中对中国的侵略行为，更厌恶日本试图将西方式的殖民主义加诸它根据《凡尔赛和约》所控制的德国前殖民地，因此西方的金融家们选择将更多的资金注入中国。紧接着，由于《凡尔赛和约》规定将德国在山东半岛的权益转让给日本，中国人民群情激奋，因而发起了广泛的抵制日货运动。这些事态的发展进一步损害了日本经济，并促使日本人普遍认为自己又一次成为某种国际阴谋的受害者。
经济持续衰退对日本社会的正常运行产生了灾难性影响。企业纷纷倒闭，失业人数剧增，贫困的农民和渔民被迫卖女为妓。通货膨胀、工人罢工以及1923年9月的关东大地震使日本凄惨的社会形势进一步恶化。
在“大萧条”的背景下，日益流行的一种论调是，日本需要通过征服新的领土来避免大规模饥荒。明治维新时期，日本人口只有3000万左右，到1930年却猛增到近6500万，这使得日本越来越难以养活其全部人口。日本农民艰辛劳作，努力使粮食亩产量升至极限，截至20世纪20年代，日本的农业产量已经陷入停滞。不断增加的人口压力迫使日本每年都严重依赖粮食进口，从20世纪初到20世纪20年代末，日本的大米进口增长了2倍。过去日本一直依靠纺织品出口收入支付粮食进口费用，但20年代末纺织品出口受到国外需求萎缩和市场竞争激烈的制约，并经常遭遇歧视性关税。
20世纪20年代，日本军队中年轻的激进分子不断论证军事扩张是关系到国家存亡的关键问题。在《致青年人》（Addresses to Young Men）一书中，陆军中校桥本欣五郎写道：
为摆脱人口过剩的压力，摆在日本面前的只有三条路——向外移民、开拓国际市场以及领土扩张。由于其他国家歧视日本移民的政策，第一扇门，即向外移民，已经对我们关闭了。由于关税壁垒和通商条约的废止，第二扇门也正在关闭。当三扇门中的两扇都已对我们关闭时，日本该何去何从？
另外，还有一些日本作家提到其他国家拥有的广袤领土，抱怨这是不公平的，尤其是这些国家没有做到地尽其用，未能达到日本农民实现的粮食亩产量。