外经贸部在全国各地都有代表处，各个代表处把当地中小企业信息放在网上。因为中国商品交易市场是在互联网的开放环境下运行的，因而中小企业上网很踊跃，网站很快就盈利了。有了部长的大力支持和地方部门的强力推广，网上中国商品交易市场的发展十分迅速。而且，国富通和中国商品交易市场网站，都是在创建的当年就实现盈利的项目，纯利高达287万元。
此后，马云和他的团队又成功地推出了网上中国商品交易市场、网上中国技术出口交易会、中国招商、网上广交会和中国外经贸等一系列站点。
另外，在中国政府站点中，外经贸部的网站不仅是国内部委中最早的一个，也是最优秀的政府站点之一，而且在1999年就被评为中国“政府上网工程”的推荐优秀站点。
最让马云感到自豪的是，他们做的网上中国商品交易市场，是中国政府首次组织的互联网上的大型电子商务实践。就在国富通成立的1998年7月，时任外经贸部部长的石广生在CIECC创建的我国第一个在线商品采购基地——“中国商品交易市场”的开幕式上指出，建立网上中国商品交易市场是中国对外经济贸易方式的一大飞跃。他同时宣布：网上中国商品交易市场是“永不落幕的交易会”。
南归，马云再回杭州
尽管公司经营得轰轰烈烈，但敏锐的马云就有一种强烈的预感：这里不是我们的公司，只是政府的部门。而他的预感完全正确，无论是EDI还是国富通，都不是供他自由驰骋的平台。最初，在做外经贸部的官方网站时，EDI方面提出要建大内网。从这个方案一提出，马云就表示强烈反对，要求做互联网。就因为坚持把大内网扩展到互联网的想法，马云还和EDI的几个部门领导发生了一些争执。
争执的过程中，马云渐渐地明白了领导们的意思：请你是来给政府做事的，不是来当领导的，决策的问题是你一个编外人员说了就算的吗？
事实也是如此。尽管马云出任中心信息部经理，也算是EDI的中层领导，但他仅仅是个社会编外人员，在一些涉及利益的重大决定上，他不可能有太大的发言权，更没有一拍脑袋便“一口定乾坤”的决策权。
从双方在这个项目的分歧上不难看出，双方的冲突不是个体的小矛盾，而是一种文化的大撞击：马云想要实现的是互联网平台的核心价值——开放、共享，而机关的领导们则更希望凭借其强势的行政资源实现两个目标——垄断、控制；上升到企业文化的角度上说，马云想要的是自由，而政府机关里只有服从。
随着时间的推移，无论是在处理问题的方式，还是思考问题的角度上，马云都觉得他与那些政府官员们“缺少共同语言”。当然，也许领导们要的就是这种结果，就是要保持国家干部与这群编外人员之间的距离。如果仅仅是自己感到“不爽”倒也能忍，问题在于，他为那些和自己一起北上的伙伴们感到不平。
比如，刚刚带队挥师北上时，EDI方面曾承诺给他们的团队30％的股份，而成绩做出来之后（比如网上中国商品交易市场和国富通给外经贸部创造的巨大盈利），当初承诺的这些股份在体制内根本无法真正得以落实。在很多场合，马云都提到了当时的“委屈”（其实更多是为伙伴们感到不平）：“我们那时候就拿几千元一个月的工资，其他什么也没有。”
另外，除了开发外经贸部官方站点、网上中国商品交易市场两个大项目之外，在马云的带领下，他们的团队又先后做了网上中国技术出口交易会、中国招商、网上广交会和中国外经贸等一系列网站。平心而论，即使以今天的水准来衡量，马云团队干的这些活儿都很漂亮，很出色。尤其是网上中国商品交易市场，作为中国政府首次组织的互联网上的大型电子商务实践，其第一年就实现了净利润287万元。但是，这些功劳与成就，绝不会记在马云团队的名下，因为他们都是无名小卒。
当初创建中国黄页的时候，尽管最终跟杭州电信弄得不欢而散，但是，在1996年之后的杭州城里，从普通百姓到政府高官，很少有人不晓得马云和中国黄页，马云团队也是当仁不让的互联网开创者。如今，在偌大的北京城里，谁认识马云？在大大小小的会议上，又有多少人会把马云放在眼里？即便在各个办事部门里，又有多少人把这群杭州来的十几人当一回事呢？
所有的委屈、痛苦与无奈，全在这一刻如暴雨般倾泻而出，忍辱负重的马云，已经压抑得太久太久了……
一个寒风凌厉的冬夜，北京外经贸部东郊潘家园。一贯有着顽童般纯真笑脸的马云召集了团队成员，说有事要宣布。在所有人都到齐了以后，马云一脸严肃地看着大家，以平时极为罕见的平和语调说了一句话：“我近来身体不太好，打算回杭州了。”话音一落，刚才还在叽叽喳喳的人们，同时张大了嘴巴、瞪大了眼睛，有如见到外星人一般，直勾勾地凝视着他。
所有的人都屏住了呼吸，听马云把话讲完。
马云继续说道：“现在，你们面临几个选择。第一，你们可以留在部里继续干，安心待在机关做事，外经贸部名头响，也有宿舍，在北京的收入也非常不错；第二，在互联网混了这么多年，你们都算是有经验的人了，也可以到雅虎（当时的雅虎中国公司已经成立），那是一家特别有钱的公司，工资也很高，每月几万块都有，我推荐，一定会录用你们的；第三，你们也可以去刚刚成立的新浪、搜狐，也是我推荐。大家仔细考虑一下。”
说完这些以后，马云不语了。下面听的人都是大眼瞪小眼，面面相觑，一脸茫然。过了一会儿，孙彤宇问道：“我们在北京干得好好的，而且是为政府部门做事，干吗要再回去过那种苦不堪言的日子呢？”
马云理解大家的心情，也清楚他们的想法，所以，他也给大家留了一条“弃明投暗”之路：“当然，你们要是愿意跟我回家二次创业，也可以，但会很苦，非常辛苦。第一，你们每月将只有500元的工资；第二，未来公司的办公地点就在我家那150平方米里，而你们自己要租房子住，而且不能离我家太远，必须在离我家步行5分钟以内的范围内，不能打的上班；第三，至于将来具体要做什么，我自己还不知道，我只知道我要做一个全世界最大的商人网站。到底是跟我一起回去还是留在北京，你们自己一定要想清楚了再做决定，我给你们3天的时间考虑。”
5分钟后，所有的人都做出了一致决定：一起回杭州，重新开始！那一刻，一向坚强的马云流泪了，他感到一股暖流在身上涌动。也就是那一刻，马云对自己说：朋友没有对不起我，我也永远不能做对不起朋友的事情！
我们回去，从头开始，从零开始，建一个我们这一辈子都不会后悔的公司。
在离开北京前的最后一个晚上，马云和这十几个年轻人聚在北京的一个小酒馆。那天晚上下着很大的雪，众人大碗喝酒，大块吃肉，一起抱头痛哭，最后唱起了《真心英雄》，唱完《真心英雄》就唱老歌，一首接一首，这群走南闯北的汉子们都回避着“离别”这个对他们来说太过沉重的词语。许多人都不记得那天晚上马云到底说了些什么，也不知道第二天开始将要面对怎样的生活，但是那个晚上，酒是热的，心是热的，歌是热的。大家就记得唱了一个晚上的《真心英雄》。许多年以后，这首歌伴随着阿里人度过了许多危难的时期，比如第一次互联网低潮，比如“非典”。只要阿里人一听到这首歌，每个人的心头都会掠过一幕幕的镜头，那首歌也许代表了阿里巴巴的一种精神。无论是谁，只要是阿里人，在最困难的时候只要一听到这首歌，心中就会立刻充满感动、充满希望。这是1999年，这是马云遭逢人生的第二次创业失败。然而马云在失败面前从来不曾气馁。
无巧不成书，丁磊带着他的网易北上之日便是马云带着自己的队伍南归杭州之时。
阿里巴巴横空出世
马云团队在北京的14个月，并非完全失败。国富通网站当年创建，当年盈利是中国互联网早期绝无仅有的奇迹。抛开业绩不说，马云他们二次北上的收获依然重要。他们毕竟做的是外经贸部网站，毕竟是站在了当时中国外贸的制高点上，和世界对话，和互联网巨头们对话。
马云在这里亲身感受了国家宏观经济的脉搏，感受了世界互联网产业的脉搏。建在互联网上的中国商品交易市场一开通，各地中小企业反应热烈的场景不会不给马云留下深刻印象。
马云后来说：“我在外经贸部的工作经验使我了解了许多中小企业的需求，也教会我如何让互联网能用于世界和中国的中小企业，这的确对我帮助很大。”
谁也不能否认阿里巴巴是马云和他的团队的一个伟大的创新，阿里巴巴的B2B商业模式堪称是世界互联网上的第四种模式。但这个模式的影子从1995年马云在西雅图放到网上的海博社的网页上就可以找到，那不也是个贴上去的企业信息吗？这个模式的影子从后来的中国黄页的页面上也能找到，只不过中国黄页上的企业信息是收费的，而且主要是大企业的信息；这个模式的影子更能从北京的“中国商品交易市场”的页面上找到，虽然也同样是收费产品，但那上面已经主要是中小企业的信息了。
1998年年底离开北京时，马云曾对大家说，回去做什么还不知道。其实那时他心里已经有了一个模式。