汉代实施“察举”制度，要求每2万人中选出一名“孝廉”。被提名的人和高官的子弟组成实习军团，先当宫廷守卫，经过一段时间的锻炼和学习后，再分配到各政府单位任职。这样一来，大批地主最后集结成党派，透过“察举”等制度，和中央保持强有力的联系，并扩大在乡间的影响，侵蚀地方政府，逐渐动摇中央政府的基础。在东汉前的权力真空期，这个现象更是严重。东汉末期，学问成为获取权力的公开手段，私人讲学吸引了很多门徒，常常达数千人之众；朝廷办的太学(汉代出现的设在京师的全国最高教育机构。西汉早期，没有出现传授学术的学校。汉武帝独尊儒术后，采纳董仲舒的建议，开始在长安建立太学。这种制度为后代王朝所延续，并大都是当时的最高学府)，更多达3万人。显然，对国家而言，这并非什么好事。
汉武帝之后，经过霍光与王莽两位著名外戚的统治，西汉走到了它的尽头。如果从大历史的眼光来看，从霍光到王莽，在这不到100年的时间内，中央政权已无从合理化。因为中国在公元前统一为政治上的初期早熟，既无各地确实统计数字，也不能区划中央与地方的权限。在囫囵情形下，凡事靠在位者及摄政者随时摆布。
恰巧昭、成、哀、平四位皇帝都没有儿子，而按习惯法，又必须从皇室支裔里找继承人，每次人选约二三十人，或多至四五十人，又不按出生顺序选年纪大的，反倒是选小孩子，因为这样可以很方便地加以操纵，这无疑增加了女人的重要性。汉朝皇后平日没有任何实权，皇帝在位时，要说废掉她们，就可以废掉她们，并不像后代手续那么复杂。但只要皇帝一死，皇后成为皇太后，对择嗣就会有决定性的影响。这种安排，无疑会使她的娘家人(外戚)，从中大得好处。
王莽篡位改革失败，由刘秀建立东汉。但此时的东汉王朝与西汉相比，已经有了很大的不同。黄仁宇先生说，西汉帝国仍是草创时代，不管是文景之治，还是武帝之用董仲舒，也不管是霍光的专权，还是宣帝的各种理论，都离不开一种试验的性质，所以能让读史者有好奇心。但东汉的君主，却没有进行这样创作的机会，其主要的原因是帝国的粗胚胎稳定之后，法制却不能确立。所以，从长期的历史眼光看来，后汉因袭前代过甚，只能继续充实一个原始型以小自耕农作基干的大帝国，不能替中国打开新局面。
在东汉的12个皇帝中，只有光武帝刘秀和明帝刘庄是成年人登基，其他的要不是弱冠享位，就是在襁褓孩提中拉来算数。而且除了最后一个禅位于曹丕的献帝活了54岁外，其余的没有一个活到40岁。因此，东汉的政局，总是受宦官、女后和外戚的操纵。
除了宦官和外戚的原因外，黄仁宇先生还为东汉的灭亡找出了两个重要背景：
东汉的学术很有成效，但是由于仕途受限，有的人终身为布衣，有的则为“宾客”，还有很多的自命清高，在读圣贤书之余，养成一种轻狂的风气，不仅自己被狭窄的伦理观念所支配，还要强迫他人也按自己的观念从事，从而成为东汉党争的根源。
东汉的法制毫无规章，也是一个深重的弱点。汉法是根据《秦律》演变而来，条文复杂，内容简单，根本应付不了复杂的社会局面。
公元200年，发生了官渡之战，在黄仁宇先生看来，这无疑是开启了长期无政府状态和军人冲突的大战争。大战的其中一方是袁绍，企图以新兴的州郡力量称霸。他的祖先袁良以经学起家，大大赚了一笔钱。袁良曾在朝廷任太子舍人，后来将这种“传男不传女”的知识交给孙子袁安。袁安则从县的地方官升到郡太守，后来担任朝廷大臣。从此以后，袁家没有一代不在朝中任官，“门生故吏遍天下”。袁绍起兵时，据说门客和属下有近十万人。
大战的另一方是曹操，他以东汉王朝的保护者自居。曹操出身“孝廉”，养父显然是宦官，曾担任皇帝的中常侍。在这场战役中，袁绍的杂牌军溃败，但朝廷的秩序并没有恢复，反而瓦解。当时的组织和辅助单位也无法使地方自治正当化。无论如何，当时的问题包括大规模的天灾，以及长达数千公里的边疆防御线，由地方崛起、从学阀转成军阀的人士，并没有能力处理这些问题。
总之，按黄仁宇先生的说法，“汉代的覆亡，则证明一个政治体系，对各人私利观完全否定，只能控制一个简单的社会，一到情态繁复，各人口是心非，就无法和衷共济。”纵使军阀再想合作，也找不到一个合作的逻辑。晋代曾打算稳定中国，但为期甚短，中国自此陷入长期的分崩离析之中，时间长达369年。
社会的重新整合：长期的分裂
秦汉大帝国在公元220年后已无可改组修正，只能重起炉灶的再造。问题不仅在朝廷的高层机构，而且在民间的低层机构。
——黄仁宇：《长期分裂时的悲剧》
前面已经说过，统一是中国社会的常态，分裂是其变态。但发生在魏晋南北朝时期的这一次长达369年的分裂，却对中国历史的发展，起了至关重要的作用。汉亡之后的369年，中国无法统一，这是中国历史上为期最长的分裂。
最先开始的是三国时代。由于浪漫的《三国演义》的生花妙笔，三国显得格外绚烂多彩，引人注目。的确，实际情况也是这样，就算是翻开《三国志》这样的正史，其间的悲欢离合，也不会让人感到有丝毫的逊色。黄仁宇先生对于三国的历史评价就是，“整个三国时代，是英雄豪杰风流人物浮沉起伏的期间。因为战事连绵不断，皇帝威信又名存实亡，很多舞台上的角色，已不受道德上的约束，于是赴炎附势。“他们自述胸襟怀抱，慷慨真切，全无腐儒气味，做起事来，也是畅快淋漓。”
说到三国，必然离不开曹操。曹操能够出类拔萃，取得在三国鼎立中最重要的角色，乃是由于他不拘小节，眼光远大。为了安抚流亡农民，他开始推行“屯田制”，既安定社会，也解决了军粮问题。为了打击东汉时期为害最烈的豪强势力，他大力加以整顿，并推行了在中国历史上非常有名的“惟才是举”的命令。他说，“负污辱之名，见笑之行，或不仁不孝而有治国用兵之术，其各举所知，勿有所遗”，也就是说，不管这个人的名声好不好，孝顺不孝顺，只要懂得治国用兵之术，就要将他拉拢过来，加以使用。与传统的儒家经典理论相对比，这无疑是“离经叛道”的行为。
然而，回过头来看这一段历史，我们又可以知道，在这分裂的369年中，酝酿着一个大问题，牵涉整个国家从头到尾的重新组织。不仅曹操不可能预测，即作史者如陈寿及裴松之也仍没有看到演变之全豹。也正因为此故，黄仁宇先生对于曹操等人的评价并不算高。
曹丕篡夺汉位，开启了东吴和蜀汉称帝的序幕。至此，三国鼎立才最终确立。不过，曹氏家族的篡位，原以为可“永享国祚”，不料没几年就失去皇帝宝座。
这也难怪，这些篡位者没有看到，他们自己是世代权臣，手执兵符，当然声震朝宇。可是一旦做了皇帝，传之子孙，皇帝又会变成宫中的傀儡。
篡位的司马炎在位25年，重新造就了中国的统一。但由于西晋没有进行必要的改革，从而无法满足整个社会体制的需要，所以很快就引发“八王之乱”，西晋中央权威一败涂地，最终导致了少数民族入主中原，这就是后来汉族知识分子所无法释怀的“五胡乱中华”。(五胡指匈奴、鲜卑、羯、氐、羌五个少数民族，他们乘当时社会上的混乱，纷纷建立了自己的政权。后来，有的人以狭隘的民族主义情绪，称之为“五胡乱中华”。)
为什么会这样呢？如果按黄仁宇先生的大历史观来看，这是因为秦汉大帝国在公元220年后已无可改组修正，只能重起炉灶的再造。问题不仅在朝廷的高层机构，而且在民间的低层机构。
由于社会上的大动乱，当时人口由北向南、由西向东的迁徙，汉人是多数民族，却无法对抗这种潮流，随之而动，结果是为我国南部经济的开发，注入了强大的活力，并使得到了第二帝国时期，我国的南方经济全面超过北方。北方的少数民族虽擅长骑兵战术，也无法越过淮水和汉江等处地区，况且游牧民族的生活方式也无法在全国推广，不能成为中华民族的主导生活方式。
双方在淮河流域一带，产生了“拉锯战”。
第一帝国是以数量较少的官僚机构统治大量的自耕农，但分裂时期，汉族的巨家大室和少数民族首领都自起炉灶，各干一套，结果妨碍了中央政府向全民征兵抽税；加上各民族语言不通，更造成了统一的障碍。
当然，此间也有统一的尝试，这就是著名的“淝水之战”。由于前秦的苻坚的内部问题实在太多，而南方的东晋政权又拼死一搏，所以结果是苻坚大败，统一进程延迟。这也可以说是北方的少数民族擅长的是骑兵战术，至此已无法做有效的发挥；南方的汉人擅长水战，不仅可以用船运兵，争取主动，而且将士也无行军之劳，兵粮有速达之效，不过，这种长处也不能向北延伸。所以黄仁宇先生才会说，“淝水之战时，双方受地形限制的情形，已见其端倪。”
最终打破这种僵局的，是北魏的拓跋氏。他们之所以能如此，不是文化程度高，而是由于人文条件简单，可以从最基本的事业着手，并能以原始作风来解决问题，所以不期然的做了中国再统一的工具。
他们所做的最重要工作，在黄仁宇先生看来，就是推行“太和诏令”。这是由孝文帝的祖母冯太后进行的。冯太后信任大臣李冲，由李冲对拓跋氏政权的民政进行改革，因而对中国以后几百年的政治体制有深远的影响。这一套变法，由于是在太和年间进行的，所以又叫“太和诏令”。
变法中最重要的两条，是均田制与三长制。485年，诏令天下均田，原则上土地国有，定立了每一家按人口应有田地的标准；486年则确立三长制，也就是选有权有势的人当基层干部。在黄仁宇先生看来，这样实际进入“租庸调”制。
由于这一措施是对当时整个社会的根本改造，所以具有相当大的冒险性。具体的推行情况，现有的史料还无从判断。以后北魏仍为权臣所把持，并分为东西两部分，东魏为北齐高洋所取代，西魏为北周宇文觉所取代。
但黄仁宇先生认为，“然则历史的演进，并不为这分裂运动而停滞。中国之统一，需要一个以小自耕农社会作统御经理的趋向，也愈为明显。”
最后承担起统一任务的，是北周的外戚杨坚，也就是后来的隋文帝。杨坚是个胡汉混血儿，他利用自己外戚的身份，先以北周的力量吞并北齐，然后回头解决北周问题，并利用统一后的江北力量，席卷南朝。黄仁宇先生说，他的这个统一模式，发展方向是自西向东，由北至南，“以经济人文简单的地区去征服繁荣富有的地区，这也是承继北魏拓跋氏在历史上活动的逻辑。”黄仁宇先生没有进一步指出，其实这也很符合中国历史上长期统一的模式，即由北而南，由西向东。经北伐而获胜的统一，除明朝是个例外，其余的实在是乏善可陈。
至于在此段时间内，中国社会能够重新走向统一，思想方面的原因起了多大的份量，前面已经说过，有些历史学家每提到中国的重新统一时，总要强调中国传统思想的伟大，但是传统思想能够发生功效则是因为社会组织已经和它接近。比如说，宇文泰在文治方面最闻名的措施，乃是任命苏绰为度支部尚书，让他规划新政府的各种设计，而苏绰的设计，也总是以《周礼》为依托，也就是预先创造一个模式，然后依葫芦画瓢，进行实际的操作。而北魏的三长制和均田制，在黄仁宇先生看来，则正有这种“间架性设计”的趋向。至于为什么会如此，则是可能对朝廷和社会底层作梗的巨家大室(社会中层)，或被淘汰或受约束，中央政府因此可以掌握大量的农民。
总之，归纳这一段历史时，黄仁宇先生说了一段非常精彩的话：汉代虽亡，过去多年来中国已经产生了一个独一无二文教式的体系，足以支持一个以小自耕农作基础的大帝国，一到客观的环境许可，这样一个大帝国可以重新摆布登场的时候，这文教上的体系用不着重新创设，也可以随着弹冠而起了。
尝试货币改革的失败：第二帝国
第二帝国尝试货币管理，但功败垂成。
——黄仁宇：《黄河青山》