对于中国历史的分期，长期以来，历史学家们就有很多种不同的看法。一般来说，郭沫若、范文澜等老一代马克思主义史学家，在解放以前就开始了自觉地运用斯大林关于人类社会发展的五阶段法(即原始社会、奴隶社会、封建社会、资本主义社会和社会主义社会，套用和分析中国历史)，于是中国社会也被确认是经历了原始社会、奴隶社会、封建社会、半殖民地半封建社会和社会主义社会五个时期。但由于中国历史的纷繁复杂性，在运用马列主义的过程中，学者们在对中国每个阶段的具体起始时间，尤其是奴隶社会与封建社会的界限，则存在着很大的差异。比如，关于封建社会说，就有西周说、春秋说、战国说、秦汉说、魏晋说等等。当然，这里所说的“封建”，是完全按照西方的封建庄园的模式而套用的。
正是基于以上考虑，黄仁宇先生完全抛开了这五种历史阶段的区分法。比如，他说坚决反对将中国的皇帝专制称为“封建主义”；在他的著作中，“封建”仍是中国传统的“封土建邦”的意思。
黄仁宇先生对于中国历史的几个阶段的区分，是按照他的历史观，按照中国历史发展中的“从数字上进行管理”的不同能力进行划分的。大致而言，第一帝国(秦汉)确定了中国历史的主调；在长期的分裂之后，第二帝国(隋唐宋)尝试货币管理，但功败垂成；第三帝国(元明清)则又重新回到传统的模式。而在此之前，是确定中国文化基调的夏商周；在此之后，是长期的革命。
关于为什么这样进行分析，黄仁宇先生自己曾经有过非常真诚的回答：“我觉得对一般读者而言，从头到尾详述朝代史或只呈现罐装的抽象概念，都没有太大的帮助。读者需要知道中国历史中的特定事件。”
制度与文化的奠基：从周公到孔子
在公元前1000多年，同时在这地区出现无数的初期农业部落。将他们予以有系统的组织者，乃是周朝创业之主的文王之子、武王之弟的周公旦。
——黄仁宇：《李悝》
关于先秦的历史，黄仁宇先生讲的很少。但是根据黄仁宇先生散见于各处的议论，我们仍可以大致把握黄仁宇先生对此段历史的分析。
无疑，在中国历史上，不管是在所谓的“精英文化”中，还是所谓的“民间文化”里，周公和孔子都是大名鼎鼎的人物，因为正是他们两人，在后世享受了崇高的地位，并在事实上成为中国传统文化的代表。
中国的农业，开始于黄河中游的黄土地带，由于几千年前的时候，这里的土地还相当肥沃，不需要灌溉，也会有收获，所以在当时，即使是用最原始的工具，也能在这上面耕作。在公元前1000多年，这片土地上同时出现了无数的原始农业部落。将他们进行有系统组织的，正是周朝创业之主周文王之子、武王之弟的周公旦。
提到周公，就不能不提到《周礼》，因为传说周公是《周礼》一书的作者，而他的设计，乃是以“礼”为根据。据黄仁宇先生分析，《周礼》很早以前就被人视为伪书。黄先生举了一些例子，比如铜钱在中国历史上的出现，始于东周，比周公迟了好几百年，而《周礼》却已经提到了铸铜钱的衙门。书里还说中央政府直接控制的土地有几千里，此外每500里见方为一“服”，共有九服。各服内的诸侯因根据与王都距离的远近，向中央政府承担大小不等的义务。但实际上，周朝的王都镐京，在今天陕西省西安市附近，从地图上看，并没有可能向周边等距离地拓地5000里。况且，以当时技术的简陋，又怎么能在地图上精密的算出有5000里呢？
《周礼》提到了井田制度，这是秦汉史学界争论的焦点之一。有些学者认为每8家各有土地800亩，是私田，另外还有100亩是公田。又有些学者认为井田制的“井”，是长方形而不是正方形。还有人干脆说井田制整个就是臆测，是没有的事。
面对以“周公”为舆论导向的《周礼》，黄仁宇先生说，如果按他的大历史观对此段公案进行观察，则《周礼》确实有很多地方表现了当时行政的精髓，而它实际的作者是谁反倒无关紧要。至于王畿千里外有九服的观念，其症结则是中国的中央权力，在技术尚未展开之际，就先要组织千万军民，所以只好先造成理想的数学公式，向下笼罩着过去，很多地方依赖理解能力，不待详细的实地经验。
黄仁宇先生曾考察过唐朝均田制度的史料，也看到了宋朝财政的数字，对于明朝的情况更是了如指掌。他根据自己的经验，回过头来对井田制进行反思，认为假如井田制是在宽阔的大平原上分割土地，有如切豆腐干一样，也并非完全没有可能。如果真的有这样的机会，官僚机构肯定会“照章办事”，可是在实际推行过程中，最理想的办法，通常也不过是将假设的方案按实际情形打折扣：正方形的“井田”摇身一变，成为长方形的模样，甚至百亩土地变成70亩以至于50亩，8家以7家或6家顶着算，也都无不可。理想终归是理想，不是实际的尺度，活人不会被尿憋死，真正实施起来，肯定会发生变形，这是中国历来施政过程的原则。
周朝人之所谓的“礼”，和我们今天所说的“礼”不同，前者有一种更广泛的解释。历史上有所谓“礼者理也又履也”的说法，就是说，礼就是道理，也需要实行。两国之间，不管平时关系如何，就算是仇敌，一旦对方发生了饥荒，自己却小气得要命，一粒粮食也不肯拿出来加以救济，就是违反了“礼”，不仅不礼貌，而且不合情理，违反处世的基本原则。
黄仁宇先生认为，利用这些条件，更通过宗法社会的组织，周朝创造了中国的“封建制度”，它和欧洲中世纪的封建制度以及日本的“幕藩制”有若干相似的地方，但也有相当大的差异。(所谓宗法制度，是根据血缘远近规定人们关系的一种制度。周天子是全国百姓的“宗主”，“百世不迁”，也就是说，永远都要受到祭祀；各诸侯国相对周天子而言，是“小宗”，“五世则迁”，就是说，祭祀的时候，只需要供奉五代的先辈即可。但诸侯国相对于卿、大夫而言，又成了“大宗”。如此类推，整个国家就按这样的原则组织起来，每个人都可以找到自己的位置。宗法制度是祭祀的基础，对于维持社会的稳定，也起了非常重要的作用。)原则上周王室不直接统治全民，财政收入也是按“公食贡、大夫食邑、士食田”的方式，间接交纳，层层节制，土地当然也不能买卖，通过这个金字塔，整个封建制度也就稳定下来了。由此可见，周公在历史上的重要性，乃是由于他的“井田制”和“宗法制”，并因此而确定了中国历史上的“封建制度”。
那么孔子呢？孔子生于公元前551年，卒于公元前479年，是春秋时代的末期。在春秋时代，周朝的封建制度已不能维持，但是还没有完全败坏。以前各个国家独霸一方，各自为政，主持国政的卿和大夫以及担任下级军官的士，全部世袭，一切都按成规办事，也就是说，尽管不一定做每件事都会按照“礼”的原则进行，但总会以道德的名义，披上正义的招牌。
孔子对“礼”非常尊重，他虽然称赞管仲对当时的政治有贡献，但仍然毫不迟疑地攻击他的日常生活过于讲排场，超过了人臣应有的限度。颜渊是孔子的得意门徒，他死的时候孔子哭得很伤心，然而孔子却根据“礼”的原则，坚决反对用厚葬的方式以表达哀思。又因为“礼”的需要，孔子虽不耻于跟阳货这样的小人打交道，但因为阳货曾经找过他，仅仅是为了“礼尚往来”，他仍想趁着阳货不在家的时候，去回拜他。
另外，黄仁宇先生指出，春秋时代的战争，是一种贵族式的战争，就好比参加体育比赛，布阵有一定的程序，交战也要有公认的原则，仍不离开“礼”的约束。根据原则，在一些特定的情况下，不能追击敌人，也有能向敌人的主帅射击，不能故意设下圈套等对方去钻；碰到头发斑白的老人，不能把他当作俘虏。这些态度与欧洲中世纪的骑土精神很相仿，虽然这些原则并不可能全部遵守，但是交战时间很短，参战的人数也受车数的限制，都是无疑的。总之，春秋时代的战事，显示了社会的不稳定性，但战事的本身，却不足以造成社会的全面性动荡。
针对这些条件，孔子对当日情形，还没有完全失望。他的闲雅代表着当时的社会相对于战国而言，还相当的宁静，所以他仍提倡“克己复礼”，表明过去的社会秩序仍有可能恢复。他有时也发发牢骚，说什么“道不行，乘桴浮于海”，可是若有人要问他社会该向何方发展，他肯定会说，“如有用我者，吾其为东周乎？”更表现了东周社会的满腔复古热情。
确定中国历史的主调：第一帝国
从长期的历史眼光看来，后汉因袭前代过甚，只能继续充实一个原始型以小自耕农作基干的大帝国，不能替中国打开新局面。
——黄仁宇：《西汉与东汉》
从秦始皇统一中国，到汉代灭亡(公元前221年到公元220年)这段时期被黄仁宇先生称为“第一帝国”。
春秋战国之际，由于地理条件等方面的原因，各个诸侯国之间的竞争加剧，经过多年的混战，小国无法生存，统一的趋势得到加强。秦始皇完成这一历史重任，使得他在中国历史上占据非常显赫的地位。
秦始皇还是历史上“万里长城”的修建者。在他统一中国之后，命蒙恬率兵30万，收河南(内蒙古河套一带)、伐匈奴，在团结对外的条件下，全面筑城，从而构成了这一人类历史上伟大的建筑。
当然，由于秦始皇的成就是在急风暴雨中迅速完成的，所以他的王朝不可避免地具有暴政和严刑峻法的特点，所以很快就被推翻了。经秦末农民起义，刘邦获得政权，又经推行“休养生息”的政策，到汉文帝、汉景帝时，出现了中国历史上第一次为历史学家称羡的时期：“文景之治”。
但黄仁宇先生指出，文景之治，表面上是人民得到好处，但实际上“文景之治”无非是“开明专制”而已。在一个广大的领域之上行专制，必自命开明。因为它执掌绝对的皇权，除了以“受天命”和“替百姓服务”之外，找不出一个更好支持它本身存在及其作为的逻辑。不管怎么说，就算是它做得再好，按美国总统林肯的说法，也不过是“民享”(for the people)，而不是“民治”(by the people)，更谈不上“民有”(of the people)，长期如此，政府的权力必然会凝固成官僚主义。
随后的汉武帝，是第一帝国的巅峰时期，也是一个很奇特的时期，因为他所开创的事业，后继无人。在汉武帝时期，中国成为世界上最为强大的国家之一，也就是说，由地理位置要求所形成的中央集权动力，到西汉中期获得了很大满足。全部人民隶属于帝国的治理之下，整个国家也毫不留情地行使权力，且创造出国家崇拜，认为儒家伦理合乎“天理人心”。汉代就这样替中国创造出一个永久的机制，人数庞大的农民开始由数目众多的官僚进行管理。
但是，由于皇帝高高在上，控制着约5000万到6000万的人口，如果没有一个有效的中央机构，则会一事无成。太守是皇帝的代表，各地选举的“孝廉”，也仍只能承奉中央的意旨，这种情形，表现着中国传统君主专制的一个最大弱点。