世界重归和平，林羽和柯南的生活也逐渐恢复了往日的节奏，然而，他们心中清楚，平静之下或许仍有暗流涌动。侦探联盟依旧保持着警惕，时刻留意着周围的风吹草动，以防新的危机悄然降临。
一日，毛利小五郎收到了一封匿名信，信中没有署名，只有一张古老的地图残片和一串神秘的符号。地图残片上的图案模糊不清，但可以看出是一个陌生的岛屿轮廓。柯南和林羽立刻意识到，这可能是一个新的挑战的开端。
他们开始对这张地图残片和神秘符号进行深入研究。柯南运用他丰富的知识储备，尝试解读符号背后的含义，而林羽则利用现代科技手段，对地图残片进行修复和分析。经过一番努力，他们发现这张地图指向的是一座位于太平洋深处的神秘孤岛，传说中那里隐藏着一个被遗忘的文明和巨大的宝藏，但也伴随着许多未知的危险。
侦探联盟决定踏上这座神秘孤岛，探寻其中的秘密。他们准备好充足的物资和装备，乘坐一艘租来的船只，向着孤岛进发。在航行过程中，他们遭遇了恶劣的天气和汹涌的海浪，船只几次险些被掀翻，但凭借着顽强的意志和丰富的航海经验，他们终于抵达了孤岛的岸边。
上岸后，他们发现这座孤岛被茂密的丛林所覆盖，四周弥漫着神秘而诡异的气息。柯南和林羽小心翼翼地带领着大家进入丛林，沿着地图残片上所指示的方向前进。一路上，他们遇到了各种奇异的动植物，有些甚至是他们从未见过的物种，这些生物似乎对他们的闯入充满了警惕和敌意。
在丛林中艰难前行了几天后，他们终于找到了一个古老的遗迹入口。遗迹的大门上刻满了复杂的图案和文字，与之前收到的神秘符号有几分相似。柯南仔细研究着这些图案和文字，试图找到开启大门的方法。经过一番思索，他发现了一个隐藏在图案中的机关，通过触发机关，大门缓缓打开，一股陈旧而神秘的气息扑面而来。
他们进入遗迹后，发现里面是一个巨大的迷宫，墙壁上闪烁着微弱的光芒，似乎是某种古老的照明装置。林羽凭借着敏锐的直觉，感觉到这个迷宫中隐藏着许多陷阱和危险，于是他们小心翼翼地前行，每走一步都格外谨慎。
在迷宫中探索了一段时间后，他们听到了一阵奇怪的声音，仿佛是某种古老的咒语在回荡。柯南和林羽顺着声音的方向走去，发现了一个宽敞的大厅，大厅中央放置着一个巨大的石台，石台上摆放着一个闪闪发光的水晶球。水晶球中似乎蕴含着强大的能量，散发出神秘的光芒。
正当他们准备仔细研究这个水晶球时，突然从四面八方涌出了一群身着古装的神秘人，这些人手持武器，眼神冷漠地看着他们。为首的是一个老者，他用一种古老的语言说了些什么，但柯南和林羽听不懂他的话。
双方陷入了僵持状态，气氛变得异常紧张。柯南尝试用日语和英语与他们交流，但对方似乎并不理解。就在这时，林羽突然想起了之前在研究神秘符号时学到的一些古老语言知识，他尝试用这种语言与老者沟通，表达了他们并无恶意，只是来探索遗迹的目的。
老者听了林羽的话后，眼中的警惕之色稍微减轻了一些，但仍然保持着警惕。他告诉林羽，他们是这座孤岛的守护者，这个遗迹是他们祖先留下的圣地，里面隐藏着巨大的秘密和力量，不能被外人轻易触碰。
柯南和林羽向老者解释了他们收到匿名信的事情，并表示他们担心这个遗迹中的力量会被邪恶势力利用，所以才前来调查。老者听后，沉思了片刻，然后决定带领他们深入遗迹，看看他们是否能够解开其中的秘密，并证明他们的诚意。
在老者的带领下，他们穿过了迷宫的深处，来到了一个隐藏在地下的密室。密室中摆满了各种古老的文物和书籍，其中一本古籍引起了柯南的注意。古籍上记载了关于这个孤岛文明的历史和一个可怕的预言——在未来的某个时刻，世界将会被黑暗笼罩，只有找到并激活遗迹中的“光明之心”，才能拯救世界于危难之中。
柯南和林羽意识到，这个“光明之心”很可能就是他们在石台上看到的水晶球。但要激活它，需要解开一系列复杂的谜题和机关，而且还需要找到三把象征着勇气、智慧和正义的钥匙，这三把钥匙分别隐藏在孤岛的不同地方。
侦探联盟没有丝毫犹豫，立刻开始了寻找钥匙的征程。他们根据古籍中的线索，分成三组，分别前往孤岛的三个方向。林羽、柯南和老者一组，他们沿着一条湍急的河流向上游走去，寻找象征着智慧的钥匙。
在途中，他们遇到了许多艰难险阻，如陡峭的峡谷、汹涌的瀑布和隐藏在水中的暗礁。但凭借着柯南的智慧和林羽的勇气，以及老者对地形的熟悉，他们一次次化险为夷。终于，在河流的源头，他们发现了一个隐藏在山洞中的宝箱，宝箱上刻满了各种智慧谜题。
柯南发挥他出色的推理能力，解开了这些谜题，宝箱缓缓打开，里面露出了一把闪耀着蓝光的钥匙，这就是他们要找的象征着智慧的钥匙。与此同时，其他两组也分别传来了好消息，他们也成功找到了象征着勇气和正义的钥匙。
当他们带着三把钥匙回到遗迹时，发现神秘组织的残余势力不知何时已经来到了这里，他们企图抢夺水晶球和钥匙，以实现自己邪恶的目的。一场激烈的战斗再次爆发，侦探联盟成员们与神秘组织展开了殊死搏斗。
在战斗中，柯南和林羽巧妙地配合，利用遗迹中的机关和陷阱，与敌人周旋。他们一边躲避敌人的攻击，一边朝着水晶球的方向前进。终于，他们来到了水晶球前，将三把钥匙插入了水晶球周围的插槽中。
瞬间，水晶球发出了耀眼的光芒，整个遗迹都被照亮。光芒中，一个巨大的能量护盾缓缓升起，将神秘组织的成员们笼罩其中，将他们彻底击败。随着水晶球的激活，“光明之心”的力量被释放出来，它的光芒穿透了云层，照亮了整个孤岛，也传递出一种希望和安宁的气息。
柯南和林羽知道，他们再次成功地守护了世界的和平与正义。他们带着对未来的希望和坚定的信念，离开了这座神秘孤岛，回到了东京。他们知道，未来的日子里，可能还会有更多的挑战等待着他们，但他们毫不畏惧，因为他们是正义的使者，他们将永远为了守护世界而不懈奋斗……