随着第二军团的舰队在大远征中为帝皇和帝国收复了一个又一个世界，原体也与自己一个又一个兄弟相逢、合作。
暗黑天使
第一军团的原体莱恩是第一个与原体见面的兄弟。在原体回归之前，第二军团曾经在莱恩的指挥下战斗过一段时间。而原体回归后，莱恩也对这位第一次见面就不同寻常的兄弟表示出了相对浓厚的兴趣。莱恩是唯一一个对第二军团政治体系表示过兴趣的原体。在莱恩眼中，第二军团的政治体系与第一军团的内环体系有异曲同工之妙，都是为了加强对部队控制而造成的产物。基于这种认识，莱恩甚至建议原体将政治体系“隐藏”起来，认为第二军团当前的政治体系过于“光明正大”会让很多不能见光的工作难以进行。当然，在原体向他详细讲述了政治体系的意义、用途之后莱恩便失去了兴趣，但不可否认，第一军团原体依然是对军团最有善意的人之一，甚至第一军团的不少遗物级装备都曾开放给第二军团进行研究。
帝皇之子
第三军团对第二军团的态度就不太友善。一方面，第三军团认为第二军团的士兵们既不优雅，也不精致，彼此之间的关系也过于亲密和随意。特别是第二军团对待凡人“仆役”（实际上在原体回归之后，第二军团就废除了仆役）实在是太过仁慈和软弱。对于原体甚至会在闲暇时跟船舱底层的工人一起修理设备、扛运重物的行为，第三军团原体福根也认为是他自降身份，对于自己帝皇儿子身份的不尊重。
同样的，第二军团的战士们对第三军团也不怎么感冒。不止一个政治导师私下嘲笑第三军团是一群矫揉造作的娘娘腔。在军团内部的出版物里，甚至有过对第三军团“脱离帝国人民”、“自视甚高”的专版嘲笑。虽然这篇文章被原体紧急下令撤稿而没流传出去，但毫无疑问反映了军团大部分人对第三军团的不屑。
两个军团的另一个矛盾在于对帝皇本人的态度。在福根和他的军团看来，第二军团缺乏对帝皇的仪式化崇拜，就算是战斗口号里，“为了帝国”也排在“为了帝皇”之前，这在以“帝皇之子”为名的第三军团眼中无疑是一种亵渎。而在第二军团眼里，帝皇不应该是个神圣的符号，他是个有血有肉、有自己理想和烦恼的人。第二军团尊敬帝皇，第二军团服从帝皇，但第二军团绝不把帝皇供上神坛。对第二军团来说，帝皇是领袖，是导师，是人类的引路人，尊敬帝皇的最好方式是遵照帝皇的愿景，为了全人类的未来奋斗终身。
福根曾经跟原体当面争论究竟应该如何对待帝皇。据后来军团记载里描述：两个人的争论一开始就非常激烈，相互认为对方对待帝皇的方式是“亵渎”。争论到高潮时，面对福根指责原体对父亲缺乏尊重时，原体反唇相讥：“哈？难道尊重我们父亲的方式就是一辈子做一个想要搞出点动静取悦自己父亲的孩子？不！他更希望我们是一个有思想、有能力、可以为了他的理想和全人类的未来奉献自己的帮手！”
争论最终在荷鲁斯的干预下没有发展成斗殴，两名原体不欢而散。从此之后两个军团再也没有过合作记录。原体在这次争吵后也曾私下里对帝皇之子的不健康心理状态表示了担忧。
钢铁勇士
第四军团对待第二军团的态度跟他们的原体一样，不冷不热。一方面，第二军团对第四军团崇尚科技、对战略战术的重视表示钦佩，双方之间技术、战术交流比较频繁。佩图拉博虽然对原体的态度不冷不热，但对原体的交流要求一般尽量给与满足。甚至一度有一队钢铁勇士在一名战争铁匠的率领下常驻在军团旗舰，共同研究和开发在大远征时寻回的黄金时代人类科技以及部分异形科技造物。
唯一让第二军团不解的是第四军团内部弥漫的怨气——这种怨气部分来自于他们所承担的任务。在第二军团看来，自己应当是帝国的一块砖石，随时准备被用在需要的地方，而第四军团却为此变得如此不满实在是匪夷所思。因此，军团曾主动要求接替了第四军团的部分“不受欢迎”的任务，这让第四军团的战友们非常感激，但这不包括他们的基因原体——钢铁之主认为这是第二军团在给自己难堪。
白色疤痕
军团的战术风格受白疤影响不小。白色疤痕对速度的追求、对敌方关键节点的判断和打击能力都让原体非常欣赏。军团曾多次邀请配合作战的白疤部队进行共同演习，并要求所有部队都学会白疤的战术特点，快速机动、迅捷打击也成为了第二军团的必备素质。
但由于作战的关系，原体和白疤的基因原体察合台.可汗并没有见过面，双方仅仅通过手下的部队相互赠送过礼物并表达了对对方的钦佩。
太空野狼
如果有谁对第二军团的风格最为不满那一定属太空野狼和他们的基因原体鲁斯莫属。
在太空野狼看来，把时间浪费在社会调查、工程建设上的第二军团简直是不务正业。他们既不享受战斗的乐趣，在战争中还经常自缚手脚，特别军团颁布的“三条纪律八条守则”在太空野狼眼中简直是多此一举。鲁斯本人嘲笑原体不像个战士而像个帝国官僚。对于军团在被征服星球上大搞建设、动员人民的举动鲁斯更是在聚会上当着其它原体兄弟的面嘲讽第二军团是“明明只需要一座木屋，却非要拿大理石砌座宫殿”。原体听了并没有发怒，而是哈哈大笑表示：“当暴风来临时，住木屋的人才会想起当初为什么不用大理石造座宫殿”。
不过太空野狼和第二军团的关系其实也并不差，这与他们并没有多少配合作战记录有关。唯一一次有记载的双方联合作战也因为对方战前投降而不了了之。