然而，努尔哈赤的“天命”就快走到头了。
后金天命十一年（公元1626，明天启六年）正月，六十七岁的努尔哈赤雄心未已，亲自率领十三万人马，向明王朝发起进攻。无能的明王朝这时几乎将所有的军权都交代给了一帮阉党，靠拍魏忠贤马屁起家的新任辽东经略高第就是个中翘楚、不抵抗政策的先驱。——他一听说后金来攻，就立即下令放弃山海关外所有的大明王朝疆土，从而使得努尔哈赤的大军一帆风顺地在辽东辽西长驱直入。
正当努尔哈赤志得意满的时候，在山海关外辽西宁远城，他遇到了自己的克星：文官出身的宁前道袁崇焕。这个来自广东东莞、身材精干的书生，不但是所有关外城寨中唯一一个敢于违抗指挥官错误指令的人，更在保卫宁远的战役中，带领四万余名将士，表现出了比大多数明帝国武将还顽强的斗志。
于是，努尔哈赤不但未能攻下小小宁远城，更在战役中被袁崇焕的红衣大炮（早期加农炮）所伤，输得一败涂地。
宁远之战后，袁崇焕迅速得以提升，而努尔哈赤则不得不返回沈阳养伤。
七月中旬，努尔哈赤伤势越来越重，伤口大面积感染溃烂。二十三日这一天，他不得不向病魔低头，前往清河汤泉（威宁堡狗儿岭汤泉）疗养。
然而即使是杀菌消毒的温泉，这时也已经无济于事了。八月初七，自知命不长久的努尔哈赤决定返回后金国都沈阳。同时，他派快马向皇宫中的大妃阿巴亥报信，让她立即前来迎接自己。
阿巴亥所乘的船，在浑河上的叆鸡堡河段与努尔哈赤所乘的船相遇，准备随后一起赶往沈阳。
然而，努尔哈赤再也没有回到沈阳，再也没有见到他的儿子和部属们。
八月十一日未时（下午13—15时），六十七岁的努尔哈赤死在了浑河的船上，地址正在叆鸡堡，距离沈阳四十里。阿巴亥只能陪着丈夫的尸体返回皇宫。
阿巴亥成了陪伴努尔哈赤最后一刻的唯一一人。
努尔哈赤死了，而且这个倔强的老头儿在代善出事之后一直没有正式确定过自己的继承人。于是，后金王位的归属，成了一个极大的问题。
当时的后金朝廷，皇族中最出挑的有四大贝勒（代善、阿敏、皇太极、莽古尔泰）和四小贝勒（阿济格、多尔衮、多铎、济尔哈朗），其中，阿敏和济尔哈朗只是皇族而非努尔哈赤之子，没有继承权；代善曾闹出那样一桩事件，莽古尔泰之母富察氏又是获罪而死，他们的继承权也没有底气；剩下的就是皇太极和另三位（阿济格、多尔衮、多铎）皇子了。
按照努尔哈赤生前曾经制定的“大汗共推”之说，皇太极被推举为新汗。
然而，这位新汗此时所担忧的，是另三位拥有贝勒之位的兄弟竟出自同一位母亲阿巴亥，而这位母亲还是努尔哈赤临终前唯一的陪伴者、他的大妃。——许多人甚至怀疑，努尔哈赤之所以一直没有确定第三位继承人，就是在皇太极和阿巴亥的儿子中摇摆不定，有心等待阿巴亥的儿子们多立战功，将机会给他们其中之一。
假如这位大妃对皇太极继位不满，说出什么不利于新汗的“遗言”，或者以她的大妃名分再加上三个儿子手里的军队来图谋汗位呢？
于是，一个阴谋出台了。
八月十二日寅（凌晨3—5时）时，代善宣布了皇太极继位的消息。
刚死了丈夫的阿巴亥并没对这个消息做出任何反应，因为这毕竟是诸皇族共推之举。但是卯时（清晨5—7时）宣布的另一个消息却使阿巴亥如五雷轰顶了：先帝早有遗命交代诸王——大妃殉葬。
除了努尔哈赤疗养的短短十几天之外，阿巴亥一直跟随丈夫身边，丈夫临终时也只有自己陪伴，他怎么可能、又是什么时候见过这些王公，留下这样一份遗嘱的？阿巴亥哭叫、辩解，但是没有作用。几位成年王爷和大臣都赶到了她所住的宫室，各种各样的眼睛都紧紧地盯着她，恶狠狠的话也从这些道貌岸然的男人嘴里吐出来：“先帝有命，虽欲不从，不可得也。”——总之，要将她尽快送进阴曹地府里去。
当明白自己不可能逃脱死亡之后，阿巴亥恢复了神智，这时候她唯一的愿望，就是能够以自己的死确保三个儿子的平安。于是她更换了大妃的礼服，佩戴上了自己所有的珠宝首饰，哭着向诸王请求：“吾自十二岁事先帝，丰衣美食，已二十六年。吾不忍离，故相从于地下。吾二幼子多尔衮多铎，当恩养之。”诸王这时也流下了鳄鱼的眼泪，当众一齐盟誓：“二幼弟，吾等若不恩养，是忘父也，岂有不恩养之理！”
于是，三十七岁的阿巴亥终于迫不得已地踏上了从殉之路。她死的时间是当天早晨的辰时（上午7—9时），距努尔哈赤去世不到一天、距返回沈阳刚一个晚上，距殉葬令公布还不到一个时辰。唯恐夜长梦多的皇太极真是急不可待啊！
由于阿巴亥的身份毕竟与小妾不同，因此她死后与努尔哈赤同棺殓葬。满族的殉葬制度，早在关外部落时期就已经盛行，孟古姐姐死时，努尔哈赤就曾将她生前的婢仆四人送去殉葬。早年为丈夫殉葬的也确实有无子的嫡妻，然而后金时期已经完全改变——丈夫死后，嫡妻即使无子也不必殉葬，而是选择一名无子之妾从殉。从殉之妾一般都要艳妆，然后由嫡妻率家人儿女向她行礼之后“上路”。最好的待遇是服毒自杀，或由家人以弓箭射杀或以弓弦绞杀，若是此妾不愿从殉的话，则会被家人活活掐死。
因此，阿巴亥作为生育了三子的嫡妻，怎么会被选中殉葬？这实在是一个太大的谜。
努尔哈赤会让阿巴亥殉葬吗？皇太极亲自编定的《清太祖实录》中说，阿巴亥“饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。”因此努尔哈赤“留之恐后为患”，预先嘱咐诸王“俟吾终，必令殉之。”
真是这样吗？
阿巴亥有机变那是肯定的——见多识广的老皇帝不会喜欢一个木头女人。
她嫉妒吗？——在阿巴亥当上大妃之后，努尔哈赤尽管年纪已老又频频征战，后宫仍然有其他姬妾为他生育了三子二女，因此仅从努尔哈赤诸妃的生育状况来看，这说法就完全站不住脚。
她常令老皇帝不悦吗？——那就更说不过去。阿巴亥娘家的势力甚至及不上后来的庶妃博尔济吉特氏，大权独揽的后金汗努尔哈赤完全不必勉强将大妃之位给一个经常惹自己生气的女人。因此她能够当上大妃、被谗陷后仍旧复位，原因只可能是努尔哈赤在晚年真正地宠爱着她，直到临终之时都一定要见到她而不是自己的儿孙部属。
综上所述，即使退一万步说，殉葬之命出自努尔哈赤的本意，理由也应该是“因宠而殉”，《实录》中偏要说是努尔哈赤忌惮她而殉之，明摆着就是要最后堵死多尔衮兄弟夺位的机会——这谎太想要编圆了，就说不过去了。
除了阿巴亥，同时被殉的还有两名努尔哈赤的小妾，她们是阿济根和德因泽，她们倒确实是没有儿女，符合从殉的规矩——但是，努尔哈赤的庶妃中，无子女的又何止她们两人！这似乎也从另一个角度间接隐晦地告诉后人，当年的后宫事端、阿巴亥的从殉，背后都有一只看不见的手在操纵。如今事过境迁，她们也被顺理成章地灭口了——德因泽正是当年向努尔哈赤“告发”大妃之人，而阿济根则一向与她过从甚密，也有可能是告发“偷窃”的人。
阿巴亥死了，再也没有把努尔哈赤临终遗言说出来的机会，她的三个儿子也失去了依靠母亲与皇太极争夺汗位或在以后对皇太极的汗位构成威胁的可能。
松了一口气的皇太极倒也履行了诺言，对多尔衮兄弟予以了相当的重用——当然，阿巴亥殉葬名声非常响亮、她死前又督促皇太极当众立誓，这才是多尔衮兄弟的真正保障所在。
阿巴亥是用什么方式死的，从已经被再三修改的史料中只看得到“自杀”二字。影视剧里一般都安排她自缢。不过，那时的满族仍以骑射为风，自缢这样相对“斯文”的死法并不多见。而皇太极既然以“传统”“遗命”为由逼殉继母，应该会做戏做足全套，阿巴亥很可能是被弓弦绞杀或服毒而死的。
顺治初年，阿巴亥的次子多尔衮摄政。顺治七年，阿巴亥得到了“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”的谥号，牌位入太庙。然而就在这年年底，多尔衮便暴病身亡。于是，阿巴亥这位早已不知世事的“孝烈皇后”又被罢谥，牌位也被赶出了太庙。只是由于她的尸骨与努尔哈赤同棺，火葬之后已经难分彼此，这才逃脱了焚骨扬灰的死后厄运。