为巩固和提高中国结核病防治工作取得的成果，更好地应对结核病防治新形势的挑战，原卫生部与比尔及梅琳达·盖茨基金会于2009年签署了开展“结核病综合防治合作项目”的协议，并于2009年4月1日启动项目。

2009—2011年，项目一期进行了多项研究，验证了结核病新诊断技术、新治疗管理方式、新筹资模式，以及中疾控、医院、基层医疗卫生机构合作的新型结核病防治服务体系的可行性和有效性，获得了宝贵的经验。

2012—2015年，项目二期将一期验证有效的新技术、方法和卫生服务提供方式进行整合，选择我国东部的江苏省镇江市、中部的湖北省宜昌市和西部的陕西省汉中市，共3个地市进行试点示范。项目二期的实施明显提升了三个地区的结核病防治体系的服务水平、效率与质量，减轻了患者的经济负担。

中盖结核病项目三期（2016—2019年）为推广阶段，核心内容是在国家结核病防治规划的基础上，进一步总结项目一期和二期的成功经验，优化结核病防治综合模式，并在我国东部、中部和西部各选择一个省份进行推广。同时将继续探索新的经费保障政策、诊断技术和防治策略，并在验证成熟后加载到以项目省为推广单位的结核病防治综合模式之中。