抽动障碍患儿学习困难（learning difficulties，LD）的发生率为24%～50%。学习困难是指儿童在有适当的学习机会时，学业一方面或几方面的成就严重低于智力潜能的期望水平。抽动障碍患儿存在学校或学业上的各种困难，涉及单一或多种联合因素，可能是严重抽动障碍、抑制抽动障碍发作药物的应用、执行功能障碍的直接后果，也可能和共患注意缺陷多动障碍、强迫行为或其他精神病理状态相关。其中严重抽动障碍患儿出现学习困难，源于未控制的运动性抽动或发声性抽动使注意力分散，严重抽动使患儿的眼睛很难盯在书本上，同学甚至老师的歧视或嘲笑可能使患儿更不喜欢上学；这些因素势必对抽动障碍患儿的学习造成不良影响，从而导致不同程度的学习困难。强迫障碍和注意缺陷多动障碍干扰抽动障碍患儿的注意力集中和完成作业，从而可能造成学习困难。

抽动障碍患儿还表现出特殊的学习困难，包括视知觉损害，视觉运动技能降低以及在阅读技能、数学计算和书写语言利用方面的损害等。Abwender等分析了138例抽动障碍伴学校问题的儿童，其中30例（22%）诊断为特殊学习困难。所余108例中，36例（33%）定为留级，41例安排特殊教育；回归分析表明抽动障碍伴注意缺陷多动障碍是发生学习困难的预兆。

学习困难多与其他共患病并存，易被漏诊或误诊，从而导致针对学习困难干预措施延迟启动，增加教育的困难。注意缺陷多动障碍是抽动障碍最常见的共患病，学习困难与注意缺陷多动障碍共存者最多。一项对5450例抽动障碍患者的研究结果显示，共患学习困难的抽动障碍个体中80.2%同时诊断共患注意缺陷多动障碍，而无共患学习困难的抽动障碍个体有51.3%同时诊断注意缺陷多动障碍；31%共患注意缺陷多动障碍的抽动障碍个体也同时诊断学习困难；而相比无共患注意缺陷多动障碍的抽动障碍个体仅有11%诊断学习困难。注意缺陷多动障碍共存可能对共患学习困难的临床行为表现是一干扰因素，但是绝大多数抽动障碍共患学习困难患儿可表现出不同于注意缺陷多动障碍的学习技能损害如阅读障碍、计算和书写困难等。用于评估患儿学习困难类型和严重程度的工具包括韦氏学前儿童智力量表（WPPSI）或韦氏儿童智力量表（WISC-CR）、联合瑞文测验（CRT）、学业成就测验等。