戚家军经过一战宁海，二战雁门岭，三战新河，四战花街后共消灭两千多名倭寇，随后戚继光等人又在上峰岭打了了一场伏击，当时戚继光等人在前往上峰岭的路上时得知上峰岭是一座小荒山，不适合打伏击，于是戚继光下令：“命令全军砍大量的松树枝，然后都要背上松树枝往上峰岭方向火速前进。”，到达上峰岭后戚继光命令所有的士兵拿松树枝做掩护和倭寇对战，倭寇们看见松树枝在动，都感觉很奇怪，但是还没有等倭寇们反应过来，就被松树枝后面隐藏的戚家军杀得大乱，此战一共消灭三百多名倭寇，戚家军随后转战仙居、白水洋和藤岭等地，前后一个月戚家军共取得十三场战役势力，歼灭倭寇八千多人，肥前国少主松浦平准带着三千名倭寇逃亡福建横屿岛（今福建省宁德市东北部），去投奔部下、倭寇首领双剑谭，史称台州大捷，从此倭寇们再也不敢进犯浙江一带，自此浙江一带的倭患全部解除。
嘉靖40年（公元1561年）春，俞大猷从北方的战场上退下来后要前往江西任副总兵，因为途中要经过河南，俞大猷又曾在少年时代跟随过南少林再传弟子李良钦学习过武艺，可以说俞大猷算是半个少林弟子，所以俞大猷来到了嵩山的少林寺，少林寺方丈小山宗书热情接待了他，俞大猷称呼小山宗书为师兄。
小山宗书(公元1500~1567年)，字大章，别号小山，顺德南和县(今邢台市南和县)人，嵩山少林寺的方丈。
俞大猷在观看过少林寺僧们表演的棍法后对小山宗书说道：“小山师兄，师弟觉得你们所练习的棍法‘真诀皆失’。”
小山宗书知道俞大猷武艺高强，棍法号称“天下第一”，所以在俞大猷要离开少林寺时，小山宗书让弟子宗擎、普从和俞大猷一起下山，一起跟随俞大猷学习棍法等武艺。
台州大捷后戚继光升任浙江都指挥使，并在胡宗宪的同意下开始组建戚家军的水师。嘉靖41年（公元1562年）7月，水军训练成功，拥有战船50多膄，分为5个营，戚继光受到战船上大炮的启发，发明出了虎蹲炮，虎蹲炮是一种曲射为主的火炮，可以说是迫击炮的早期款式，这种火炮适合山地作战，而且也可以拿起来向敌人开火。同月，福建倭患告急，嘉靖皇帝下旨戚家军立即前往福建消灭倭寇，戚继光等人接到圣旨后，戚继光立即又在义乌招了两千多人的新军，然后戚继光率领六千多人的戚家军前往福建救援。八月初一，戚继光等人到达福州后，戚继光马上就和福建巡抚游震得（字汝潜）、福建副使汪道昆一起商量怎样拿下倭寇的老巢横屿岛。
汪道坤（公元1525～1593年），字伯玉，南直隶徽州府歙县西溪南松明山（今安徽省黄山市徽州区）人，明代著名文学家和戏曲家，抗倭名将。
横屿岛是倭酋双剑谭的老巢，岛上原先有倭寇八千多人，加上台州大捷后松浦平准带来的三千名倭寇，岛上现在有倭寇一万多人，而且横屿岛和对面陆地之间隔着五里路的海水，只有退潮时，岛才能和陆地连在一起，但是连起来的这条路是一片淤泥滩，所以这个岛屿地形非常险要。
戚继光和游震得、汪道昆商量完后，戚继光命令手下的所有士兵帮老百姓们每天割大量的稻草，开始将士们都不理解，后来戚继光告诉他们：“将士们，本帅命令大家每天帮乡亲们割大量的稻草，这样做是为了八月初八退潮时让大家能够负草填泥地进行作战。”
到了八月初八海水退潮的这天晚上，戚继光等人趁岛上的倭寇睡着的时候，命令杨文、杨龙父子和陈大成率领队伍四千人对横屿岛发起冲锋，于是杨文、杨龙父子和陈大成带领大家一边往淤泥滩上铺上稻草，一边往横屿岛前进。然后等杨文和陈大成等人成功登上横屿岛后，戚继光命令对岸上的胡守仁和王如龙带领的两千人用虎蹲炮朝横屿岛上的倭寇的大营开火，于是岛上的倭寇大营开始混乱起来，大量的倭寇被杨文、杨龙父子和陈大成等人杀死，也有的被炮弹炸死，此战戚家军共歼灭倭寇四千多人，戚家军只牺牲了12人，松浦平准和双剑谭带领剩余的六千多名倭寇向兴化(今福建省莆田市）方向逃去。
接着在当天晚上，戚继光和汪道坤一起率领着戚家军又在牛田（今福建省莆田市一带）奇袭了倭寇的大营，并收复了兴化，消灭倭寇七百人，戚家军无一人伤亡，然后又在林墩（今福建省莆田市东部）和倭寇展开决战，林墩是倭寇的大营，但是林墩是一座小岛四周都是河水，戚家军要想占领小岛上的倭寇大营，必须通过一座小桥才能到达小岛。小桥非常窄，戚继光只好下令对倭寇大营开炮，但是河对岸的倭寇挟持了大量老百姓，戚继光又下令不开火，就命令士兵迅速通过解救河对岸的老百姓，但是一下子戚家军就伤亡了九十人，部下周能等人阵亡，河对岸的老百姓为了不让戚家军再造成伤亡，于是百姓们乘倭寇不注意时，纷纷用倭刀自刎，百姓们自杀后，戚继光命令士兵们向倭寇大营开炮，为百姓们报仇，正在此时泉州卫指挥佥事欧阳深率领南少林僧兵27人路过这里，于是赶来救援，最后在戚继光、汪道坤和欧阳深等人的共同努力下，戚家军成功占领林墩的倭寇大营，消灭倭寇四千人，松浦平准和双剑谭带领一千多名倭寇乘船逃回了日本，戚家军此战伤亡达到了九十人，林墩之战是戚家军伤亡最大的一次，戚继光等人含泪安葬了牺牲的将士们。
欧阳深（公元1500~1563年），号东田，泉州南安人，抗倭名将。少年时代和俞大猷一起拜南少林再传弟子李良钦为师，欧阳深虽然比俞大猷大三岁，但是因为拜师晚，所以欧阳深成为了俞大猷的师弟，欧阳深担任泉州卫指挥佥事后，带领南少林的僧兵27人在福建一带抗倭，经过林墩之战后戚继光和欧阳深成为一对忘年交。
林墩之战后，戚继光率领戚家军返回浙江。嘉靖41年（公元1562年）冬，严嵩、严世蕃父子倒台，直浙总督胡宗宪等人因为受到严党一案的牵连被打入京城大牢，嘉靖44年（公元1565年），胡宗宪在狱中服毒自杀，享年54岁，胡宗宪生前曾让幕僚郑若曾等人编写的《筹海图编》在公元1562年问世，此书是比较权威的海防地理著作，并较早的记载了钓鱼岛是中国的领土。
公元1562年末，松浦平准等率领2万名倭寇卷土重来，再次进犯福建，嘉靖42年（公元1563年）3月，松浦平准等人使用奸计占领了兴化城，嘉靖皇帝得知倭寇占领兴化城后，大怒，下旨把福建巡抚游震得撤职查办，接着嘉靖皇帝又下旨谭纶出任闽浙总督兼福建巡抚，谭纶接到旨意后马上带兵火速前往兴化城救援，谭纶到达福建后立即上书嘉靖皇帝，请求让俞大猷担任福建总兵，戚继光担任福建副总兵。嘉靖皇帝同意了这个请求，但是当时的戚继光因为被新上任的浙江巡抚赵炳然认为是“严党”，从而导致戚继光的首领没有了兵权，赵炳然会让戚继光再次带领戚家军去福建救援吗？请看最终章《荡平倭寇》。