基因检测也叫分子遗传学检测，是直接对遗传代谢病致病基因或其转录产物进行分析的技术。基因检测的目的，首先主要是为疾病诊断提供依据，是遗传代谢病病因诊断或确诊的重要手段，尤其是对一些采用生化、代谢或酶学分析无法诊断、结果难以判读或需要进行有创检查的疾病，如杂合鸟氨酸氨甲酰转移酶缺乏症、遗传性果糖代谢障碍、糖原累积症Ⅰ型或者3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A合成酶缺陷症。对于基因型-临床表型相关明确的疾病，基因检测检测出既往已知的、功能明确的突变，有助于快速进行评估，预测疾病的发展过程、预后，预测特殊治疗效果，如对苯丙酮尿症（PKU）患者的病情严重或四氢生物蝶呤（BH ₄）治疗反应性进行评估。基因检测为遗传代谢病阳性患者家庭提供产前诊断和家系的遗传咨询，常见遗传代谢病的致病基因见表3-6。

基因检测有多种技术，根据基因变异的不同类型采用不同的检测方法。遗传代谢病为单基因疾病，大部分是基因编码序列发生点突变导致，因此实验室基因检测主要是基因测序的方法。另外，针对基因大片段重复或缺失需要采用多重连接依赖的探针扩增（MLPA）和微阵列-比较基因组杂交技术（aCGH），对于其他比较少见的基因重组、X染色体失活、印记遗传等少见变异类型，应采用特殊的技术进行分析。对于大多数代谢性疾病，通过对全部外显子及相邻内含子进行测序分析，结合对大片段缺失和重复的检测，可以检出95%以上的致病突变。

随着生物科技的发展，基因检测技术也有了突破性的进展，新一代高通量测序技术，也叫二代测序技术，已经应用于遗传病基因分析，成为临床诊断的有力工具。高通量测序技术通过大规模平行测序分析，提高分析的通量和降低检测成本，使得进行全外显子组测序变得可行。对一些临床高度可疑遗传代谢病的患者，临床表现和代谢分析结果缺乏特异性，不能明确可能致病的突变基因，二代测序技术通过家系的全外显子组测序分析，有利于明确致病基因。

基因检测的优势，影响和干扰因素小，可以直接对致病基因进行检测；准确性和专一性高，如果检出已明确的致病突变，可对疾病进行确诊；检测疾病种类多，几乎可以涵盖已经发现和明确的各种遗传代谢病。基因检测明确病因后，对该家系遗传咨询和再生育起指导性作用。

基因检测的不足，首先对基因检测的结果分析有时候会存在困难，很多疾病相关的致病基因以及致病突变尚未被全面揭示，如果检测出未报道的新突变，其是否具有致病性和其临床意义难以明确。目前，基因测序主要对外显子（编码区），对一些内含子和调控区的变异难以检测，造成漏检。