人类医学的发展深深植根于各自所在区域的历史和文化中，在人类文明的早期，由于知识和经验的缺乏，人类对于疾病的认知笼罩着浓重的神学色彩，医学往往与巫术混杂在一起，甚至寄身于巫术，形成“巫医不分”的局面。如《广雅·释诂》：“医，巫也。”王念孙疏证：“巫与医皆所以除疾，故医字或从巫作毉。”这说明，在我国早期，“巫”“医”在概念上是不分的，乃至其功能都是同一类人肩负着的。

巫医不分源于人类早期的神灵崇拜，把自然界的打雷、闪电、下雨、火山喷发、地震等现象误以为是某个神仙在发怒。《礼记·祭法》：“山林川谷丘陵，能出云、为风雨、见怪物，皆曰神。有天下者祭百神。”也就是说，在中国古人眼里，世间的一切都是由神灵在支配着。巫作为“绝地天通”的人物，是沟通天地、对话神灵、驱灾避祸、治病医人的唯一代表。如《尚书·孔氏传》：“帝命羲、和，世掌天、地、四时之官，使人、神不扰，各得其序，是谓绝地天通。”在这种情形下，“巫”的地位是十分崇高的，不是任何人随便跳跳大神就可以成为“巫”的。

巫所扮演的角色绝不仅仅是医，而必须是一个兼具精爽不携贰的体格、齐肃衷正的做派、上下比义的智慧、光远宣朗的圣德，且受到神明眷顾，能够上可达天听、下可知万物、中可燮阴阳的人。当然，这是一种理想化、神化的职业，在这种强大的神学崇拜社会氛围里面，行医治病也不可避免地带着强烈的仪式化、神秘化色彩。换而言之，“巫医”为了强化世人对自身的敬畏心理，确保自身的绝地天通，也会有意无意地在治病过程中添加些许神秘的仪式。如《韩诗外传》：“吾闻上古有茅父。茅父之为医也，以菅为席，以刍为狗，北面而祝，发十言耳，诸扶舆而来者皆平复如故。”这种巫医不分的情形，在世界其他文明古国，也经历了类似的过程。

约公元前4000～公元前3000年，古埃及已有了相当发达的文化。但他们依然认为一切归神主宰，因此僧侣兼管为人除灾祛病，宗教与非宗教的经验医学互相混杂在一起。此外，埃及的权贵和富人们，因为迷信将死者遗体永久保存，约自公元前3000年已实行尸体干化法，用香料药品涂抹尸体，成为鼎鼎有名的木乃伊。

印度在公元前4000年末至公元前3000年初，形成了奴隶制社会。一方面为了维护社会统治，另一方面出于认知的局限，古印度的社会意识形态依然是神学。直到今天，以僧侣为主的婆罗门依然是印度的第一种姓，地位最高。直到公元前6世纪，印度的《阿输吠陀》才专门辟出章节，讲述医药和卫生。

巴比伦文明及其稍后的亚述文明中，占星术占据主导地位。古巴比伦人认为身体构造，符合于天体的运行，人体就是个小宇宙。巴比伦人尤其重视肝脏，认为肝脏是身体的主要器官。但这个认识并不是由于解剖医学，而是用于占卜（肝卜）。此外，巴比伦和埃及一样，有两种医生：一种为僧侣，治病方法是咒文、祈祷；一种是有实际经验的医生，由平民担任。

综上，无论是中国还是古埃及、古印度和古巴比伦，早期都是巫医不分的，甚至可以说，医学是依附于巫术而发展。经过漫长的认知发展和社会进步，医学才逐步开始摆脱巫术的控制，形成“巫医并存”的局面。这种进步，一方面源于知识经验的积累，另一方面源于社会的进步。约公元前1046年，周人通过武王伐纣，推翻了殷商的统治，建立了周朝。周人从今陕西西安附近出兵，攻克朝歌（今河南安阳），灭掉了商朝。在冷兵器时代，行军六百余公里，一路杀伐，用了一两个月的时间，就灭掉了一个强大的、受到神灵保护的殷商王朝。这给周人强烈的震撼，也让周朝的统治者认识到“天命靡常”，神学崇拜逐渐弱化，人的价值逐渐凸显。如《左传·襄公二十三年》：“祸福无门，为人所招。”神不再是高高在上、掌控一切的主宰，祸福疾患不再是神灵操控的结果。诊病问药用不着再去找沟通天地的巫祝，而应该去找专业的大夫。

至此，周朝在官职设置上面，设立了“医师”一职，以“掌医之政令”。《周礼·天官·冢宰第一·叙官》云：“惟王建国，辨方正位、体国经野、设官分职、以为民极，乃立天官冢宰。使帅其属，而掌邦治，以佐王均邦国。治官之属中包括：医师，上士二人、下士四人、府二人、史二人、徒二十人。食医，中士二人。疾医，中士八人。疡医，下士八人。兽医，下士四人。各自职责：医师掌医之政令，聚毒药以共医事。食医掌和王之六食，六饮、六膳、百羞、百酱、八珍之齐。疾医掌养万民之疾病。疡医掌肿疡、溃疡、金疡、折疡之祝，药、劀、杀之齐。兽医掌疗兽病，疗兽疡。”这就在国家制度层面，将“巫”与“医”分割开来。

当然，医学的真正独立还有一段路要走，比如《汉书》就将医者归类为“方士”，《后汉书》直接把医者列入到了《方士列传》中。医者真正在意识上自觉同方技之流切割开来，建立起相对独立、科学的医学体系，达到《史记·扁鹊仓公列传》所谓“信巫不信医，六不治也”，还有待于社会的进一步发展。

医学摆脱巫术而取得独立的地位，需要建立起独立于巫术的、相对科学的医学体系，医者要有摆脱巫术的自觉。无论是建立体系还是形成自觉，都是相对而言的。因为，在近代以前，无论是中国数千年的“奉天承运”帝制社会，还是西方“君权神授”的家族政体，在这种主流意识形态笼罩下，医学发展不可能像今天这样科学和理性。

尽管受制于神学，在先民们的不懈努力下，医学还是在稳步发展，尤其是《黄帝内经》和希波克拉底的出现，在某种意义上，标志着中西方医学的独立。《黄帝内经》和希波克拉底学说有很多相似之处。从时间上来看，《黄帝内经》是中国最早的典籍之一，也是中国传统医学四大经典之首，实际成书大约在战国时期（约公元前5世纪到公元前3世纪），后人不断传承、增补。希波克拉底（公元前460年—公元前370年）为古希腊伯里克利时代的医师，被西方尊为“医学之父”。《黄帝内经》最早的成书年代和希波克拉底生活的年代大抵相同。西方学者昻斯丘尔德甚至提出，希波克拉底的英文发音Hippo与岐伯类似，是同一个人。从内容上来看，《黄帝内经》在阴阳五行学说基础上提出，认为人体是由气、血、精、津液有机组合而成；而希波克拉底汲取了四元素学说的成分，提出人体是由血液、粘液、黄胆汁和黑胆汁有机组合而成，何其相似。

医学发展史研究学者将二者并举，是有很积极的意义的。但是将二者标举为医学独立的标志，更重要的是二者分别建立起了中、西医学相对科学的体系，并有意识地将医学同巫术分割开来。《黄帝内经》和《希波克拉底文集》在对医学内容方面的表述中，涉及解剖、生理病理、诊断、治疗、养生等各个方面，形成了较为完整的医学体系。

《黄帝内经·灵枢·肠胃》：“唇至齿长九分，口广二寸半；齿以后至会厌，深三寸半，大容五合；舌重十两，长七寸，广二寸半；咽门重十两，广一寸半，至胃长一尺六寸，胃纡曲屈，伸之，长二尺六寸，大一尺五寸，径五寸，大容三斗五升；小肠后附脊，左环回周迭积，其注于回肠者，外附于脐上。回运环十六曲，大二寸半，径八分分之少半，长三丈二尺。回肠当脐，左环，回周叶积而下，回运环反十六曲，大四寸，径一寸寸之少半，长二丈一尺。广肠傅脊，以受回肠，左环叶脊，上下辟，大八寸，径二寸寸之大半，长二尺八寸。肠胃所入至所出，长六丈四寸四分，回曲环反，三十二曲也。”正如《黄帝内经·灵枢·经水》篇所云：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之。”说明在《黄帝内经》所产生的年代，中医应该从事过解剖，以产生如此准确、详细的描述。

《希波克拉底文集》在其《外科论》《头部外伤论》《骨科论》《溃疡论》《古代医学论》等篇章中都有关于解剖的论述，甚至还涉及癫痫等神经系统疾病。

《黄帝内经》认为“心主神志”，也就是说人的面色、眼神、语言、应答、肢体运作等生命活动的外在表现或状态都是由心来支配。《黄帝内经·素问·灵兰秘典论》：“心者，君主之官也，神明出焉。”此外，《黄帝内经》还认为“脑为髓之海”，感官功能的失常与“脑”功能不足有关。希波克拉底则认为“脑是意识的使者”，眼、耳、舌、手、脚的运动，都是按脑的认识进行的。

《黄帝内经》确立了传统中医“望、闻、问、切”的诊断观念，其中“切”还分为脉诊和按诊两个方面。脉诊还分为三部九候诊脉法、人迎寸口诊脉法、独取寸口诊脉法三种；按诊又分为按胸腹和按尺肤两种。

希波克拉底认为，检查是为了发现何为正常，何为不正常，应从最明显、最容易辨认的地方入手，运用惬意感官，通过视、触、听、嗅、尝和理解力进行调查研究，发现我们的才智所能够了解的一切。

《黄帝内经》用药坚持“寒者热之，热者寒之，虚则补之，实则泻之”的总原则，同时兼顾气候、地理、体质因素，注意“用寒远寒，用凉远凉，用温远温，用热远热”。此外还强调“因势利导”，注重药物组合的君臣配伍。

希波克拉底药物治疗总原则分为“顺势疗法”和“对抗疗法”两种。顺势疗法如用可以导致呕吐、腹泻的药物来治疗霍乱等，对抗疗法则与“虚则实之”原理相通。

《黄帝内经》提出了治未病的思想，通过动静结合、形神共养、顺乎自然、饮食有节、谨和五味等途径，达到“法于阴阳，和于术数”的境界。希波克拉底则鼓励运动，主张顺时，推崇蜂蜜、葡萄酒的功效，同时兼顾蔬菜、水果、肉蛋类食品的作用。在医疗辅助手段方面，《黄帝内经》主要使用针灸、艾灸等；希波克拉底则谈及绷带、夹板、钳子乃至烙铁等，还对人的体质、气质、外感等进行了论述。

从宏观角度来讲，《黄帝内经》本于阴阳五行学说，将人体和宇宙联系起来，同时也将人体看作是一个对立统一、相生相克的整体，并将其用于医疗实践。尤其要注意的是，“五行”和“五材”并非同一概念。五行在中医理论中是指“气”的运动方式：木曰曲直，代表气的展放；火曰炎上，代表气的上升；土爰稼穑，代表气的平稳；金曰从革，代表气的内收；水曰润下，代表了气的下降。在阴阳变化中，人体内的气会随之变化，才产生了相生相克的特点，根据这种变化和特点，将人体的五脏六腑和皮骨毛发等归类为阴阳五行。在临床实践中，根据阴阳的失调和五行的不平衡变化，或补或泻。由此，《黄帝内经》衍发出气理论、藏象论和经络学说等一套完善的中医理论。

希波克拉底建立起“四体液理论”，认为人的身体内有血液、粘液、黄胆汁、黑胆汁，这些元素构成了人的体质，通过这些元素，人便有痛苦的感觉或享有健康。

综上，《黄帝内经》和希波克拉底均构建了各自相对完整的医学体系，二者基本上都是建立在整体观念基础上，有很多相似之处；尽管这些认知还有一些不足和缺陷，但已经趋于科学和理性。此外，将《黄帝内经》和希波克拉底视为医学独立标志的另外一个重要的原因就在于，二者皆反对迷信、排斥巫术。《黄帝内经·素问·五脏别论》：“拘于鬼神者，不可与言至德。”《希波克拉底文集·论圣病》：“被人们称为神圣的疾病，在我看来，一点儿也不比其他病症更神、更圣，它们和其他疾病一样，起源于自然的原因。只因这些疾病的症状奇异，而人们对它们又一无所知、充满疑惑，故而将其原因和性质归于神灵。”

《黄帝内经》奠定了传统中医的理论基础，此后，中医便在《黄帝内经》的理论基础上稳步发展，直到张仲景进一步明确提出了“辨证论治”的观点。希波克拉底医学体系建立之后，在罗马帝国鼎盛时期，盖伦提出了“实证论”的医学观点。这种医学观点上的分歧，改变了《黄帝内经》和希波克拉底所确立的建立在整体观念之上的、类似的医学发展方向，中西医也走上了各自不同的发展道路。

张仲景（约150—219年）总结了中国汉代以前的医学成就，结合自己的临床实践，写成了《伤寒杂病论》等著作，创造性地建立了中医“六经辨证”的辨证论治体系，形成了理、法、方、药在内的理论与实践相结合的中医药学体系，为后世中医临床实践的进一步发展奠定了坚实的基础。

盖伦（约129—199年）与张仲景生活的年代大抵相同，他在继承、发展希波克拉底所创立的医学体系基础上，进一步从理论和实践上发展了解剖学，成为西方实验生理学的奠基人。

目前所知的，中国最早的、以医学为目的的人体实例解剖记录是出现在公元11年。王莽篡汉之后，将捕获的翟义党徒王孙度用于解剖。《后汉书·王莽传》：“莾使太医尚方与巧屠共剥之，量度五脏，以竹导其脉，知所终始，云可以治病。”

所以，我们大致推测可知，中医解剖学所得到的知识主要是通过猎获动物结构与人体的类比、部落战争后杀戮俘虏得来的认识、祭祀和人殉中所施行的肢解等酷刑所得来的知识。即便是上文《后汉书》的记载，也是属于对俘虏的杀戮。因此，中国古代基本没有以医学为目的的主动人体解剖。《孝经·开宗明义》云：“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。”在这种根深蒂固观念的影响下，中国基本上不可能走向实证的医学道路。因此，张仲景等医学家在前人认识基础上，通过了解各脏腑的生理功能、病理表现以及相互关系，逐渐形成六经辨证和脏腑辨证的诊治理论。

在盖伦之前，西方已经有希波克拉底、赫罗菲卢斯和埃拉希斯特拉图斯等一批卓越的解剖学学者，对人体的内脏、大脑、神经系统等都有了非常科学而细致的论述，并已经制作了完整的人体骨骼标本，进行系统的解剖教学。盖伦在前人研究基础上，注重解剖的方法，通过生理实验，演示了呼吸和发声机制，纠正了前人的很多错误认识。比如，盖伦通过实验否认了埃拉希斯特拉图斯认为动脉中只含气体的主张；通过在不同水平切断骨髓来观察其对动物运动和感觉的影响，从而否认了亚里士多德的“心脏中心说”等。

张仲景所创立的六经辨证，“六经”指太阳、阳明、少阳、太阴、少阴、厥阴六条经脉。六经病症就是六经所属脏腑、经络的病理变化反映于临床的各种征候。六经辨证非常注重整体诊断。由于正气强弱、感邪轻重、体质差异等，六经病存在传变规律，表现为合病和并病。同时，在张仲景所著《金匮要略》中提出，要根据脏腑经络病机与四诊八纲进行病与证相结合的辨证方法，即“脏腑经络辨证”。

盖伦的诊断思想，受教条主义学派和经验主义学派的影响，强调掌握病史对疾病诊断的重要性，尤其关注对受损伤的器官及其表现的诊断。

六经病症的治疗包括两个方面：祛邪与扶正。其中，三阳病多为邪盛正气未衰治疗以祛邪为主，三阴病多为正气虚衰治疗以扶正为主。治疗手段包括方剂、针灸和饮食调养。

盖伦遵循顺应疾病发生、发展的趋势，采取确立治则后再用药的思想，即“趋势疗法”。由于盖伦重视实证，在用药上面，盖伦强调“验证法”，在《论单味药的性质和功能》中说道：“对经验进行验证，被视为检测药物功能的重要工具。”

在二者之后，西医愈加追求实证。中世纪过后，西方科学家继续发扬盖伦的实验生理学，在实验室观察到了细胞，建立了微生物学，开启了西医飞速发展的时代；中医则在固有哲学理论基础上经过《脉经》《针灸甲乙经》《诸病源候论》《千金方》《本草纲目》《温病学》等的不断完善和补充，逐渐形成了包括诊断、治疗、组方、用药等相对完备的医药学体系。

中国封建社会到了明清时期，社会文化领域出现了两个极其显著的特点：一方面是总结性巨著不断涌现，另一方面就是西学东渐。西学东渐的“渐”（ji ā n）意为流入、进入。被誉为“中国留学生之父”的容闳写过一本自传，这本书译为《西学东渐》后，“西学东渐”的提法得到广泛认可。后世将“西学东渐”专门用来指代明末至清末民初时期，西方学术文化输入中国的传播过程。在从明末到民国初年近500年的时间，西方的哲学、天文、物理、化学、医学、生物学、地理、政治学、社会学、经济学、法学、应用科技、史学、文学、艺术等大量传入中国，对于中国的学术、思想、政治和社会经济都产生重大影响。尤其到了鸦片战争之后，统治阶层开始效法变革，客观上促进了中国新式教育、现代医学和科学技术的进步，也迫使中国开启了追步西方的进程。

在此期间，中国人对医学的态度经历了从排斥、恐惧西医到逐渐接纳，乃至“维新变法”中提出要开办医院，再到完全接受西医、甚至在民国初年提出废止中医的过程。西医最初进入中国的时候，并不是具体医道或者医学实践的传播，而是以介绍西方医学的基础生理学知识为主。如西方耶稣会士和传教士翻译的《人体的构造》、利玛窦编写的西方心理学专著《西国记法》、汤若望编纂的《主题群征》、艾儒略的《性学觕述》、毕方济的《灵言蠡勺》等。19世纪之后，西医著作逐渐开始增多，也预示着更多中国人开始接受西方医学，如《合信氏医书五种》《丁氏医丛书》等。此外，介绍西医的医学专刊开始出现，如1880年嘉约翰创办的《西医新报》。

此时，西方人开始尝试在中国建诊所。1569年耶稣会主教加内罗最早在澳门成立西医院，1835年伯驾在广州开设新豆栏医局，1844年雒魏林在上海开设的雒氏诊所，1906年胡美在长沙创立雅礼医院，1921年洛克菲勒基金会在北京创立协和医院。

中国政府在鸦片战争失败之后，也开始向西方学习。1865年同文馆附设医学科，其后又有北洋医学堂、北洋军医学堂等医学的专门学校。维新派在光绪皇帝支持下，提出“鼓励私人开办学堂设立翻译、医学、农务、商学、路、矿、茶务、蚕桑速成学堂”，西方医学正式由政府推向了前台。

随着国内对西方科学文化的认可度不断提升，一批留学归国人才对西方科学知识的介绍推广，西医在社会上层逐渐占据上风。1879年，俞樾发表《废医论》，之后又发表《医药说》，提出“医可废，药不可尽废”的观点，成为废止中医的滥觞。随着清朝的灭亡、袁世凯复辟闹剧的上演，国内反古思潮日趋强烈，而中医的基础阴阳五行观念被认为是封建残余。有学者认为，1910～1911年东北鼠疫大爆发是西方医学在中国被认可的标志，中医到了岌岌可危的地步。

1912年，北洋政府以中西医“致难兼采”为由，在教育部第一届临时教育会议上，通过并于随后颁布了《中华民国教育新法令》，未把“中医药”列为教育学科，而只提倡专门的西医学校。这就是近代史上著名的“教育系统漏列中医案”。1929年，南京政府卫生部召开了第一届中央卫生委员会会议，讨论、通过了余云岫起草的《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》。随后，《社会医报》出版中央卫生委员会特刊，公布“废止中医案”。至此，中医彻底沦为从属地位，西医占据医学主流地位。

必须指出的是，西学东渐导致的西医在中华大地上的勃兴，是当代中国医学的一场伟大变革。中医药因现代化水平低、评价体系不完善、成分不确切等因素在国际、国内遭遇发展瓶颈。但是，西医与中医两大医学体系，终究是各有千秋，从医学发展的历史观出发，废中或废西都是不可取的偏见。早在中华人民共和国成立之初，党和政府就提出了“预防为主、面向工农兵、团结中西医”的三大卫生工作方针。“中西医并重”方针的制定，中西结合，中西并举，中西兼容，为我国医疗卫生事业发展提供了遵循、指明了方向。