不同的抗结核药物不良反应有所不同，在用药时需要关注，如果出现严重的不良反应需要停药。

异烟肼的主要不良反应为周围神经炎及肝脏毒性。异烟肼在大剂量使用时可使人体内的维生素B ₆大量随尿排出，导致维生素B ₆缺乏，可引起抽搐；也可引起周围神经炎，出现周围神经炎的患者表现为步态不稳、麻木针刺感、烧灼感或手脚疼痛。在服用异烟肼的同时口服维生素B ₆有助于防止或减轻周围神经炎及维生素B ₆缺乏的症状，但也可影响异烟肼的疗效。异烟肼还可以引起肝脏损害，这与异烟肼的代谢产物乙酰肼有关，服药期间饮酒可使肝损害增加。肝毒性反应表现为食欲不佳、异常乏力或软弱、恶心或呕吐及深色尿、眼或皮肤黄染。一旦出现肝毒性的症状及体征时应立即停药，用药时应定期检查肝功能，包括血清胆红素和转氨酶。

利福平的主要不良反应为肝脏毒性和胃肠道反应，也可能因在血中产生抗体出现过敏反应，严重时表现为血压下降或休克、急性溶血性贫血、血小板减少或急性间质性肾小管肾炎。利福平及其代谢产物均为橘红色，因此，服用利福平之后可能出现大小便、眼泪、唾液变为红色，不用特别担心。利福平有致畸作用，因此在怀孕前3个月内禁用。

吡嗪酰胺的主要不良反应为肝脏毒性、胃肠道反应及血尿酸升高。吡嗪酰胺引起的血尿酸升高会导致急性痛风发作，需要定期测定尿酸。另外，使用吡嗪酰胺时可影响尿酮和转氨酶的化验测定，对诊断疾病造成干扰。

乙胺丁醇的主要不良反应为视力损害和视野缩小，因此在治疗期间应定期进行眼科检查，包括视野、视力、红绿鉴别力等。乙胺丁醇还可使血清尿酸浓度增高，引起痛风发作。