普遍认为，吸入性糖皮质激素较口服或静脉注射糖皮质激素的全身不良反应少，但也有相关报道。

因为正常人的肾上腺每天也分泌糖皮质激素，外源性的激素摄入会扰乱正常的肾上腺功能，长期吸入较大剂量的糖皮质激素有引起肾上腺功能抑制的潜在危险。应用大剂量糖皮质激素的患者应有一张“糖皮质激素记录卡”，当在应激状态下（如手术）可能需要补充糖皮质激素治疗。儿童吸入糖皮质激素与发生肾上腺危象和昏迷相关联，故应避免超剂量使用。

因为激素抑制人正常的免疫功能，所以使用激素的患者更容易出现感染。在老年慢性阻塞性肺疾病患者，大剂量的吸入糖皮质激素也与下呼吸道感染有关，包括肺炎。

随着长期吸入较大剂量的糖皮质激素，骨矿物质密度会降低，导致患者骨质疏松。因此，尽量使用能够保证患者的哮喘得到良好控制的最低剂量。在哮喘轻度发作病情得到控制后，通常可以停止吸入糖皮质激素治疗，但在哮喘再次加重或峰流速下降时应恢复使用糖皮质激素。

儿童生长迟缓与口服糖皮质激素治疗相关，但在应用推荐吸入剂量的糖皮质激素时生长受抑现象并不明显；虽然初始的生长速度可能延缓，但并不影响其到达正常成人身高。但是，仍建议对接受长期吸入糖皮质激素治疗的儿童要监测身高，当出现生长缓慢时，要考虑就诊于儿科医生。5岁以下儿童吸入糖皮质激素时应使用大容积储雾罐装置，对于年龄大一些的儿童和成人同样也适用，特别是当需要较大药物剂量时。储雾罐装置在提高药物气道沉积的同时可减少口咽部的沉积。

有报道称，长时间大剂量吸入糖皮质激素会轻度增加青光眼的危险；也有白内障与吸入糖皮质激素相关的报道。通常，只有大剂量吸入糖皮质激素时才会出现声音嘶哑和口咽部念珠菌感染。过敏反应（包括皮疹和血管性水肿）罕有报道。其他少见的不良反应包括支气管痉挛、焦虑症、抑郁症、睡眠紊乱以及行为方面的改变，如亢奋、易激惹等。