秦王李世民见了来使，问明姓名，知道他叫作李大师，曾在窦建德处充任礼部侍郎。随即，来使呈上一函，李世民看完后，不禁微笑道：“来书让我退军潼关，返还郑国归降的领地。试想，我军来这里已经快一年了，花费了无数的粮饷，牺牲了很多军兵，才得到这几十座郡县。如今，洛阳就快要攻下，他却来劝我退兵还地，天下哪有这样的好事？”
李大师道：“贵国既然有意安民，就不应该继续穷兵黩武，停战修和既可以让兵民休息，二来免得伤了和气。”
李世民听了李大师话，非常恼怒，瞪着眼睛对他说：“郑、夏本是敌国，我灭掉王世充，跟你国有什么关系？如今你们前来劝阻，到底是什么意思？”李大师道：“我国是为了休兵息民，所以派我李大师前来送信，代王世充请和，殿下如果不同意，那么我们已经发兵，就不便收回了。”李世民被他的话激得更加生气：“你们出兵，我有什么好怕的？”话说完，李世民就下令手下将李大师扣在军中，然后召集将士们商议。
众将都面面相觑，不知道怎么办，只有郭孝恪进言道：“王世充现在穷途末路，很快就会投降的，现在窦建德也主动送上门来，这是天意要灭掉他们两国。我军可以在武牢据守，等待时机行动，一定能破敌的。”话还没说完，又有一人接着说道：“王世充坚守东都，财物和兵甲器械充足，而且他的部下都是江淮的精锐将士，非常耐战，现在只是因为缺了粮饷，所以才被困在孤城中，坐以待毙。如果窦建德来跟他们合作，给他们输送粮食救济，那敌军的气势就更加强盛，我军就无法与之相争了。现在，请大王分兵困住洛阳，深挖壕沟，高筑壁垒，构筑防御工事，不跟敌军硬碰，然后，大王您就亲自率精锐部众，先占据成皋，以逸待劳，这样，一定可以攻破窦建德。窦建德既然被攻破，那么拿下王世充就很容易了。不出两个月，他们两人就会被我们抓住。”
听了这话，李世民一看，发现说话的人是记室薛收，便对他说：“你的建议很有道理，我也是这么想的，就这么办吧。”萧瑀和屈突通等人听了李世民的话，连忙上前劝阻：“请大王退到新安，占据险要位置坚守。”李世民驳斥道：“窦建德刚打败了孟海公，此时正是将士骄纵，士兵懒惰，根本就不值得一战。我率军占据武牢，扼住他的咽喉，他如果敢冒险来争，我自有方法抵御。如果他只是观望不进，那么不出一个月，王世充必溃败，到时候我们把城攻破，我军的气势自然高涨，这样一举两得，何乐而不为？否则，等到敌军侵入武牢，各州城再次归附他们，那时，我军根本守不了，等到他们两贼合力，与我军开战，我军还能抵挡得住吗？”萧瑀等人听了这话，默然退回。
李世民召回屈突通，让他辅佐齐王李元吉把东都围住，不得轻易出战。自己率领李世勣、程知节、秦叔宝、尉迟恭等人，带着三千五百名骑兵，向东边武牢杀去。
窦建德怎么会救王世充呢？原来，王世充屡战屡败，很早就派侄子代王王琬和长孙安世到河北求援。窦建德本来跟王世充有矛盾，互相攻打，不愿意前往援助他们。谁知，中书侍郎刘彬进劝窦建德道：“现在天下大乱，李渊得了关西，王世充得了河南，我们得了河北，如今的局面是三足鼎立，互相牵制。现在大唐举兵攻打王世充，从秋天打到冬天，唐兵越来越多，王世充越来越危险。唐强郑弱，王世充肯定支撑不了很长时间，如果王世充兵败，郑国覆灭，唇亡齿寒，恐怕我们也不能自保。不如暂时放下仇怨，发兵援助王世充，夹击唐军。唐军如果败退，我们趁势拿下郑国，然后合两国人马，乘大唐疲弱，攻入关中，说不定能统一天下呢！”
窦建德听了这一席话，鼓掌叫好，便召见郑国使者，同意发兵援助。只是，因为孟海公占据周桥，窦建德担心他乘虚来袭，于是打算先剿平孟海公，然后出师援助王世充。王琬与长孙安世拜谢离去。于是，窦建德出兵到周桥，攻打孟海公。
孟海公本是济阴人，喜欢舞刀弄枪，不喜欢文字，隋朝末年群盗纷起，他也聚众为盗，占据曹州的周桥，自称录事。因为所处的位置比较偏僻，一直没有人注意，就这样他安安稳稳地过了六七年。现在，窦建德率军杀到，孟海公不识好歹，率部众跟他对仗。窦建德的军兵经过百战，很有经验，而孟海公的军兵都是乌合之众，一经交战，胜负立马分出。孟海公战败逃回周桥，被窦建德一鼓攻入，把他活捉，立刻杀死，其他的军兵全都投降。
窦建德留下归降的将领守卫周桥，然后，带着部众向西开去，攻陷了管州，夺取了荥阳、阳翟等县。大队人马水陆并进，路上遇到王世充的部将郭士衡，郭士衡带着数千军兵，受王世充的弟弟王世辩之命，前来迎接窦建德。
窦建德到达成皋（别称虎牢）的东面时，命人在板渚城修筑宫殿，作为行宫。然后，窦建德一面派人给王世充报信，一面致书唐营，也不急着进军，还在眼巴巴地等着李大师的回报。哪知此时，大唐秦王李世民已经带着精锐的骑兵过了北邙山、河阳，杀向武牢来了。
窦建德见两个使臣都没有回来，于是派侦骑兵出营打探。探子才出去了三里地，就看见前面有四个骑马的人，为首的拿着弓，随后的拿着槊，威风凛凛，策马前来。侦骑兵还以为是巡视兵，正要询问，忽然听到一声大喝，道：“我是秦王，你们看箭！”话音未落，箭就已经到了，一个探子应声落马，其余的人见情形不对慌忙逃回。
原来，李世民到了武牢后，立即率五百骑兵来探敌营，留下李世勣、程知节、秦叔宝等人沿途设下埋伏，自己带着尉迟恭和两个骑兵前进。这会儿，李世民射死了一名敌骑后，两名随从的骑兵请求李世民撤回：“敌军探子回去，肯定会有大军来攻，我们不如快点回去！”
李世民转头对尉迟恭说：“我手执弓箭，你手执长槊，即使来了百万敌骑，那有什么好怕的？”正说着，只见前方尘土飞扬，五六千骑兵迎面杀来。两名从骑有点惊慌失措，李世民从容道：“你们两人不必惊慌，尽管往回跑，我跟尉迟恭两人断后。”于是，李世民和尉迟恭二人勒马等待，等到敌军将要靠近时，立即拉弓射箭，每射一箭，必定击毙一敌军，敌军三退三进，李世民又射杀数人。尉迟恭舞槊迎战，也刺杀了十几个敌军，敌军看这情景也不敢贸然逼近。李世民却假装害怕逃去，敌军不知是计，一拥追来，才追了一里多地，四面的伏兵就冲了出来。李世勣等人上前奋击，杀了敌军三百多名，还活捉了殷秋、石瓒两名敌将，其他人落荒而逃。李世民这才收兵回营，回营之后，李世民给窦建德写了封信，信中写道：
赵魏之地，久为我有，今为足下所侵夺，不情孰甚？但以淮安见礼，公主得归，故相与坦怀释怨，世充前与足下修好，已尝反复，今亡在朝夕，更饰词相诱，足下乃以三军之众，仰哺于人，千金之资，坐供外费，甚非策也。今前茅相遇，已遽崩摧，郊劳未通，能无怀愧。故抑止锋锐，冀闻择善，若不获命，恐后悔且难追矣，幸足下垂察焉！
信的内容是劝窦建德撤兵，但是，窦建德却一直没有回信。从此，两军进入相持状态，双方多次交战，窦建德一点便宜都没占到，反而死伤了许多人马。唐将王君廓又率领一千多名轻骑，截击窦建德的粮饷，并把窦建德的大将张青特捉了回去。窦建德有些害怕了，祭酒凌敬献计，说道：“唐兵现在占据武牢，我军很难前进，为今之计，我们不如带兵渡过黄河，攻取怀州、河阳，重兵把守，养精蓄锐，然后大张旗鼓过太行山，进入上党郡，攻打太原，直奔蒲津，占据河东，窥视关西，才是上策。”
窦建德道：“我如果去取河东，洛阳还能不亡吗？”凌敬道：“依臣之见，攻取河东有三个好处。首先，唐兵都在洛阳，我军可以乘虚入境，会很安全：其次，我军能拓展土地，扩大势力；最后，我军一旦进兵大唐，唐兵一定会撤回关中救援，那么洛阳的围困自然化解了。如果失去这次的机会，战事必定会旷日持久，到时候不但洛阳要完蛋，就连我军也会陷入困境。”
窦建德思虑了好久说：“你说的话很有道理。”话刚说完，王世充的侄子王琬和长孙安世又来求援。他们一入帐内，就跪拜在地上，哭着求窦建德快点发兵救援。这下弄得窦建德忐忑不定，只好答应进兵援助。王琬跟长孙安世听了这话，这才起身离去。他们住在窦建德营内，一天到晚不停地催，而且暗地里用大量财物贿赂将士们，托他们敦促窦建德快点发兵。
将士们拿了钱财后，都去催窦建德进兵援助洛阳，并说：“凌敬就是个书生，根本就不懂打仗，大王应当立即发兵援助，不要再犹豫了！”于是，窦建德下令进攻武牢。凌敬连忙劝谏道：“大王为什么不听臣的建议呢？”窦建德道：“大家都主张进兵，这是上天助我，一定能成功的，不能听从你的建议。”凌敬叹息道：“不用臣的建议，大王以后不要后悔啊！”窦建德听了这话，非常生气，竟然让手下把凌敬拉了出去。
窦建德的妻子曹氏也跟随大军来到这里，她见窦建德的脸色有怒气，于是就上前问明缘由。窦建德把事情的经过稍微说了下，曹氏听后，连忙说：“祭酒凌敬所说的话很有道理。如今大王乘虚攻打河东，不担心攻不下来，如果我军再联结突厥，从西面抄底关中，唐军必定会撤军救援的，到那时洛阳的困境就自然解除了。如果我们一直在这里停留，劳师伤财，不知道什么时候能成功啊？望大王仔细想想！”
窦建德说道：“这不是妇人能掺和的，我是为救王世充而来的，他正处在危险之中，如果不去救他，岂不是言而无信？到时候将士们也会认为我是畏惧唐军了。”
第二天，窦建德亲自调集兵马，自板渚出牛口，列阵二十里，大张旗鼓出发。唐军看到这阵势吓了一跳，心中有些胆怯。李世民带领尉迟恭等人登山瞭望，仔细观望了好半天，然后对将士们说：“敌军从山东起兵，看样子是没有遇着什么劲敌。如今阵势虽然很庞大，但是他们的队伍不整齐，纪律也不严格，光仗着人多有什么用？我只要按兵不动，等敌军锐气衰弱，腹中饥饿，我们再奋力击打，他们一定坚持不了多久，我和诸位打赌，过了中午，我军一定能破敌。”尉迟恭等人连声说是。
窦建德轻视唐军，只派了三百骑兵渡过汜水，直逼唐营，还大声喊道：“唐营中如果有勇士，就出来受死吧！”一连叫了好几声，这下激怒了大将王君廓，他带着二百骑兵，手持长槊，前来迎敌。王君廓与夏军交锋，激战了几十个回合也不分胜负，只好各自收兵。
突然，尉迟恭跃马出营，随身只有两个人，一个是高甑生，另一个是梁建方，他们偷偷跟在敌军的后面，直奔窦建德阵前。刚好，王世充的使臣，代王王琬骑着隋炀帝所乘的青鬃马，正在观战，没有一点防备，猛听得一声大喊：“哪里走？”话音未落，王琬的身子就不知不觉被别人抓了过去，身下的坐骑也被人牵住了。王琬急呼救命，夏军闻声前来救援，但是，当他们看到出战的唐将是拿着长槊的尉迟恭时，都不由得倒退数步。尉迟恭擒住王琬，高甑生牵着王琬的马，竟然安安稳稳地跑回了大营。
原来，李世民望见王琬在窦建德阵前，骑着一匹好马，就指给尉迟恭看，说了“好马”二字。尉迟恭就请命夺取此马，李世民本想阻止，不料，尉迟恭竟然与高、梁二将，催马过去，连人带马都抢了过来。李世民担心尉迟恭有闪失，赶紧派宇文士及领着三百骑兵接应他，并且对宇文士及道：“如果敬德自己回来了，你可以绕出敌阵，由东边回来。不管敌军是否出兵，你都必须迅速回来，不要惹祸。”
宇文士及领命出发，路上接着敬德，见他立功归来，很是欣慰，于是，宇文士及趁势去骚扰敌阵。敌兵赶紧拦截，宇文士及也不恋战，只夺路向东跑去。李世民早已看到了，又见见敌军有的在河边喝水，有的散坐在阵前，就指挥众将道：“敌军的气势已经懈怠，赶快出击！”李世勣、程知节、秦叔宝等人一听将令，立即拍马冲了出去，李世民也不愿落后，紧跟其后，带领大军渡过氾水，直捣夏军阵营。
窦建德因为已经过了中午，大军还没有吃饭，于是召集将士开会，商量下一步的行动。突然，听说唐军杀到，来不及整列军队，慌忙命令骑兵出战，自己率步兵跟在后面，依踞东坡。李世民看见了，派窦抗领兵，绕到后面，袭击窦建德，而自己和尉迟恭等人拦杀骑兵，一阵奋战，把敌军杀得零零落落，四处逃散，李世民等人又乘胜前进。
窦抗被窦建德击退，眼看着要支持不住了，李世民一马当先，率兵杀进敌阵，敌军纷纷退却。淮阳王李道玄也挺身冲入敌阵，穿过敌阵后从敌阵中杀回，身上像刺猬一样身上中满了箭矢，但是勇气不衰，只是战马负了重伤，无法再用，李世民一边把自己副马给了李道玄，让他不要再擅闯敌阵，一边督军大战，一时间战场上尘土滚滚，天昏地暗。程知节、秦叔宝和西突厥人史大奈等人冲出敌后，张起大唐旗帜，飘扬天空。
夏军看到这阵势，相顾错愕，顿时到处溃逃。唐军追奔三十里，杀了敌军三千多人。窦建德被槊所伤，窜逃至牛口渚中，被唐军白士让、杨武威两人发现，两人快马赶来，窦建德吓得浑身乱抖，连马上都坐不安稳，正要去芦林中躲避，却被白士让追上。他一槊刺中马的屁股，马受痛一蹶，将窦建德摔下。白士让又用槊刺窦建德，窦建德连忙摇手道：“不要杀我，我就是夏王，如果你能放了我，我一定与你富贵与共。”白士让本来不认识窦建德，因为看到他金甲灿烂，就知道不是一般人，所以穷追不舍，偏偏窦建德自己供认了，喜得他心花怒放，立即一跃下马，把窦建德捆住，带回营中。
这番厮杀，夏国十几万大军死的死，逃的逃，还有五万人做了俘虏，就是王世充派来的长孙安世、王世辩的大将郭士衡也都被擒住了。
李世民收军升帐，检点俘虏。白士让和杨武威上前献功，报称拿住了窦建德，李世民听了非常高兴，立即让人将窦建德带进来。窦建德立而不跪，李世民冷笑道：“我来讨伐王世充，关你什么事？你却出兵阻挠，现在感觉如何？”窦建德答不出话来，反而说了句玩笑话：“我今天来，是免得你大老远的去抓我。”李世民笑了一笑，下令把窦建德押入囚车，然后将所有俘虏全都遣返回家，再派将士到板渚查看，只见那里只有虚设的一座行宫，里面已经空无一人了。
将士回来告知李世民情况，随后，李世民押着窦建德来到洛阳城下，用鞭子指着窦建德的囚车，仰头向城上喊道：“王世充！你看囚车里是什么人？是不是来救你的窦建德啊？”王世充正在城楼督战，向下一瞧，果然看到有一人闷坐在囚车里，于是问道：“囚车内真的是夏王吗？”窦建德道：“不必说了，我来救你，却先作了监下囚，你真是害得我好苦啊。”说完，泪流满面。王世充也不禁落泪，正打算说几句安慰的话，只见唐军又牵出三辆囚车，被囚的正是侄子王琬和长孙安世，还有大将郭士衡。王世充一时愁上加愁，痛上加痛，险些儿没站稳，从城上堕下。
李世民又对王世充说：“你如果不投降，我就把他们立即斩首。”王世充哭着说：“且慢！如果我投降，你能免我不死吗？”李世民道：“我答应你免死！”王世充下城，召集众将商议，有的说是不如出走，有的说是不如死战，弄得王世充又犹豫不定。刚好唐军放了长孙安世，让他入城力劝王世充投降，王世充才领着太子和群臣共两千多人，开城投降。
王世充见了李世民，吓得满头大汗，叩头谢罪。李世民却以礼相待，让他带路入城，命令萧瑀等人封好府库，拿出全部金银分给将士们。李世民根据降将的罪行，把段达、王隆、崔洪丹、薛德音、杨汪、孟孝义、单雄信、杨公卿、郭什柱、郭士衡、董睿、张童儿、王德仁、朱粲、郭善才等十几个罪大恶极的人，绑到洛河边，一一斩首。百姓最恨朱粲，争着捡瓦石砸他的尸体，瓦石一会就堆积得像坟墓一般。
李世民望着隋朝宫殿，不禁感慨万分，长叹道：“隋炀帝奢侈过度，只顾虑到自己享乐，却不顾虑百姓疾苦，怎得不亡？”随后，李世民命人撤端门楼，烧乾阳殿，毁则天门阙，废诸道场，再往黄河南北传发檄文，招降各个州县。
除州行台王世辩是王世充的弟弟，听说王世充已经降唐，接到檄文后，就带着管辖的十三个州县，也到河南道安抚大使任环处请降。
窦建德的妻子曹氏和左仆射齐善行等人逃到洺州，部众都想立窦建德的养子为首领，再图重振。但是，齐善行见大势已去，只好遣散残兵败将，和窦建德的妻子曹氏，还有右仆射裴矩，行台曹旦等人带着传国玉玺，以及攻破宇文化及时所得的珍宝，向唐廷乞降。魏征等人被全部放还，早已入关，仍作大唐的臣子，淮安王李神通，乘势慰抚山东，攻下了三十多个州县。从此，郑、夏两国的土地都归大唐所有。
李世民凯旋回来，率领一万匹铁骑，三万军兵，分为前后两队，沿途吹吹打打返回长安，高祖诏令将俘虏供献于太庙，然后将窦建德和王世充带到殿前，等候发落。
高祖上殿后，先召王世充进殿，王世充跪下三呼万岁，又磕了好几个响头。高祖叱道：“朕早就听说你残虐不仁，最可恨的是杀我降臣李公逸和张善相，如果不把你杀了，真是无法慰藉那些冤魂。”王世充又叩头道：“臣罪有应得，但秦王已经答应臣不死了。”当时，秦王李世民就在旁边，高祖问他：“有这么回事吗？”李世民回答：“儿臣确实说过。”
高祖又道：“朕不是说一定要杀王世充，但杞州总管李公逸远道来归降，却被王世充捉住杀死。伊州总管张善相在李密死后，带着部众来归降，并为朕竭力守城，然而，王世充多次派兵攻打，当时，朕无暇顾及，没有及时发兵往援，导致他惨遭王世充杀害。他们二人都没有辜负朕，是朕辜负了他们，现在回想两位忠臣，很是可惜。现在王世充已经被抓，不杀对不起忠臣啊！”高祖话说完，吓得王世充浑身发抖，李世民看着很不忍心，替他求情道：“父王仁慈，还求父王网开一面！”高祖于是把王世充暂时囚禁，再召窦建德入殿。
窦建德虽然下跪，却不像王世充那样哀求。高祖责问他为什么背叛盟约，他低头无话可说，于是也将窦建德囚住。三天后，高祖下了一道诏命，将窦建德斩首东市，王世充贬为庶人，全家发配四川。总计从窦建德起兵到灭亡，一共六年。王世充从篡位到灭亡，一共三年。