天草四郎又和天草甚兵卫商议片刻之后，天草甚兵卫叫来毛利秀元使者，让这使者回去复命，就说自己会在这里等待毛利秀元到来，然后订好了攻城的暗号，使者就回去了。
使者离开后，天草四郎就让五千豪侠军昼伏夜出向长府藩行军，数日后来到长府埋伏，果然不久之后毛利秀元就带兵离开了长府。
为了自己的计谋顺利，天草四郎没有马上让部下攻城，而是估算毛利秀元的行军速度。等天草四郎感觉毛利秀元到达萩城的时候，他率军攻击了长府。
由于长府城中毫无准备，而且城中士兵大部分也被毛利秀元带走，天草四郎很顺利的攻下了长府，当然天草四郎还是让城中的残部“拼死突围”了。
毛利秀元来到萩城不久，拜见了隐藏在城中的德川家光。德川家光看到毛利秀元来到萩城，说道：“秀元到来，渔网之计可以实施了。”
毛利秀就和毛利秀元异口同声说道：“大将军武运昌隆，此次必定大胜天草叛军。”
随后毛利秀元就派人来到天草甚兵卫军营传达消息，天草甚兵卫得知毛利秀元来到萩城之后开始整军，不过他没有进攻萩城而是偃旗息鼓埋伏了起来。
之后几天德川家光没有等到天草甚兵卫攻城，反而等到了长府藩的败军，败军见到毛利秀元之后就哭诉长府已经被天草四郎攻占了。
德川家光听到这个消息大叫一声“不好！”，立马派人再次前往天草甚兵卫的军营打探，发现军营之中只有旌旗，还有悬羊击鼓，已经空无一人。
德川家光几人商议得出结论，天草甚兵卫肯定是从什么地方找到了破绽得知萩城之中有埋伏，所以才不进攻萩城，而是先攻击长州藩周边地区，或者是想一路向东进攻。
德川家光只是在长州藩埋伏豪侠军，东边其他地区都没有做准备，若是豪侠军攻略东面，那将是一片坦途，说不定江户城都有危险。
德川家光不再迟疑，带着自己的新军和毛利家的部队快马加鞭向长府进发。
德川家光来到长府的时候，就看到城上悬挂着天草甚兵卫的旗帜。德川家光长舒了一口气，心想还好天草甚兵卫没有向东攻击，估计也是刚攻下长府。
德川家光派出使者向城内喊话：“我德川家已和天朝上国皇帝签订合约，你们身为天朝下属部将怎可妄自开战。若你们退出长府撤回九州，我德川家就当此事没有发生。”
德川家光使者喊完之后，长府城内没有一丝动静，使者无奈只能回到德川家光身边复命。德川家光也看到了此情形，知道天草甚兵卫是不会退兵的，就是自己在天草甚兵卫这边，自己也不敢轻信敌人的话。
攻城之战在所难免，所幸长府只是个小城，德川家光首先让部下四面包围长府，一切布置妥当之后天色已暗，德川家光决定明日一早开始攻城。
城内的天草四郎看着德川家光包围长府也让部下在四面布防，虽然有些担忧，但是萩城距离长府不远，有了一天的缓冲自己的父亲肯定能赶到，说不定现在已经在德川家光后方埋伏了。
隔天一早，德川家光就让部下开始四面攻城。虽说是四面包围，但德川家光的主力还是在南门，他自己也在南门督战。
同样是针刺发火枪，天草四郎这边有高度优势，但是德川家光这边有人数优势，刚开始豪侠军有了些许优势，等德川家光部队到达射程之后，两边就开始互相消耗了。
天草四郎没想到德川家光没有学习新式练兵方法也能把新军训练的那么好，最主要的是德川家光的部队常年与各地叛军作战，枪法比只是训练没有实战的豪侠军好，而且德川家光的士兵也更知道怎么保护自己。
天草四郎知道自己还是自大了，小看了德川家光，也小看了他的部队，幸好自己没有一头莽上萩城，现在只能坚持到自己父亲的到来了。
德川家光看着自己的部队稳步推进到长府城下，他知道这次攻城战要赢了。只是他比较诧异城上敌军的数量，他早就打探过豪侠军虚实，豪侠军现有主力部队最少有2万人，刚开始德川家光还怕自己这边只有一万部队打不过豪侠军，心想难道天草甚兵卫没有把豪侠军全部带来吗。
正当德川家光的部队掩护自己这一方的攻城部队前往城下的时候，德川家光后面南方尘烟四起，部队行军的声音越来越近。
德川家光终于反应过来，天草甚兵卫肯定把豪侠军全部带来了，只是没有想到他是怎么把士兵派到自己后方偷袭的。
由于没有想到自己后方会有部队偷袭，德川家光没有在后军放多少部队。天草甚兵卫率兵突击之后片刻就击溃了德川家光的后军，德川家光只能一面远离天草甚兵卫，一面让前方攻城的部队回援。
虽然德川家光的新军马上调转枪头开始支援德川家光，但是毛利家的士兵就变得混乱了，这些士兵也有了很长一段安逸的时光，早就没有了往年的精锐。
毛利家士兵的混乱也渐渐带动了德川家光的士兵，再加上豪侠军的数量优势，德川家光一方渐渐不支，战线越退越后。
德川家光感觉大势已去，为了保住自己新军的火种，开始传令各部撤退。
德川家光自己士兵还是稳定的，一面撤退一面反击，且战且退渐渐脱离了战场。毛利家的士兵就没有那么精锐了，像是无头苍蝇一样四处溃散。
天草甚兵卫也看出德川家光是快硬骨头，既然已经胜利，他也不准备死磕德川家光，他放弃了追击德川家光，开始在城中天草四郎部队的配合下追击毛利家的士兵。
天草甚兵卫父子两个一直咬着毛利家的败军，不但沿途俘虏很多走散的士兵，还跟着毛利秀就和毛利秀元的败军顺势夺下了萩城。