在太平军进攻金陵之时。
远在北京的咸丰，催促在九江以“无舟不能前进”停留半月之久的向荣，赶往安庆与另一位原本为解武昌之围南下，却因太平军已向东进攻金陵，转而折东以解金陵之围的琦善汇合，共解南京之围。
当这二位钦差大臣与安庆汇合，共商破敌之策时，没想到这两位竟然相互嫌弃，向荣以太平军作战老手自居，颇看不起琦善带领的北路军。甚至把这种傲慢直接表达出来，据向荣所写的奏搞所写：“钦差大臣琦善所带各兵，虽系生力，然素未经大敌，不敢骤令当先。臣前在安庆与之面商，臣之兵先进，琦善之兵权且在后作为接应，看前队兵勇数仗，使之眼明胆壮，知贼伎俩，然后再令独当一面，方为万全之计。”
在咸丰同意其先行进兵的奏报后，向荣带一万本部兵马，立即由安庆出发，在抵达芜湖后。弃船登岸，由陆路绕道秣陵关。在金陵被太平军攻破第八天后，至金陵城东沙子冈孝陵卫，建立清军江南大营。
于此同时，太平军率军攻打镇江和扬州，琦善则奉咸丰之命，带兵勇约两万人赶制扬州三汊河建立“江北大营”。
两个大营互相策应，企图遏制太平军北进“皖省、江北等处，为东、豫各省门户，亟应厚集兵力，防贼北窜”。在两大营建立好之后，咸丰严旨“两大营以攻为堵，欲把太平军围堵在江宁（金陵）、镇江、扬州三城，并伺机攻占消灭太平军。”
但是由于清军处于防守态势，所以导致其兵力分散，当太平军着力于一点时极易突破。
清军除江南、江北两营外防堵情况。
位于淮安的漕督杨殿邦原与屯据清江浦的河督杨以增，共带六千清军负责运河河防，实际上此处防御力很低，极度依赖江北大营在扬州堵住太平军北进。
山东巡抚李僡统率近万名兵勇分段防守，黄河东段防务。兵多将就有底气：李僡上疏咸丰:“如此黄河两岸节节严防，借天险以施人力，事半功倍，较之交界堵御，殊有把握。如各该处尚有不数，彼时调回前赴河南兵一千名，量为接济，不致再虞短少。”
由年界八旬的老将周天爵主持的皖北防务。
周天爵在宿州主持淮北防务。但其手下兵勇不足三千，其中一多半还是招安的捻军。守戍淮南的李嘉端，却苦于兵饷不足。周天爵向咸丰诉苦说：“且臣周天爵年届八句，虽精力未衰，而以一旅之众，击四起之赋，诚恐顾此失彼。皖省兵额，除分防书识外，不过四千余名，加以调遗溃散之余，兵力益形单弱。即如庐州城内，现仅存兵五十余名。其召募之勇一千余名，未经训练，器械不齐，断难任以防剿;又以经费不充，大有欲散之势。”
两利相权取其重两害相权取其轻。在探知清军防守情况后，太平军自然“捡软柿子捏”，从皖北北伐，是最佳选择。
时人揭露清军兵勇现状：“平日训练，轻如戏剧，符檄一下，面色灰死，未望尘而肝胆进散，岂有所谓行列部伍，坐作进退耶?”、“然而镇江之师不西，瓜、仪之勇不南，皖帅变易，拥符离之兵而不进，坐视金陵之危。勇懦一辙，环而相顾，欲侥幸于狂寇之未必至，岂可得耶?”
江忠源指出清军阵营长期存在的三大弊端，并相应提出自己的改进建议。
1.军法不严。“士卒以逃死为长计，而临敌无斗志”；州县以避贼为固然，而守城无坚志。”原因在于“提督太多”，军法难立。对策是“奏撤提督”
2.军令不一。大帅远离前线，与诸君总统号令不一。前线提督互相猜疑，矛盾重重，总统难以驾驭。大帅不明前线军务，“但据总统文报入奏，功过不明，赏罚因之失当，士卒因之解体”。对策是请徐广缙驻扎军中，事权统一。
3.军心不齐。“兵各有营，军各有将”。一营胜，则争起而攘功；一兵败，即按兵而自卫。甚至左进而右先退，是隐为参商；前行而后反，却是互相抵牾。