爆破成功后，仪凤门外的林风祥等将亲率突击队“践蹈登城”，大呼着“百姓皆闭门，敢出者杀！”向城内杀去。在生死存亡之际，清军民也不是吃素的，闻太平军从仪风门杀入，城内地主督率团练与其他各城门的抽调兵勇，增援北城，迎面向着冲入太平军杀去。并“呼居民助阵”。一时间，百姓闻而相应。“近街处巷人，竹枪木棍，蜂拥齐来”，“山后皆园户，各执耙锄助追逐。”
太平军突击队兵进城后兵分两路“一路杀向鼓楼，一路循金川至神策。”一支杀到太平门的太平军，遇到迎面而来的清军“用火枪迎战，连环而进”，气势汹汹的太平军顿时“不能当，跟跄退”。通向神策门太平军见事不妙，果断“吹螺集众”，各队太平军收到信号后立即赶来鸡笼山集合。（包括碰巧杀掉陆建瀛的那一队。）清军见此，便分两路（一路山左，一路山右）包抄山上的太平军。不一会城内民众赶来支援清军，清军在群众的鼓舞下，鼓起勇气向山上杀去。山上的太平军被渐渐爬上山的清军逼到山顶吕仙庙前的御碑殿后，知事不可为，便由原路撤回城外。杀向鼓楼的另一支太平军望见鸡笼山突击队撤退，也随之撤退。没过一会，气势汹汹杀进城内的太平军“从哪来，回哪去”。
据记载当时情形：“不数刻，两股贼仍由塌却处出城，满不敢深追，抵城而止。于是溃兵复集，领勇者渐招集逃勇，筹防局发麻袋，装土填卸处……自辰至午布置照常，全瓯缺而复全。”
仪凤门虽然保住了，但江宁总指挥陆建瀛却意外被杀。当其被仪风门的巨响吓醒之后，为求保命，慌乱以“壮勇数十名为前导”，乘四人绿呢小轿”，欲到满城避难。但是江宁将军祥厚劝他，在此危急之下，作为最高指挥的陆建瀛应“招集百姓助战”，反击太平军。”既然满城不得入，总督悽惶无奈硬着头皮，准备前去清兵多的地方主持对抗。但很不巧，陆建瀛没遇到清军，却遇到太平军杀入城中的突击队，见碰到太平军随行“壮勇即逃，舆夫亦置舆遁去。陆吓得不知所措。但巡捕童某没有随壮勇同逃，而是将陆拉出轿子，背着逃跑。
但一个书生背着书生，怎么跑的过凶悍的太平军？没跑多远，被太平军突击队追上……。
此时城内的间谍就在城中大呼“太平军从仪风门杀进来了”。
而逃跑的轿夫和壮勇，也在无意地帮腔，大呼着“总督被杀的消息。”（加重了城内军民的恐慌情绪。）
虽然杀入城中的大部分太平军很快被清军赶出去了，在修补城墙的同时。为肃清城内残留的太平军余孽，官府悬重赏。还别说真有太平军被抓获“持赴总局献功”，其余清军见此眼热得不能自制。
城内的兵勇、团练为了重赏，纷纷从城头跑下来，沿城坦深入城内树丛搜杀太平军。
快到中午的时候，太平军探知南城防守空虚。遂决定杀清军一个回马枪，乘机抢攻南城，清军副将沈鼐顽抗，被杀到城上的太平军击毙。由于有能力的清兵都去城内杀贼，留在城上的清兵见副将被杀，太平军越来越多，遂皆弃号衣散去。（准备在太平军进城前，脱掉官府躲在家里装老百姓，妄图保命。）
这部分逃跑顿时带起全线逃跑的节奏。（恐慌的情绪无情传染）督修复仪凤门的祥厚等将闻“南城等处又破”、“驻防军纷纷弃甲”太平军“尾追而下。他当即决定丢下大城不顾，退守皇城。有些清军见此欲与杀进城内的太平军展开巷战，但祥厚拒绝了这个提议，唯“率官兵守皇城，满族妇女、幼弱亦登啤助守”。
城内江南提督福战死在聚宝门，前广西巡抚筹防局总头目邹鸣鹤在府东大街战死，其他文武或被擒斩或自尽，或乔装打扮成居民，潜伏下来。
当晚，太平军基本控制江宁城内的街区，并在各门城楼上都插上太平天国杏黄色的战旗。
太平军经过了一天的战斗，终于攻取了江宁外城。