太平军水师主力蔽江而来，驶入江宁江面立即将南京城围得水泄不通。
城内记述当时太平军合围江宁时的情景：“登三山门望之，自城外至江东门横广十余里，直望无际，皆红头人。”
城内高级指挥官见太平军军队不断赶到江宁城下，城池即将被太平军从水、陆合围、为求自保，立即飞章求援，请旨“迅敕山东抚臣将抚臣杨文定请调之充、沂、曹等处兵力二千名，并向荣、琦善、陈金绶等分兵速赴江南，以解重围，而资合剿”。但是没想到通讯兵见城外道路都被太平军封锁严密，自知出之必死，竟“隐而不去”。
城内最高指挥陆建瀛“连日不见援兵至，茫无措手”病急乱投医，急募九华山僧及四十八社乡民入援，但是这种时候生死存亡的时候，无人前来。
在太平军水师到来后，在仪凤门驻守重兵，清军增派旗兵加强仪凤门的布防。并“安八千斤大炮于城右之狮子山，不时轰击”。最高指挥陆建瀛见仪凤门外太平军人数众多，恐此门被太平军攻破，为求得心理安慰，陆建瀛便寄希望与鬼神“以布纸糊方相氏，置于炮后，欲破太平军之“妖术”。
但此时的太平军诸王在总结武昌强攻城防损失惨重的教训后，又见江宁城高墙厚，已经放弃强攻的想法，专心采用“挖地道”炸城墙的手法。并在挖地道的同时，命令太平军水师兵分两路向江北重镇浦口、江浦发动了攻击，主要目的就是控制长江南北交通线，切断了江北清军进援南京的通道，在顺手捎带着就是抢点东西。
太平军原本是抱着清军望风而逃，顺利接管官府财物的心态来到浦口的。但没想到遇到硬骨头，徐州游击冯尼见水军将士登陆后浦口，不但没逃跑，反而率部抵御。见到清军竟然有人“胆敢拒抢”。诸王顿时恼羞成怒，怒向浦口迅速增兵。“复聚万余，四路轮流来攻”。浦口守将把总包定国战死后，游击冯尼又见太平军援军如蚂蚁一样越来越多，知城不能守弃城溃逃。太平军凭借人多欺负人少占领江北重镇浦口，另一支太平军攻克江浦。
此战太平军狠狠地打击了清军“胆敢拒抢”的嚣张气焰。
后来，因琦善陈金绶援军逼近，太平军便将抢劫一空后的江浦还给清政府。
在太平军水军主力攻击江北重镇浦口、江浦发动攻击的同时，太平军土营也辛勤地“在天后宫后开挖地道”。
地面部队为保护土营的顺利施工。为应对清军炮火“连日却对城上设炮处筑起土墙，遮拦炮子，出入静海寺者甚众”
为了防御清军出城破坏“从静海寺左山门外，筑营墙过街，殆防城内出剿者”
当然太平军在挖地道，筑土墙自然是瞒不住清军，毕竟两家相邻而居。清军间谍向陆建瀛报告说:“亲见净海寺地道将掘城。”次日，清上元知县刘同缨遣人出探，所报属实。“兵来将挡，水来土掩”清军在城内便用“坎地埋缸，令瞽者坐缸中静听”确认城外穴地方向后出城破坏。但现实很残酷，因为“仪风门依山造成”，与城外水平及竖直距离大，地听效果不佳。在加上连续两天的大雨。清军将帅得知此消息后大呼“天亡我也”，只能无奈的接受，地听法失效了这个残酷的事实。（由于无法确定方位，清军无力对对地道实施干扰和袭击。）
有人欢喜有人愁，清军邻居太平军却在踏踏实实的顺利施工。并同时在木植甚众的上河，建立一座赶制攻城器械及渡具的基地。短时间内制造“云梯数千具，巨筏数千，以济其众”。其中制作的木筏主要是用来连接滨江船只与江岸码头，铺筑浮桥所用，以便为太平军构成便捷的水陆交通线，使部队可以迅速登陆，增援攻城陆师。云梯为穴地爆破后发动总攻时的重要攻城器械，遂由水路运至前线。
就是在此等危局之下，受藩司所托的张继庚仍不放弃抵抗。在城中“募得水勇数十人，愿出城烧贼船，又募得文生一人，愿改装出城，招乡间七十二社救援”，但在太平军崛起的大势下，这些努力收效甚微。