关原合战之后，日本迎来了德川幕府，几年之间没有战争发生。1605年4月16日，德川家康将征夷大将军的职位传给德川秀忠，并确定将军一职由德川家世袭。家康特意邀请丰臣秀赖与新将军会面，但是遭到了丰臣方的拒绝。淀殿始终以天下第一人的夫人自居，没有认清形势，称应该让新将军来大坂城拜见秀赖。眼看德川、丰臣两家关系再度紧张，家康派遣六子松平忠辉前往大坂与丰臣方的片桐且元周旋才将事态缓和。1607年，家康移居骏府城，专心研究如何建立幕府的各项制度，相对于“江户的将军”人们称之为“骏府的大御所”，家康依然掌管着实权。1609年家康会见荷兰使节，允许荷兰总督莫里兹进行交易并在平户开设荷兰东印度公司的商馆。1611年3月30日，德川家康颁布了所谓“御三家”的体制，即纪伊的德川赖宣、尾张的德川义直、水户的德川赖房。如果德川宗家没有合适的将军继承人，可以从纪伊、尾张的德川家中选取养子继承，水户德川家的人永远作为副将军辅佐宗家。
1609年3月28日，德川家康通过织田有乐斋（织田长益）说服淀殿，让丰臣秀赖前往二条城与自己会面。终于，在天下大名面前，丰臣秀赖向德川家康行拜见之礼，德川家的声威达到了顶点。4月12日家康对西国的诸大名下达了三条法令并索取誓书。同年，墨西哥的使者、西班牙的使者纷纷来到日本，拜见德川家康申请传教和通商。自从在二条城见完丰臣秀赖那一面后，家康总是难以忘怀。丰臣秀赖与丰臣秀吉不同，不仅英姿勃发而且高大威猛，尽管只有16岁，但落落大方处事得体，对自己不卑不亢。已经66岁高龄的德川家康认定丰臣秀赖长大后必定成为德川家的大患。同时，德川家内部也开始了激烈派系的斗争……之前围绕德川家康继承人的问题，就分为了以大久保忠邻（大久保忠世之子）为首的武功派和以本多正信、正纯父子为首的吏僚派，双方分别支持德川秀忠和结城秀康，一直明争暗斗。最后直到德川家康把将军之位传给了秀忠，争斗才告一段落。但是，随着和平时代的到来以及德川幕府的开设，能征惯战的武将们渐渐遭到了家康的疏远，而以治世见长的文臣们越来来越受到家康的信赖。
1609年2月肥前国野江藩领主有马晴信的朱印船（日本政府允许驶往海外的船只）在前往越南占婆王国的途中，于中国澳门港（当时是葡萄牙的殖民地）靠岸补给。日方船员与葡方船员发生冲突，被澳门总督安多雷?佩索亚雷镇压，日方水手60余人死亡。1610年5月安多雷向长崎奉行长谷川藤广汇报了事件的调查书，并希望去骏府向德川家康解释。但是藤广怕影响和葡萄牙之间的交易，为了隐藏真相，想派遣手下人前往骏府。安多雷不光想解释澳门的冲突事件，还希望向家康上诉关于中国蚕丝日本政府优先购买权的问题，所以对藤广的态度极为不满。最后安多雷想不经上报，自己前往骏府，但遭到了住地耶稣教会的阻止，引发了骚乱。长谷川藤广大怒，联合了想报仇的有马晴信，一起请求德川家康逮捕安多雷并扣押其船只。德川家康接到报告后十分震怒，授意有马晴信准备进行报复行动，但另一方面，家康又怕完全断绝了与葡萄牙的贸易，所以命本多正纯的家臣岡本大八监视整个行动。
1610年12月12日，身在长崎的安多雷听到日本船禁止在澳门靠岸的消息后十分不安，同时又接到了家康的召见命令。安多雷几经考虑后，决定逃跑，就在其想开船逃出长崎港的时候，遭到了有马晴信率领船队的围攻，安多雷不得不再次返回长崎港。就这样连续4天4夜，可怜的安多雷被逼得走投无路，只能引爆了自船的火药库以身殉国。之后再没有葡萄牙的船只在日本靠岸，日葡的海外交易断绝。紧接着就发生了葡萄牙海盗袭击来日的西班牙、荷兰商船的事件。长谷川藤广一不做二不休诬告深得家康信任的葡萄牙语翻译若昂?罗德里格斯神父与海盗有染，罗德里格斯被流放到了澳门。
1611年希望与日本重开海外贸易的葡萄牙舰队司令玛伊鲁在萨摩藩岛津家的帮助下相继拜访了骏府的德川家康和江户的德川秀忠，一方面解释清楚了澳门的事件，同时要求罢免长崎奉行长谷川藤广并赔偿船只。幕府侧将全部责任推到了已死的安多雷身上，但同意两国重开海外贸易。眼看事件接近了尾声，但是有马晴信和长谷川藤广的关系却发生了破裂。首先有马晴信暗中打听到德川家康委托藤广购入伽罗（一种香木）的消息，但藤广没有完成，晴信通过海外贸易找到了伽罗并献给了家康。其次，关于中国蚕丝交易中心的问题，藤广主张由天主教会负责而晴信则主张由耶稣教会负责。长谷川藤广始终只是一介奉行，无法与身为大名的有马晴信抗衡。就在给岡本大八的辞行宴上，有马晴信酒后失言对岡本大八说要暗杀藤广。
岡本大八见有马晴信已醉，这几日也已经知道了其想恢复旧领的意图，便悄悄说道：“您想恢复旧领有何难？这次我回去让本多大人在大御所面前多多美言几句，定会让您夺回藤津、杵岛、彼杵三郡的领地。”有马晴信瞬间眼前一亮“喔？那不知本多大人喜欢什么，我愿略备薄礼。”“什么礼物都不如黄金实惠，您只要给我6000两黄金，我一定说服本多大人帮忙。”“好，一言为定。”可谁知道岡本大八一去就像断了线的风筝没有了消息。有马晴信只能亲自上骏府找本多正纯确认，俩人一对上话，有马晴信才发觉自己被岡本大八骗了。本多正纯质问大八，大八不认。最后闹到了德川家康那，家康命骏府奉行彦坂光正彻查此事。1612年2月，岡本大八被捕，在严刑拷打之下，不仅招供了收受贿赂之罪，还招出了伪造朱印状、晴信想暗杀长谷川藤广的消息。本多正纯大吃一惊，于3月18日又与有马晴信对质，晴信供认不讳。
1612年3月21日，岡本大八因伪造朱印状、收受贿赂罪，于****河原被处以火刑。22日有马晴信因为企图暗杀幕府官员被流放到甲斐国，4万石领地被没收。没过多久，5月7日有马晴信被下令切腹，由于其是基督教徒不能自杀，最后被家臣斩首享年46岁。其子有马直纯一直担任家康的近侍与此事件无关，所以命令其回家继承有马氏家督和领地，由长谷川藤广辅佐。因为岡本大八也是基督教徒，所以德川幕府从行刑当日就颁布了基督教禁教令。身为基督教徒的大名全部受到了改易的处分，旗本出身的原胤信拒绝弃教从德川家出奔，家康的一名侍女也因为是基督教徒被流放到了伊豆大岛。1613年2月19日，家康亲自起草“伴天连追放之文”，并以德川秀忠的名义发布，禁教令扩大到了全国。
担任有马直纯监护人的长谷川藤广，开始对领地内的基督教徒进行疯狂的镇压。有马直纯继承家督后，立刻就遵从禁教令弃教。为了更好的镇压基督教徒，藤广还进言将长崎和有马的领地合并。1614年7月，德川家康将直纯转封到了日向国延岡藩，之前的有马氏的领地由德川家直辖。9月以高山右近为首的众多基督教修士和传教士以及教徒被流放到了澳门和马尼拉。
此次事件中受到牵连的还有本多正纯，以大久保忠邻为首的武功派人士借题发挥，说上梁不正下梁歪，本多正纯也有行贿受贿之嫌。本多正纯气不过，想前去理论，但遭到了父亲本多正信的阻拦。就这样文治派的官员一时处于了劣势。德川幕府的内政落到了大久保忠邻的家臣大久保长安手里。大久保长安主要负责全国矿山的经营和关东的主要政务，由于本多父子暂避锋芒，使得长安慢慢成长为一代权臣。长安自己的领地只有9万石，但其真正管辖的德川家领地则有150万石。长安的儿子不仅迎娶了石川康长（石川数正长男）、池田辉政这样有实力的大名的女儿，其还促成了家康六子松平忠辉和伊达政宗的长女五郎八姬的姻缘，与伊达政宗交好，人称“天下总代官”。而德川幕府的内部派别也转变成了大久保派和本多派。