羽柴秀吉平定四国岛后，把目标转向了最后的九州岛。然而背后的德川家康和佐佐成政，仍然是让他担心的不安因素。家康虽然交出了人质，但一直没有上洛拜见秀吉，行臣从之礼。成政自从上次被前田利家打败后，仍然在固守城池，囤积实力。1585年8月，秀吉命织田信雄为总大将，集结了7万兵力，讨伐越中国的佐佐成政。8月4日织田信雄从京都出发，6日作为先锋的前田利家部队已经和佐佐军开战，7日秀吉亲统大军也从京都出阵。佐佐成政虽然邀请了飞驒国的姊小路赖纲和越后国的上杉景胜出兵相助，但姊小路赖纲刚出兵没多久就被羽柴方的金森长近打败，上杉景胜更是明确表示了站在秀吉一方，成政处于孤立无援的状态。但是佐佐成政镇守的富山城易守难攻，更引入神通川河水作为护城河，有着“浮城”的外号。秀吉本想再玩一次水攻，结果突然来了一场加急的暴风雨，正在修筑工事的秀吉部队损伤惨重。8月26日，成政自知城内的2万人马难敌秀吉的7万大军，遂通过织田信雄向秀吉投降。成政剃发着僧衣前来请降，秀吉念过去同为织田老臣，免去成政一死，收为御伽众（类似参谋，由从第一线退下来隐居的重臣、没落的大名、以及商人、茶人、商人组成。主要工作是陪聊。），带回了大坂城。武家出身的足利义昭、织田信雄、织田信包、织田有乐斋、六角承祯、六角义治、山名尧熙、山名丰国、斯波义银、赤松则房、宫部继润、细川昭元、泷川雄利、古田织部、金森长近等人，百姓出身的千利休、今井宗薰、曾吕利新左卫门、大村由己都是御伽众的代表人物。
德川家康之所以在秀吉讨伐四国的时候没有行动，是因为经过了小牧山长久手一战，国力消耗过度，再加上地震和大雨频发，使得领内田地荒废、领民饥不择食，更出现了老少自决性命的情况。1585年9月，秀吉多次派出派使者催促德川家康上洛，家康派石川数正为使者，多次婉拒。德川家中也分成了以酒井忠次、本多忠胜为首的强硬派和石川数正为首的和睦派。直到1585年11月13日，德川家老臣石川数正被秀吉以优厚的待遇挖了墙角，德川家康才不得不佩服秀吉的手段。德川家更是因为此次事件，将军制改革为武田军制。
1586年秀吉不仅继续通过织田信雄对家康展开外交攻势，也不断向朝廷进贡，扩大自己的影响力。1586年4月23日，对于拒绝臣从的德川家康，羽柴秀吉将自己的妹妹朝日姬许配给了他。5月14日，德川家康迎娶了朝日姬，成为了秀吉的妹夫。1586年9月9日，羽柴秀吉被正亲町天皇赐姓“丰臣”，改名丰臣秀吉，并预定于12月25日就任太政大臣，丰臣政权从此确立。同时，为了更深度的拉拢德川家康，秀吉于10月18日将自己的亲生母亲作为人质送到了家康身边。德川家康深感秀吉的器量，终于答应上洛。10月26日，德川家康到达大坂，居住在丰臣秀长的府邸。没想到丰臣秀吉微服当夜杀到，两人秉烛夜谈。秀吉特意恳求家康，明日一定要当着众人的面对自己行臣从之礼，家康十分感动。10月27日德川家康在众人面前向丰臣秀吉宣誓效忠，并索要秀吉的阵羽织，言道：“今后只要有我德川家康在，就不会让丰臣大人在亲临前线指挥战斗。”秀吉大喜，推举家康为正三位的官员，还推举井伊直政、神原康政、大久保忠邻等德川家臣获得官位。
九州岛是日本第二大岛，在战国时代这片土地也几经战乱，已经渐渐地形成了三股势力。他们是九州岛北部的龙造寺氏和大友氏，以及九州岛南部的岛津氏。起初岛津势弱，只有萨摩一国的领地，但岛津贵久的四个儿子十分争气，个个能征惯战文武双全。岛津义久、岛津义弘、岛津岁久、岛津家久，提起岛津四兄弟，没有人不数大拇指的。1572年接任家督的岛津义久，于木崎原打败了日向国的伊东氏，史称“九州的桶狭间”。最终于1576年拥有了萨摩、日向、大隅三国之地。
1578年10月逃跑投奔大友家的伊东义佑请求大友宗麟出兵，夺回日向国。大友宗麟派田原绍忍为总大将，带领田北镇周、佐伯惟教等将出兵4万3千人讨伐岛津氏。被称为“雷神”的大友家名将立花道雪曾极力反对出兵，认为此时与岛津家开战时期尚早，但遭到了拒绝。大友军向着由岛津家山田有信防守的高城进军。身在佐土原的四弟岛津家久闻讯，急忙率兵进驻高城，与山田有信一起御敌，守城兵将约3000余人。大友军的行军速度十分缓慢，首先作为基督教的疯狂信徒，大友宗麟在行军的同时，还下令军队沿途拆除所有的寺庙，使得士兵的疲劳度大大增加。其次，田北镇周多次主张出战，而总大将田原绍忍则背后和岛津军进行议和，以此二人为代表，将兵也都分成了主战、主和两派，所以高城久攻不下。直到11月，岛津义久的2万援兵赶到，与大友军在耳川隔河相对。岛津义久使用诱敌埋伏歼灭的战术，多次向大友军营叫骂、挑衅。由于大友宗麟没在，田北镇周没有禀告田原绍忍就擅自与岛津军交战，并追击渡过了耳川。谁知道刚一过河就遭到岛津义弘、义久、家久的三面夹击……之后，大友军的佐伯惟教、吉弘镇信、斋藤镇实、蒲池鑑盛也相继中计，被岛津军诱过耳川一一歼灭。大友军军师角隈石宗听到这么多将领不听指挥冒然进兵，气得把正在写的兵书扔进了火中，苦叹道：“兵将离心，不听命令，未到交战之机就盲目进兵，要兵法何用？”说完也冲入乱军之中战死。之后岛津军又展开追击，大友军大败。龙造寺见有利可图也开始侵占大友家领土。大友宗麟无奈，只能求助于本州岛势力最大的织田信长，并由信长斡旋与岛津家议和。
大友家失势，龙造寺家抬头。当主龙造寺隆信趁机攻取了筑前、筑后、丰前等地大友氏的领地。但是龙造寺隆信为人多疑且嗜杀成性，十分残暴。曾将投降的蒲池镇涟一族200人杀害，就因为蒲池镇涟之前倾向岛津家。而且还因为怀疑赤星统家暗通敌人隈部亲永，就杀害了统家送来的两名人质，一个是其14岁的儿子，另一个是其8岁的女儿。这使得之前向龙造寺家表示降服的势力纷纷不安。1584年3月18日，肥前国日野江城城主有马晴信反龙造寺而投降岛津，激怒了龙造寺隆信。隆信亲率大军2万5千人，带领名将锅岛直茂和龙造寺五天王：成松信勝、百武贤兼、木下昌直、江里口信常、圆城寺信胤（史书上称四天王，但人物都不一样，这里5人都算上合成五天王）向日野江城杀来。有马晴信急忙向岛津家求援。此时岛津家也已经发展到了肥后国的南部，先后攻取了相良家和阿苏家的领地。龙造寺隆信信心满满，根本没有把有马家放在眼里，锅岛直茂担心岛津家会派出援兵，多次谏言要急速进军。然而隆信非常傲慢，声称岛津根本没有足够的兵力前来救援，所以大军于3月23日才到达岛原。如龙造寺隆信所料，岛津家的主力一直在提防大友家再度南下，同时还要防范没有降服的阿苏惟光、甲斐宗运，所以没有多少人马能够派出。兵在精，不在多，岛津义久派遣自己的弟弟岛津家久为总大将，率领颖娃久虎、新纳忠元、猿渡信光、伊集院忠栋、川上忠智等名将援救有马氏，虽然只有3000人马，但行军速度十分迅速。岛津军于3月22日到达岛原，比龙造寺军提前了一天。
8000人对25000人，有马、岛津联军明显弱势，有马晴信虽然主张拼死决战，但遭到了家久的拒绝。岛津家久深得三位兄长的真传，在查看完日野江城附近的地形后就下定决心，要积极防御，使用岛津家最擅长的诱敌深入战法歼敌。并将决战地点选定在岛原北部的冲田畷，该地区湿地和沼泽纵横，从前山到森岳城道路越来越狭窄，非常适合埋伏。家久急忙下令，在森岳城前设置障碍，修筑防御工事，工程于3月23日深夜完工。龙造寺军迟缓的进军速度，帮了家久大忙，有马、岛津联军的布阵也在同日完成。有马晴信率3000人驻守森岳城、伊集院忠栋率1000人潜伏在海岸线、新纳忠元率1000人埋伏在前山、岛津家久率3000人埋伏在森岳城后，另有赤星统家率领族人50作为诱饵镇守大木户。
龙造寺军于3月24日未明开始向冲田畷进军，锅岛直茂在山手，龙造寺隆信次男江上家种、三男后藤家信在滨手，隆信自己在中央。准备一口气突破冲田畷，拿下森岳城。在大木户，赤星统家仅仅50人的奇袭就给了龙造寺军一个下马威。赤星族人个个舍命奋战，杀红了眼，只要是龙造寺的士兵就是杀害主公儿女的仇人。龙造寺军先锋受阻，开始后撤，而后队听到喊杀声发起冲锋，结果反到将自己人马踩踏死伤多数，现场极为混乱。岛津家久听说赤星统家居然占据了优势，悄悄带领铁炮队绕到了大木户，对排队准备通过的龙造寺军发动了齐射。冲到前方的龙造寺士兵，正在拆除竹竿和栅栏等妨碍行军的工事，基本是在无防备的情况下遭到了射击。龙造寺军的先锋死伤多数几乎全灭，后续部队继续跟上，但也遭到了铁炮的洗礼。终于察觉到中了埋伏的龙造寺军开始左右迂回，但都陷入泥田行军缓慢。家久见时机已到，下令全军从大木户杀出，已经陷入混乱的龙造寺军大败。
另一方面在山手，锅岛直茂与新纳忠元展开激战。新纳忠元尽管只有1000人马，但是也杀得锅岛直茂队损伤过半，无力再去救援其他友军。在滨手，从森岳城出阵的有马晴信汇合了伊集院忠栋的部队将龙造寺隆信的两个儿子江上、后藤击败，并直接奔隆信本阵而来。这时，隆信正在遭受岛津家久的猛攻，部队陷入混乱，溃不成军。不久，晴信、忠栋赶到，隆信准备逃跑，多亏手下成松信勝以死相救才得以逃脱。但，也许是天意，隆信身体肥胖无法骑马，只能徒步逃往农家，结果被岛津军的川上忠坚发现斩首。
战后，龙造寺家连主君在内，五天王、龙造寺康房、石井信易等多数重臣战死。锅岛直茂仅仅带了7人逃回了佐贺城，拥立隆信的嫡子龙造寺政家（28岁）继位。政家体弱多病，龙造寺家的实权其实已经握在了锅岛直茂的手里。直茂以无法抵御岛津军北进为由，劝政家向岛津降服，龙造寺向岛津称臣。岛津家连续打败大友和龙造寺，大有统一九州之势，然而丰臣秀吉……