朱子于四书皆有注，乃一生精力所萃。其于义理，诚有胜过汉儒处，不可不细读也。欲窥宋学之藩者，读此四书之注亦甚好。朱子注四书，《大学》分经传，颠倒原次；《中庸》虽无颠倒，分章亦不从郑氏，故皆谓之“章句”。《论》《孟》则聚众说，为之注解，故称“集注”。朱子注此四书之意，别著《或问》以发明之；然其后于《集注》又有改定，而《或问》于《大学》外未及重编。故《或问》与《四书注》，颇多抵牾；《文集》《语类》中，有言及注四书之意者，亦不能尽合，不得据《或问》以疑四书之注也。
《论语》有《鲁论》《齐论》及《古论》之别。《鲁论》篇次与今本同。《齐论》别有《问王》《知道》二篇。二十篇中，章句亦颇多于《鲁论》。《古论》云出孔壁，分《尧曰》后半“子张问”以下，别为一篇，故有两《子张》；篇次亦不与《齐论》《鲁论》同。张禹受《鲁论》于夏侯建，又从庸生王吉受《齐论》；择善而从，号曰《张侯论》，已乱《齐》《鲁》之别；郑玄就《鲁论》篇章，考之《齐》《古》为之注，则并《齐》《鲁》《古》三者之别而泯之矣。魏何晏集诸家之说，并下己意为《集解》，盛行于世；即今《十三经注疏》所采之本也。梁时，皇侃为之作疏。宋邢昺疏，即系据《皇疏》删其支蔓，附以义理者。《梁疏》后亡佚，迄清代乃得之日本焉。《古论》云有孔安国注，今见《集解》所引，盖亦王肃所伪，其后此注亦亡；清时，歙县鲍氏，云得其书于日本，重刻之，则又六朝以来伪物也。《论语》一书，皆记孔子及孔门弟子言行，说颇平易可信。书系杂记，无条理。《正义》篇篇皆言其总旨及章次，殊属不必也。清儒作新疏者，有刘宝楠《论语正义》。
《孟子》一书，存儒家大义实多。他姑勿论，民贵君轻之义，非《孟子》即几于泯殁不传。此外道性善、明仁义，亦皆孔门大义，至可宝贵。康有为谓《孟子》传孔门大同之义，荀卿只传小康；合否今姑勿论，要其为书，则远出荀卿之上，非他儒书所得比并，真孔门之马鸣龙树矣。又《孟子》书中，存古经说甚多。其言《春秋》处，今人已多知之；言《尚书》处，则知者较鲜。予按《万章上》篇，言尧舜禅让事，无一不与《书大传》合者；盖今文书说，亦民贵君轻之大义也。若无此义，则《尧典》一篇，诚乃极无谓之物矣。古有赵岐注，颇无味。阮氏《校勘记》指其注“摩顶放踵”处，与《文选注》所引不合，疑亦有窜乱也。疏题宋孙奭，实邵武士人所伪，已见前。清儒作新疏者，有焦循《正义》，博而精。
《孝经》一书，无甚精义。姚际恒《古今伪书考》以为伪书。然其书在汉时，实有传授，且《吕览》即已引之，则姚说未当。此书于甚精义，而汉儒顾颇重之者，汉时社会宗法尚严，视孝甚重。此书文简义浅，人人可通，故用以教不能深造之人。如后汉令期门、羽林之士通《孝经》章句是也。（纬书云：“志在《春秋》，行在《孝经》。”《六艺论》云：“孔子以六艺题目不同，指意殊别，恐道离散，后世莫知根原，故作《孝经》以总会之。”可见汉人重此之心理）此书亦有今、古两本。今文注出郑玄，传自晋荀昶；古文出于刘炫，多《闺门章》四百余字。唐《开元御注》用今文，元行冲为之作疏。宋邢昺《疏》，即以《元疏》为蓝本。清儒治此者，有皮锡瑞《孝经郑注疏》。此书无甚深义，一览可也（孔门言孝之义，长于《孝经》者甚多）。
《尔雅》乃训诂书，后人亦附之于经。其实非也。张楫《上广雅表》谓“周公著《尔雅》一篇。释文以为释诂。今俗所传二篇，或言仲尼所增，或言子夏所益，或云叔孙通所补，或云沛郡梁文所考”，要之皆无确据。予按古人字书，共有三种：（一）四言或三七言韵语，自《史籀篇》以下皆然。王国维说。乃古人识字之书，与今私塾教学童读《三字经》《千字文》同法。（此事盖沿之自古，予别有论）（二）以字形分部，如今之字典，始于许慎之《说文解字》。（三）《尔雅》，今之词典也。此本抄撮以备查检，后人相传，亦必有增改，无所谓谁作。今此书训诂，几全同《毛传》，《释乐》同《周官·大司乐》，九州异《禹贡》而同《周官》，则古学既出后之物。《释兽》中狻麂即狮子，出西域；囗鸠出北方沙漠，翠生郁林；囗囗出乐浪、潘国；囗囗虾出秽邪头国；皆非战国前所有，明为后人增益。正如《神农本草经》有汉郡县名耳。此书专治小学者，宜熟读之；否但粗加涉猎，随时查检即可。清儒新疏，有郝懿行《义疏》、邵晋涵《正义》两种。
论读子之法
“吾国书籍，分为经、史、子、集四部；而集为后起之物，古代只有经、史、子三者。经、子为发表见解之书，史为记载事物之书。”已见前。逮于后世，则子亡而集代兴。集与子之区别，集为一人之著述，其学术初不专于一家；子为一家之学术，其著述亦不由于一人。勉强设譬，则子如今之科学书，一书专讲一种学问；集如今之杂志，一书之中，讲各种学问之作皆有也。
子书之精者，讫于西汉。东汉后人作者，即觉浅薄。然西汉子书之精者，仍多祖述先秦之说；则虽谓子书之作，讫于先秦，可也。然远求诸西周以前，则又无所谓子。然则子者，春秋、战国一时代之物也。其故何邪？予谓专家之学兴而子书起，专家之学亡而子书讫。春秋战国，专家之学兴起之时也。前乎此，则浑而未分；后乎此，则又裂而将合。故前此无专家之学，后此亦无专家之学也。请略言之。
诸子之学之起源，旧说有二：（一）出《汉志》，谓其源皆出于王官。（二）出《淮南·要略》，谓皆以救时之弊。予谓二说皆是也。何则？天下无无根之物；使诸子之学，前无所承，周秦之际，时势虽亟，何能发生如此高深之学术？且何解于诸子之学，各明一义，而其根本仍复相同邪？见下。天下亦无无缘之事，使非周秦间之时势有以促成之，则古代浑而未分之哲学，何由推衍之于各方面，而成今诸子之学乎？此犹今人好言社会主义，谓其原出于欧洲之马克思等可；谓由机械发明生财之法大变，国民生计受外国之侵削，而国内劳动资本阶级亦有划分之势，因而奋起研究者多，亦无不可也。由前则《汉志》之说，由后则《淮南》之说也。各举一端，本不相背。胡适之撰《诸子不出于王官论》，极诋《汉志》之诬，未免一偏矣。
人群浅演之时，宗教哲学，必浑而不分；其后智识日进，哲学乃自宗教中蜕化而来。吾国古代，亦由是也。故古代未分家之哲学，则诸子之学所同本；而未成哲学前之宗教，则又古代不分家之哲学之根源也。必明乎此，然后于诸子之学，能知其源；而后读诸子书，乃有入处。
宇果有际乎？宙果有初乎？此在今日，人人知非人智所逮，哲学家已置诸不论不议之列。然此非古人所知也。今人竞言“宇宙观”“人生观”，其实二者本是一事。何则？我者，宇宙间之一物；以明乎宇宙之真理，然后我之所以自处者，乃皆得其道矣。故古人之所研究，全在哲学家所谓宇宙论上也。
吾国古代之宇宙论，果如何乎？曰：古之人本诸身以为推。见夫人之生，必由男女之合也，则以为物亦如此；而仰观、俯察，适又有苍苍者天，与抟抟者地相对；有日月之代明，有寒暑之迭更——在在足以坚其阴阳二元之思想。于是以为天地之生物，亦如是而已矣。故曰：“物本乎天，人本乎祖。”（《礼记·郊特牲》）
然哲学所求之原因，必为“最后”，为“唯一”。求万物之原因，而得阴阳二元，固犹非“一”；非“一”，则非其“最后”者也。然则阴阳之源，又何物耶？夫谓万物厘然各别，彼此不能相通者，乃至浅之见；不必证以科学，而亦能知其非是者也。人日食菽饮水而后生，又或豕承为酒以为食。方其未饮食时，菽自菽，水自水，豕自豕，酒自酒，人自人也；及其既饮食之后，则泯然不复见其迹焉。人三日不食则惫，七日不食则死。然则人与动植矿物，异乎？不异乎？且也，“众生必死，死必归土。骨肉毙于下，荫为野土；其气发扬于上为昭明，焄蒿凄怆。”（《礼记·祭义》）然则人与天地，是一乎？是二乎？（古以天为积气所成）故谓万物厘然各别，彼此不能相假者，至浅之见；稍深思之，而即知其非是者也。此固不待证之以科学也；古之人亦知此也，乃推求万物之本原，乃以为天地万物皆同一原质所成，乃名此原质曰“气”。
《易大传》曰：“精气为物，游魂为变。”“精”者，凝集紧密之谓。《公羊》庄十年：“确者曰侵，精者曰伐”，注“粗囗囗，粗也。精，犹密也”是也。魂者，人气。盖同一气也，古人又以为有阴阳之分。阳者性动，轻清而上升；阴者性静，重浊而下降。（《左》昭七年疏引《孝经说》曰：“魂，芸也。”“芸”芸动也。《广雅·释天》：“三气相接，剖判分离；轻清者上为天，重浊者下为地。”）其在于人，则阳气成神，是曰魂；阴气成形，是曰魄。故魂亦气也。上言气，下言魂，变词耳。“游”者，游散。《韩注》。构成万有之原质，循一定之律，而凝集紧密焉，则成人所知觉之物，是曰“精气为物”；循一定之律而分离游散焉，则更变化而成他物，是曰“游魂为变”而已矣。此其在人，则为生死。然非独人也，一切物之成毁莫不如是，即天地亦然。故古人论天地开辟，亦以气之聚散言之。《易正义八论》引《乾凿度》：有太易，有太初，有太始，有太素。太易者，未见气；太初者，气之始；太始者，形之始；太素者，质之始”是也。职是故，古人乃以万物之原质即气。凝集之疏密，分物质为五类，是为“五行”。五行之序，以微著为渐。《尚书·洪范》疏所谓“水最微为一，火渐著为二，木形实为三，金体固为四，土质大为五”也。（益以（一）有形无形；（二）有质无质；（三）同是有质也，而刚柔大小不同，为分类之准。犹今物理学分物为气体、液体、固体也）然则宇宙间一切现象，无所谓有无，亦无所谓生死，只是一气之变化而已。气之变化，无从知其所以然，只可归之于一种动力。然则此种动力，乃宇宙之根源也。故曰“易不可见，乾坤或几乎息”也（《易·系辞》）。
故此种动力，古人视为伟大无伦。《易》曰：“大哉乾元，万物资始，乃统天。”《公羊》何注曰：“春秋以元之气，正天之端。天不深正其元，则不能成其化。”《老子》曰：“有物混成，先天地生；寂兮寥兮，独立而不改，周行而不殆；可以为天下母。吾不知其名，字之曰道。”皆指此种动力言之。夫如是，则天地亦遵循自然之律而动作而已；非能贵于我也，更非能宰制我也。大而至于天地，小而至于蚊虻，其为一种自然之质，循自然之律而变化，皆与我同也。故曰：“天地与我并生，万物与我为一。”（《庄子》）然则中国古代之哲学，殆近于机械论者也。
此等动力，固无乎不在，是之谓“神”。《易·系辞》曰：“神无方而易无体。”（盈天地之间皆是，则不能偏指一物为神，故无体）又曰：“阴阳不测之谓神。”（盈天地之间皆是，自然无论男女、雌雄、牝牡皆具之；男女、雄雌、牝牡皆具之，则无复阴阳之可言矣）又曰：“唯神也，故不疾而速，不行而至。”又曰：“无思也，无为也，寂然不动，感而遂通天下之故；非天下之至神，其孰能与于此？”（言其充塞乎宇宙之间，故无从更识其动相）亦指此等动力言之也。此等动力，既无乎不在，则虽谓万物皆有神可也，虽谓物即神可也。故曰：“鬼神之为德，其盛矣乎。体物而不可遗。”（《礼记·中庸》）神即物，物即神，则孰能相为役使？故曰“吹万不同，使其自己；咸其自取，怒者其谁”也。（《庄子·齐物论》）然则中国古代之哲学，又可谓之无神论，谓之泛神论也。
此等哲学思想，为百家所同具。至东周以后，乃推衍之于各方面，而成诸子之学焉。盖其时世变日亟，一切现象，皆有留心研究之人。而前此一种哲学，入于人人之心者既深，自不免本之以为推。其源既同，则其流虽异，而仍必有不离其宗者在。此周秦诸子之学，所以相反而相成也。今试略举数端以明之。