董卓不打了，联军总地找点事情干。初平二年（公元191年）春，韩馥袁绍等人就想以皇帝被董卓劫持为由，另立幽州牧刘虞为帝，甚至连玉玺都准备好了。嘿嘿，他们为董卓列举的一大罪状不就是擅行废立吗？如今为了打倒董卓，就想先当一次董卓？曹操就反对。韩馥袁绍碰了壁，就给袁绍的弟弟袁术写了一封信要他支持，想来个少数服从多数。没想到袁术暗中有反叛的心思，一个远在天边的小皇帝正合他的口味，哪里肯换一个近在眼前的成年人给自己找麻烦？堆了一大堆冠冕堂皇的辞藻应付他哥，不同意。韩馥袁绍一看大家都不同意，干脆派使者直接向刘虞劝进，想先造成既成事实然后逼迫大家承认。可这个马屁也拍到了马蹄上，刘虞痛斥使者，认为天子蒙难不先讨伐叛逆却考虑这样的事情，实在是大逆不道，甚至表示即使逃到匈奴那里去（流亡国外）也不能听从。韩馥袁绍碰了一鼻子灰，唯一的收获是被曹操鲍信等人看透了，其实他们只不过是董卓第二。从此曹操看不起幼时的好友袁绍，直到彻底将他消灭。
董卓听说反叛的家伙们原来是这样的一批活宝，得意忘形，在相国的基础上又前进一步，自封为太师以示庆祝。然而好景不长，诸侯中又崛起了一员堪称董卓克星的狠将，这就是孙坚。
董卓对孙坚并不陌生。董卓还在西凉时，曾奉命与周慎等人征讨羌人，隶属于当时的车骑将军张温。孙坚当时是张温的部下。围攻榆中时孙坚曾经建议周慎给他一万人先截断羌人的粮道，来个“计毒莫过绝粮”。周慎不听，执意围攻榆中坚城。结果，自己的粮道反而被羌人趁机截断。无可奈何之下丢盔弃甲，“弃车重而退”。董卓对孙坚的计策评价颇高，认为如果能够被采纳执行凉州就此可以平定。诸侯起兵反叛董卓后，孙坚也不甘落后。和袁绍等人无所作为不同，他始终积极求战。虽然出师不利被徐荣打败（看来这个徐荣真是个人物），但也抓住胡轸吕布内部不合的良机大破之，并“枭其都督华雄”（冤枉呀，三国演义颠倒黑白，孙坚反而成了华雄的手下败将）。董卓知道孙坚的厉害，就派李催去游说孙坚，又是要结亲又是封官许愿极力拉拢。孙坚不但严辞拒绝，还发誓要将董卓“灭之三族，县示四海”。软的不听，只好来硬的。可是董卓吕布都不是孙坚的对手，亲自出战都被打败，狼狈不堪。得胜的孙坚杀得性起，分兵出新安，渑池等地要寻找董卓决战。董卓心有余悸地嘱咐部下，诸侯都是废物，唯有孙坚非等闲之辈，你们要小心。一副“生子当如孙文台”的样子。小心翼翼地部署了对孙坚的防御后董卓返回长安。孙坚也忙着给董卓擦屁股-救火，整复被董卓挖掘的陵墓等，战场上出现了短暂的平静。
如此忠勇的孙坚为什么半道撤了兵，三国演义中写到因为孙坚在洛阳城中得到了汉朝的传国玉玺，起了私心后退兵，并因此结怨于袁绍刘表。其实，这个说法并不是公认的结论。陈寿在三国志中虽然如此记载，但裴松之在他的注解中对此表示了有根据的怀疑。陈寿编纂三国志时参考了各国史官的记录，玉玺一段是从吴人的纪录中抄来的。裴松之认为，这很有可能是吴人为了表示自己为正统而杜撰的。把孙坚退兵的原因归于玉玺不太可信，至少是太片面。然而有一点，虽然三国演义不曾提及却是白纸黑字为历代史家所公认的，就是和曹操一样，孙坚看到诸侯的内讧后心灰意懒。
原来，孙坚在前方奋战的同时，后方的联盟已经乱了套。初平二年七月，袁绍听从了谋士逢纪的策略，兵不血刃地从韩馥手里夺取了冀州。前后一系列的运作，大体和三国演义中所描写的相符，只不过没有杀死公孙越的一段。战术上堪称高明，但战略上呢？董卓劫持小皇帝胡来，如今你这个盟主又带头向盟友下黑手，诸侯们这下子都明白了，什么狗屁联盟，狗屁盟主！于是这个联盟彻底破灭，代之而来得则是“关东州郡，务相兼并以自强大”，人不为己，天诛地灭！孙坚攻击董卓时依附于袁术（提供军粮）并以豫州为后盾。袁绍袁术兄弟翻脸后（兄弟翻脸似乎是袁家的基因）袁绍另外派人为豫州刺史，引兵攻打豫州，明目张胆地要给孙坚来个釜底抽薪。孙坚听说后仰天长叹，泪如雨下：“不是为了匡扶社稷而同举义兵吗，如今逆贼董卓屡战屡败覆灭在即而他们为什么胡来！我又能和谁同心尽力！”无可奈何之下，回师先打败袁绍的豫州刺史。此后孙坚不再有，也没法再有任何讨伐董卓的劲头。在此一战中，公孙瓒的弟弟公孙越作为袁术的部将被派来帮孙坚的忙，却中流矢而亡。公孙瓒因此迁怒于袁绍，两家结怨。
从此后，各地诸侯之间是真正的混战。势力最大的袁家也分裂成两派，袁绍袁术哥俩势如水火。袁绍是长子，但却是庶出，小老婆生的；袁术则是嫡出，哥俩都有看不起对方的理由。袁术看到天下的豪杰仰慕袁家的名声，却大多投靠了袁绍后大为吃醋，鼓动公孙瓒进攻袁绍，又派孙坚进攻和袁绍关系密切的刘表。刘表的将领黄祖哪里是孙坚的对手？然而，孙坚大胜之余乐极生悲，追击中反而一不小心被射死了。界桥一战，原来颇占优势的公孙瓒又被袁绍打败，袁术气得两眼发直也毫无办法，从此再也不能把刘表袁绍怎么样。，
这个讨伐董卓的联盟乱成一锅粥，名亡实亡的时候，长安那边却传来了好消息，董卓死了！
董卓离开洛阳后，并没有立即前往长安，而是抵抗了一番孙坚的进攻，直到初平二年四月才亲赴长安。董卓不在的一段时间（大约一年）长安的朝政由司徒王允主持。王允为人不漏锋芒，处事得体，虽然暗中为东汉的朝廷考虑表面上对董太师却相当恭敬，因此深得信任。董卓到长安后把他在洛阳的那一套倒行逆施完整copy到了长安，又大搞裙带关系任人唯亲。在洛阳时，他还能装模作样地礼贤下士，自己的亲属也没有人担任要职。大概诸侯的反叛让他觉得别人都无法信任了吧，就把自己的弟弟侄子安插在要害官职上。自己的车驾服饰有如天子，也不上朝，把大小公卿都叫到自己府上“上朝”。又建造了鹛坞，高厚都有七丈，并且在里面储存了足够三十年吃的粮食，号称：“若不能雄据天下，就躲到里面去养老。”嘿嘿，作三十年缩头乌龟的打算都有了，还谈什么雄据天下？
董卓也知道自己不得人心，也曾因此遇刺，于是就以弓马过人，恩若父子的吕布为保镖。可董卓为人偏激，曾经因为一点小过失对吕布大发雷霆，拔出手戟随手就扔了过去。吕布身手敏捷地避开后，两人都觉得太过分，互相道歉。然而，这件事不可避免地给吕布心中留下了阴影。吕布又和董卓的侍女私通，一直担心被发觉。诚惶诚恐之际，看到王允一副长者的模样，就把心中的忧虑以及差点被董卓杀掉的事情相告。暗中一直在算计董卓的王允怎能放过这个机会，不失时机地将自己的计划全盘相告，并极力劝说吕布入伙作内应，并称：“君自姓吕，本非骨肉。今忧死不暇，何谓父子？掷戟之时，岂有父子情邪！”吕布终于答应。就这样，董卓最信任的两个人一同开始了诛杀董卓的密谋。初平三年（公元192年）四月，董卓到长安后整整一年，王允吕布终于找到了下手的机会。当时十一二岁的汉献帝小病初愈，于是群臣进宫朝贺。董卓并不曾放松警惕，三步一岗五步一哨地前往宫中。然而，这些岗哨中夹杂了吕布安排的勇士十几人，专门“伺候”董卓。董卓一入宫门，就被吕布的老乡骑都尉李肃刺中了胳膊。董卓受了伤，掉下车后还在捞最后一根稻草：“吕布何在？”吕布应声而出：“有诏讨贼！”董卓这才明白，他的好儿子吕布，早就背叛了他！死到临头，估计他用尽世界上最恶毒的言语破口大骂后，被斩首。吕布立即取出诏书，声称但除元凶，从党不问。于是士卒欢呼百姓歌舞，长安城中大家都相聚痛饮庆祝董卓的败亡。皇甫嵩等人查抄了鹛坞，将董卓灭族后从中搜出黄金二三万斤，白银八九万斤，其余的奇珍异宝不计其数。显赫一时的董太师，就这样永远地退出了历史舞台。
平心而论，董卓并不是一无是处的人。然而他的暴虐不仁，可谓空前绝后。裴松之评论，夏桀商纣也好，暴秦王莽也罢，全都是历经岁月后才腐化堕落，倒行逆施。然而董卓从初平元年（公元190年）进洛阳到初平三年覆亡，前后仅仅三年间，罪恶昭彰，流毒四海，真是狼心狗肺，空前绝后。董卓进长安后，曾经问过德高望重的皇甫嵩一个傻乎乎的问题：“你怕不怕我？”皇甫嵩的回答简明有力：“你要是能够实行德政辅佐朝廷，我高兴还来不及，怎么会害怕；你要是胡作非为倒行逆施，天下谁不怕你，又何只我一个！”现在董卓大概会明白了，单纯依靠暴力搞得天下皆畏之时，也就是自己身首异处之日。