合下三卷，计论七篇，皆名大论。论五运六气司天在泉，天时民病寒热胜复之理。天地之阴阳四时，备于人身；人身之寒热虚实，同于天地。首纪天元，而五运五行六气微旨，归于人气以交变。更有五常之政，六元之纪，道极其大，理悉其微，至真至要，皆大论也。
天元纪大论
此篇引《天元玉册》之言，以明五运六气，上下相召，五六相合，三十岁为一纪，六十岁为一周，周而复始，无有终时，着之玉版，藏之金匮，署曰天元纪，故曰《天元纪大论》。
《太始天元玉册·运气微旨篇》曰∶太虚寥廓，肇其化元，虚皇转运，变易渊玄，万物资始，五运终天，布气真灵，总统坤元，十二流精，五气横天，曰阴曰阳，曰柔曰刚。寒暑燥湿风火。天之阴阳，天以三阴三阳上奉之。木火土金水，地之阴阳，地以生长化收藏下应之。天以阳生阴长，地以阳杀阴藏。天有阴阳，地亦有阴阳。五运之德，气建于寅。又曰，子午之岁，上见少阴；丑未之岁，上见太阴；寅申之岁，上见少阳；卯酉之岁，上见阳明；辰戌之岁，上见太阳；己亥之岁，上见厥阴。少阴所谓标也，厥阴所谓终也。厥阴之上，风气主之；少阴之上，热气主之；太阴之上，湿气主之；少阳之上，相火主之；阳明之上，燥气主之，太阳之上，寒气主之。所谓本也，是谓六元。
黄帝问曰∶天有五行御五位，以生寒暑燥湿风。人有五脏化五气，以生喜怒思忧恐。论言五运相袭，而皆治之，终期之日，周而复始，余已知之矣，愿闻其与三阴三阳之候，奈何合之？天有五行之理，以御天度之五位，而五位之中，以生寒暑燥湿风之五气，数相合也。其在于人，则有五脏，化生五脏之气，五气之中，以生喜怒思忧恐之五志，其数亦相合也。《六节脏象大论》，言五运相袭，而皆治之，终期之日，周而复始，谓五运递相承袭，而一岁之中，皆主治之，至三百六十五终期之日，则周而复始。其运惟五，余已知之矣，愿闻其与三阴三阳六气之候，奈何合之？帝欲详明五运六气相合之道，而问也。
鬼臾区稽首再拜对曰∶昭乎哉问也！夫五运阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也，可不通乎？五运合于三阴三阳，盖欲昭明天地交会之道，故曰昭乎哉问也。夫五运三阴三阳者，乃上天下地之道也。