1091年，朝廷禁止关东地区的领主向源氏家族寄进土地，受其打击，源义家之子源义亲、源义国分别起兵反抗，但遭到镇压。1106年，源义家去世，源义亲在流放地出云（今岛根县）再次发动叛乱，仍然被镇压下去。与此同时，平氏家族的势力迅速增强。平维衡曾孙平正盛将伊贺国的庄园寄进给白河上皇，由此进入政界，并因平息源义亲叛乱得到重要官职。平正盛之子平忠盛因平定濑户内海的海盗而得到鸟羽上皇的器重，并赐予可以上殿的资格，从而获得贵族身份。到平忠盛之子平清盛一代，平氏家族的势力达到鼎盛。但源氏家族并没有彻底衰败，源义亲之子源为义接近摄关家族，以图复兴。源为义之子源义朝再次回到关东地区，以镰仓为基地，结成主从关系较强的大武士集团。
1156年鸟羽法皇去世，崇德上皇为掌握实权与后白河天皇发生冲突。与此同时，藤原家族的藤原忠通与藤原赖长兄弟、平氏家族的平忠正与平清盛叔侄、源氏家族的源为义与源义朝父子均围绕家族的继承权发生矛盾。结果，崇德上皇、藤原赖长、平忠正、源为义为一方，后白河天皇、藤原忠通、平清盛、源义朝为一方，展开激烈的争斗。后白河天皇一方先发制人，打败对方，崇德上皇被流放到赞岐（今香川县），藤原赖长、平忠正、源为义等人被杀，史称“保元之乱”。
1159年，在后白河上皇的近臣之间发生冲突。其原因是在“保元之乱”中立有大功的源义朝不满受封官位低于平清盛，转而与藤原信赖合作，在平氏家族离开京城到外地参拜神社时，趁机起兵拘禁后白河上皇，并杀死天皇的亲信藤原信西。武力较强的平清盛得知消息后立刻率兵回到京城，藤原信赖被杀，源义朝被追杀，其直系家族几乎全遭株连，只有年仅13岁的源赖朝及其同父异母之弟源范赖、源义经幸免一死。史称“平治之乱”。
前后两次动乱均有武士集团参加，并且以京城为舞台，不仅显示了贵族统治阶层的迅速没落，而且也显示了武士阶层已经成为主导社会的力量，其首领平清盛甚至成为最高的权力者。
三平氏专权
“平治之乱”后，平清盛得到后白河上皇的信任，从正三位的参谋，很快升任为纳言和内大臣，1167年成为太政大臣，获得了显赫的政治地位。其后平清盛采取各种方式巩固自己的权力，不仅将自己的亲属以及亲信安插在中央和地方机构中担任重要官职，而且通过联姻的形式控制皇室和以藤原家族为首的中央贵族，另外还不断增加自己拥有的庄园，以加强自己的经济实力。据统计，平氏家族在全日本拥有的庄园多达500余所，其拥有的知行国最多时达到全日本的半数。平清盛将追随自己的武士任命为管理庄园或公领的“地头”，成功地将畿内和西日本地区的武士变为家臣，同时通过担任镇压各地叛乱的重要官职，将势力渗透到关东地区。
另一方面，平清盛将自己的女儿德子嫁给高德天皇，然后立其外孙为安德天皇，进一步强化了其政治权力。平氏家族不仅纷纷成为公卿贵族，而且把持了朝廷的高级官职，甚至因平清盛住宅在京都六波罗而被称为“六波罗政权”。同时，平氏政权积极修建港口，保障海路安全，推进与朝鲜半岛、中国大陆南宋的贸易，大量进口中国的铜钱、书籍、货物、珍宝等。对外贸易的巨额利润不仅加强了平氏的执政基础，而且对日本的经济与文化也产生了重大影响。
但平氏的专权不仅招致了以天皇为中心的旧大贵族阶层的不满，也引起广大地方武士阶层的反对。1177年，后白河法皇的近臣藤原成亲等贵族密谋推翻平氏，但因事先泄密而失败；1179年，再次出现了以后白河法皇为中心的反平氏的动向，平清盛采取了严厉的打击措施，禁闭法皇，剥夺“摄关”等众多贵族的官职；1180年，后白河法皇之子以仁王联合寺院武装起兵反对平氏，虽然被平清盛打败身亡，但以仁王撰写的呼吁起兵反抗平氏之文书却传到全国各地，那些不满平氏家族专权的地方武士纷纷起兵，其中势力最强的是关东地区的源赖朝。
“平治之乱”后被流放伊豆半岛的源赖朝在此地苦心经营多年，身边集中了许多源氏家族的旧武士，同时，当地的武士也不断集中在其旗下，逐渐形成了较大的武士团。1180年8月，源赖朝与其岳父北条时政举兵讨伐平氏，但在石桥山之战中大败，源赖朝从海路逃到安房国（今千叶县）。由于得到关东地区武士团的支持，遂以镰仓为基地，集结反对平氏势力，同年10月在富士川之战中打败了前来征讨的平氏大军。赖源朝并没有乘胜追击平氏军队，而是回到镰仓，集结实力，等待时机。
近江、畿内地区也出现了反对平氏家族的势力，平氏家族进行镇压，但因平清盛在1181年去世，而且畿内和西日本地区发生大灾荒，平氏政权受到严重打击。1183年，源赖朝堂兄源义仲在北陆地区打败支持平氏的势力以及前来征讨的平氏军队，并乘胜追击，在畿内的武士和寺院僧兵的配合下，同年7月将平氏家族赶出京都。但源义仲未能处理好与后白河法皇的关系，法皇催促源赖朝进入京都，由此挑起源氏家族的内部矛盾。源赖朝派其两个同父异母兄弟源范赖和源义经率军攻击源义仲，缺乏武士支持的源义仲战死在近江国的粟津。
在源氏家族内部争斗之际，平氏趁机回到京都附近。后白河法皇向源赖朝下达征讨平氏的“院宣”，源赖朝随即进攻平氏，并在一谷之战中打败平氏军队。其后源赖朝向全国各地派遣军队，平息平氏和源义仲的残余势力。1185年2月，逐渐得到四国、九州地区武士支持的源义经进攻赞岐国的平氏，并乘胜追击到长门国（今山口县）。经过一场海战，同年3月，平氏家族成员与安德天皇沉海死亡。
担心源赖朝势力过大的后白河法皇重用具有军事才能的源义经，试图再次挑起源氏家族的内部矛盾。法皇任命源义仲统率九州、四国的武士征讨源赖朝，但因各地武士拒绝服从其命令，源义经被迫投靠奥羽地区的藤原秀衡。1187年藤原秀衡去世后，其子藤原泰衡杀死源义经以求和解。1189年，源赖朝亲率大军进攻奥州，最后将该地的藤原家族消灭，由此确立了源赖朝统治日本全国的地位。
§§§第六节唐风文化与国风文化
一遣唐使与对外交往
618年唐朝建立后，很快出现国力强盛、各方来朝的局面。623年，曾为遣隋使成员的惠日上书天皇，认为“唐律令齐备”，应派遣使者到唐朝取经。630年，朝廷任命犬上御田锹为最初的遣唐使，出使唐朝。一直到894年菅原道真建议停止派遣止，日本前后共任命20次遣唐使节团，成行16次。另外还有10次非正式的日本使者，唐朝也10次派使节团访问日本。遣唐使节团成员有大使、副使、游学生、游学僧、水手、医师等，早期200人左右，后期多达500人左右，分乘四艘船。但到长安或洛阳的使节仅几十人，多数留在中国大陆沿海地区进行交流或学习。游学生、游学僧在唐朝逗留时间较长，深受中国大陆文化的影响，回国后积极加以传播。
遣唐使团最初从北九州出发，经对马岛到达朝鲜半岛，沿朝鲜半岛西岸向北航行，横渡渤海登陆山东半岛，然后从陆路到唐朝京城长安，这条路线称“北路”。进入8世纪后，日本与新罗的关系处在紧张状态，因而从北九州向西南横渡中国东海，从长江口登陆，然后从陆路到长安。在造船、航海技术尚不发达的当时，这条线路充满危险，常常因风暴船破人亡或漂流到蛮夷地区被杀害，据说使团人员的死亡率接近50%。例如第九次遣唐使团在734年10月回日本时，从长江口出海后不久就遇上风暴，团队的四条船被吹散，大使乘坐的船同年11月到达日本九州南部的种子岛，副使乘坐的船736年8月才回到日本。判官平群广成乘坐的船漂流到东南亚的昆仑国，同行者或被杀，或逃亡，该船115人最后仅剩平群广成等4人，并受到软禁。735年，平群广成等人躲藏在昆仑商人的船中回到唐朝长安，在唐玄宗信任的阿倍仲麻吕的斡旋下，准许经由渤海国回日本。但从渤海国出发横渡日本海时再次遇上风暴，渤海国大使等40余人落海遇难，平群广成漂流到东北地方的出羽，回到奈良时已是739年10月。从长江口出发的另外一艘船只始终没有消息。由此可见当时的日本政权积极汲取中国大陆先进文化的决心。
遣唐使的任务除在政治上发展同唐朝的睦邻关系以及在经济上换取宫廷贵族需求的珍贵物产外，更重要的是护送游学生和游学僧到大陆，学习唐朝先进的政治制度、律令、文化及佛教等，学成回国时再迎接他们。这些留学生或留学僧在唐朝居留时间较长，有些人长达20年左右，对中国的典章制度和思想文化十分熟悉，回国后大多身居高位，为中日文化的交流以及日本社会文化的发展起到巨大推动作用。其中最为著名的有阿倍仲麻吕、藤原清河、玄窻、吉备真备、空海、最澄、山上忆良等人。阿倍仲麻吕、藤原清河等游学生因故没有回国，在唐朝任高官直到去世；玄窻、吉备真备等游学生回国后被天皇任命为高级官员，对完善律令体制发挥了很大的作用；而空海、最澄等游学僧学成回国后分别创建不同的佛教流派，对社会产生了较大的影响；山上忆良则是著名诗歌集《万叶集》的作者之一。
实际上，日本最后一次成行的遣唐使团是在838年，也是规模最大的使团，有600余人组成。本来此次使团在836年出发，但因暴风雨损失一艘船只，100多人不幸遇难。第二年三艘船只出发时再次受挫，第三次出发时，副使小野篁称病拒绝参加使团，改由藤原丰并担任副使。三艘船只回国时也遭受许多困苦，又有一艘船只遇难。因此，半个世纪后的894年，朝廷任命菅原道真为大使，准备再次派遣唐使团时，鉴于海上航路的危险，同时又收到入唐僧中馞通报“大唐凋敝”的书信，于是停止派遣唐使团。因为中国875—884年爆发了大规模的黄巢农民起义，严重地打击了唐王朝，其后各地军阀割据。因此，对于日本来讲，派遣使团的必要性大大降低。尽管如此，两国之间连续200多年的频繁往来，对日本的政治、经济、社会、文化等均产生了巨大的影响。
在唐朝东渡日本的中国人中最值得一提的是鉴真和尚。鉴真是扬州地区著名的律宗权威和授戒大师，应日本朝廷的邀请，在743—748年曾五次计划东渡，均因风暴或人祸没有成行。特别是在第五次东渡时，因风暴漂流到海南岛，千辛万苦回到扬州，鉴真双目失明。753年，日本遣唐大使藤原清河邀请鉴真一同赴日，尽管藤原清河乘坐的船被风暴吹到安南，后又回到长安，客死他乡，但鉴真却成功到达日本。鉴真在日本不仅为众多信徒授戒，而且也使律宗在日本成为一个独立且有影响的教派。
907年，唐朝灭亡，中国进入“五代十国”的动乱时期。即使在979年北宋王朝统一中国大陆之后，由于北宋王朝经常受到北方少数民族政权的侵扰，因此，除民间贸易和双方僧侣往来并推动了更为频繁的文物交流之外，日本朝廷与中国大陆政权之间没有恢复政府间的关系，这种状况一直持续到15世纪初的室町幕府时期。
676年，新罗统一朝鲜半岛，新罗与唐朝的关系冷淡，因而与日本的关系较为密切，新罗派往日本的“新罗使”和日本派往新罗的“遣新罗使”往来频繁。但进入8世纪以后，新罗与唐朝因共同对付渤海国而恢复密切关系，日本与新罗的关系却因东亚“朝贡体系”中的地位问题产生矛盾，即日本将新罗作为朝贡国，为此发生了数次拒绝“新罗使”的事件。755—763年，唐朝发生“安史之乱”，时任太政大臣的藤原仲麻吕甚至制定了入侵新罗的战争计划。虽然此后双方还有官方往来，但数量非常少。9世纪中期以后，新罗国内混乱，其流民与海盗经常出现在西日本，日本与新罗的关系进一步消极化。935年，王氏高丽取代新罗统一朝鲜半岛，曾多次遣使到日本要求恢复两国关系，但没有成功。虽然双方的民间贸易频繁，但海盗的不断骚扰加强了日本的对外孤立主义倾向。
713年，居住在中国东北地方的靺鞨人人建立渤海国，为对抗唐朝和新罗，在727年遣使到日本，要求建立邦交关系。日本出于牵制新罗的战略也希望与其和好，于是双方正式使节往来不断。8世纪中期以后，渤海国与唐朝的关系好转，因而渤海国对日关系开始转向以贸易为主，其关系一直持续到926年渤海国被辽国所灭为止。正如遣唐使有时也利用渤海国路线那样，日本与渤海国的交往是日本吸收中国大陆文化的一个重要途径。
综上所述，9世纪中期以后，东亚大陆地区再次呈现出混乱状态，日本天皇朝廷为防止其混乱影响到日本，开始从积极的对外主义转向消极的孤立主义，因而推动了其文化从“唐风”向“国风”的转化。换句话说，其文化状态从全面引进阶段过渡到消化吸收阶段，并在传统文化的影响下逐渐呈现出具有日本特色的文化。